https://kdm.wcss.pl/w/api.php?action=feedcontributions&user=Mkowalska&feedformat=atomKdmWiki - Wkład użytkownika [pl]2024-03-28T19:10:18ZWkład użytkownikaMediaWiki 1.35.2https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Rosetta&diff=4871Rosetta2014-08-05T09:37:03Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Rosetta</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Rosetta|logo=[[Plik:rosetta.png|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=3.2.1}}<br />
=== Rosetta ===<br />
<br />
Program Rosetta służy do modelowania struktóry białek.<br />
Zaawansowany algorytm umożliwia tworzenie białek, enzymów de novo, łączenie ligandów oraz przewidywanie struktury złożonych kompleksów.<br />
<br />
=== Licencja ===<br />
<br />
Program Rosetta jest dostepny dla komercyjnych i niekomercyjnych użytkownikóœ za darmo. Licencje można uzyskać na stronie [https://www.rosettacommons.org/software/license-and-download Licencja ]<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego w jednej z kolejek [[PBS]], np:<br />
> qsub -I -q short6h<br />
<br />
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:<br />
> module load rosetta/3.2.1 (dla wersji domyślnej - najnowszej)<br />
<br />
=== Rosetta w sieci ===<br />
*[https://www.rosettacommons.org/software Strona domowa]<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Rosetta&diff=4870Rosetta2014-08-05T09:34:29Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Rosetta</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Rosetta|logo=[[Plik:rosetta.png|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=3.2.1}}<br />
=== Rosetta ===<br />
<br />
Program Rosetta służy do modelowania struktóry białek.<br />
Zaawansowany algorytm umożliwia tworzenie białek, enzymów de novo, łączenie ligandów oraz przewidywanie struktury złożonych kompleksów.<br />
<br />
=== Licencja ===<br />
<br />
Program Rosetta jest dostepny dla komercyjnych i niekomercyjnych użytkownikóœ za darmo. Licencje można uzyskać na stronie [https://www.rosettacommons.org/software/license-and-download Licencja ]<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego w jednej z kolejek [[PBS]], np:<br />
> qsub -I -q short6h<br />
<br />
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:<br />
> module load rosetta/3.2.1 (dla wersji domyślnej - najnowszej)<br />
<br />
=== Rosetta w sieci ===<br />
*[https://www.rosettacommons.org/software Strona domowa]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:rosetta.png&diff=4861Plik:rosetta.png2014-07-22T08:03:59Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div></div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=VMD&diff=4854VMD2014-07-22T07:09:11Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < VMD </small><br />
{{aplikacja|nazwa=VMD|logo=[[Plik:vmd.gif|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=1.9.1|}}<br />
== VMD ==<br />
<br />
''VMD'' (Visual Molecular Dynamics) – oprogramowanie do modelowania, wizualizacji i analizy systemów biologicznych (m.in. białek, kwasów nukleinowych, lipidów).<br />
<br />
== Licencja ==<br />
<br />
Aby uzyskać dostęp do modułu VMD należy dokonać rejestracji na [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ stronie domowej produktu], zrobić zrzut ekranu potwierdzający proces rejestracji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:800px-Screenvmd.png Przykładowy zrzut]), a następnie wysłać na adres kdm@wcss.pl.<br />
<br />
== Uruchamianie na klastrze ==<br />
<br />
* Należy przekierować wyświetlanie wg. [[Przekierowanie wyświetlania | instrukcji ]]<br />
* Załadować moduł poleceniem :<br />
module load vmd<br />
* Uruchomić program poleceniem :<br />
vmd<br />
<br />
<br />
== VMD w sieci ==<br />
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/allversions/what_is_vmd.html Strona domowa VMD]<br />
* [http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd-index.html Tutoriale]<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:vmd.gif&diff=4853Plik:vmd.gif2014-07-22T07:08:02Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div></div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Tinker&diff=4851Tinker2014-07-21T13:22:23Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Tinker</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Tinker|logo=[[Plik:tinker.gif|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja= 5.1.09}} <br />
'''Tinker''' - oprogramowanie chemiczne przeznaczone do prowadzenia symulacji metodami mechaniki molekularnej, ze specjalnymi funkcjami do analizy właściwości biopolimerów. Pakiet Tinker umożliwia prowadzenie optymalizacji geometrii układów, symulacji dynamiki molekularnej oraz analizę parametrów strukturalnych. W skład pakietu wchodzą standardowe pola siłowe, takie jak Amber (ff94, ff96, ff98, ff99, ff99SB), CHARMM (19, 22, 22/CMAP), Allinger MM (MM2-1991 and MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA), pole siłowe Merck Molecular (MMFF), Liam Dang's model oraz pole siłowe AMOEBA (2004, 2009, 2013).<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Pakiet jest darmowy, działający na licencji U.S. Copyright Law. Użytkownicy korzystający z Tinker zobowiązani są do podpisania licencji (http://dasher.wustl.edu/ffe/downloads/license.pdf) oraz przesłania jej na adres:<br />
:Dr. Jay W. Ponder<br />
:Department of Chemistry, Box 1134<br />
:Washington University in Saint Louis<br />
:One Brookings Drive<br />
:Saint Louis, MO 63 130 U.S.A<br />
<br />
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następujących prac:<br />
<br />
:P. Ren, C. Wu and J. W. Ponder, J. Chem. Theory Comput., 7, 3143-3161 (2011)<br />
:M. J. Schnieders and J. W. Ponder, J. Chem. Theory Comput., 3, 2083-2097 (2007)<br />
:P. Ren and J. W. Ponder, J. Phys. Chem. B, 107, 5933-5947 (2003)<br />
:R. V. Pappu, R. K. Hart and J. W. Ponder, J. Phys. Chem. B, 102, 9725-9742 (1998)<br />
:M. E. Hodsdon, J. W. Ponder and D. P. Cistola, J. Mol. Biol., 264, 585-602 (1996)<br />
:C. E. Kundrot, J. W. Ponder and F. M. Richards, J. Comput. Chem., 12, 402-409 (1991)<br />
:J. W. Ponder and F. M. Richards, J. Comput. Chem., 8, 1016-1024 (1987)<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
Program skompilowany jest kompilatorem gfortran. Tinkera 5.1.09 jest odpowiednią wersją dla Molcasa 7.8.<br />
<br />
;Uruchamianie<br />
Przygotowanie środowiska i uruchomienie aplikacji:<br />
> qsub -I -l software=Tinker_5.1.09<br />
> module load molcas/molcas78<br />
> cd /usr/local/molcas/molcas78/tinker-5.1.09/example/<br />
> /usr/local/molcas/molcas78/tinker-5.1.09/example $ analyze water.xyz -k water.key e>$HOME/woda.out<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* http://dasher.wustl.edu/ffe/<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:tinker.gif&diff=4850Plik:tinker.gif2014-07-21T13:21:23Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div></div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Tinker&diff=4849Tinker2014-07-21T13:19:35Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Tinker</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Tinker|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja= 5.1.09}} <br />
'''Tinker''' - oprogramowanie chemiczne przeznaczone do prowadzenia symulacji metodami mechaniki molekularnej, ze specjalnymi funkcjami do analizy właściwości biopolimerów. Pakiet Tinker umożliwia prowadzenie optymalizacji geometrii układów, symulacji dynamiki molekularnej oraz analizę parametrów strukturalnych. W skład pakietu wchodzą standardowe pola siłowe, takie jak Amber (ff94, ff96, ff98, ff99, ff99SB), CHARMM (19, 22, 22/CMAP), Allinger MM (MM2-1991 and MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA), pole siłowe Merck Molecular (MMFF), Liam Dang's model oraz pole siłowe AMOEBA (2004, 2009, 2013).<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Pakiet jest darmowy, działający na licencji U.S. Copyright Law. Użytkownicy korzystający z Tinker zobowiązani są do podpisania licencji (http://dasher.wustl.edu/ffe/downloads/license.pdf) oraz przesłania jej na adres:<br />
:Dr. Jay W. Ponder<br />
:Department of Chemistry, Box 1134<br />
:Washington University in Saint Louis<br />
:One Brookings Drive<br />
:Saint Louis, MO 63 130 U.S.A<br />
<br />
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następujących prac:<br />
<br />
:P. Ren, C. Wu and J. W. Ponder, J. Chem. Theory Comput., 7, 3143-3161 (2011)<br />
:M. J. Schnieders and J. W. Ponder, J. Chem. Theory Comput., 3, 2083-2097 (2007)<br />
:P. Ren and J. W. Ponder, J. Phys. Chem. B, 107, 5933-5947 (2003)<br />
:R. V. Pappu, R. K. Hart and J. W. Ponder, J. Phys. Chem. B, 102, 9725-9742 (1998)<br />
:M. E. Hodsdon, J. W. Ponder and D. P. Cistola, J. Mol. Biol., 264, 585-602 (1996)<br />
:C. E. Kundrot, J. W. Ponder and F. M. Richards, J. Comput. Chem., 12, 402-409 (1991)<br />
:J. W. Ponder and F. M. Richards, J. Comput. Chem., 8, 1016-1024 (1987)<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
Program skompilowany jest kompilatorem gfortran. Tinkera 5.1.09 jest odpowiednią wersją dla Molcasa 7.8.<br />
<br />
;Uruchamianie<br />
Przygotowanie środowiska i uruchomienie aplikacji:<br />
> qsub -I -l software=Tinker_5.1.09<br />
> module load molcas/molcas78<br />
> cd /usr/local/molcas/molcas78/tinker-5.1.09/example/<br />
> /usr/local/molcas/molcas78/tinker-5.1.09/example $ analyze water.xyz -k water.key e>$HOME/woda.out<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* http://dasher.wustl.edu/ffe/<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Siesta&diff=4848Siesta2014-07-21T13:17:58Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Siesta</small><br />
{{aplikacja|nazwa=SIESTA|logo=[[Plik:siesta.png|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=3.0-rc2|wersja2=3.2}}<br />
'''SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)''' <br />
<br />
Wydajna aplikacja do przeprowadzania obliczeń DFT. Implementacją autorskiej metody pozwala na licznie b.dużych układów w <br />
rozsądnym czasie. Stosowana tam, gdzie kosztowne, liczące funkcje falowe wszystkich elektronów, metody byłyby nieefektywne. <br />
<br />
Algorytm SIESTY liczy tylko walencyjne gęstości elektronowe, reszta(rdzeń) przybliżany jest psudopotencjałem.<br />
Ze względu na użyte metody SIESTA daje wiarygodne wyniki w przypadku stanów podstawowych, np: szukanie optymalnej <br />
geometrii, ścieżka reakcji, MD. Nie radzi sobie natomiast ze stanami wzbudzonymi oraz, ponieważ korzysta z aproksymacji <br />
pseudopotencjałami, z właściwości wynikających ze stanów elektronów rdzenia atomowego (np. gradient elektronowy).<br />
<br />
Szybkość SIESTY bierze się z zastosowanych przybliżeń (pseudopotencjały) oraz z alternatywnego algorytmu liczenia, który <br />
skaluje się liniowo (N-order method). SIESTA może przełączać się między standardowym i alternatywny algorytmem (domyślnie <br />
przełączenie ustawione jest na 100 atomów), aby zapewnić maksymalną efektywność.<br />
<br />
Wg. "SIESTA cominando" A.Postnikov<br />
<br />
=== Licencja ===<br />
WCSS posiada licencję dla centrum obliczeniowego ([http://departments.icmab.es/leem/siesta/CodeAccess/academic-licence.html]). Niezależnie od tego, każdy użytkownik, który chce prowadzić obliczania musi wystąpić do autorów i uzyskać [http://departments.icmab.es/leem/siesta/CodeAccess/computer-center-licence.html ]licencję indywidualną. WCSS nie może wykonać tego kroku w imieniu użytkownika. <br />
<br />
W celu uzyskania dostępu do systemowej instalacji Siesty, prosimy o zgłoszenie takiego zapotrzebowania do [[kontakt|administratorów]], pamiętając o wcześniejszym uzyskaniu licencji indywidualnej. Tylko posiadaczom takiej licencji WCSS może umożliwić dostęp.<br />
<br />
=== Korzystanie w WCSS ===<br />
Siesta oraz Transiesta w ver.3.0-rc2 dostępne są w WCSS na klastrze [[Supernova]].<br />
<br />
/usr/local/bin/sub-siesta-3.0-rc2<br />
Sposob uzycia: sub-siesta-3.0-rc2 plik_danych.fdf kolejka liczba_procesorow_per_wezel <br />
pamiec_w_MB_per_wezel liczba_wezlow<br />
<br />
=== Dokumentacja ===<br />
* [http://www.icmab.es/siesta Strona domowa pakietu]<br />
<br />
<br />
{{Oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:siesta.png&diff=4847Plik:siesta.png2014-07-21T13:17:52Z<p>Mkowalska: Mkowalska przesłano nową wersję pliku „Plik:siesta.png“</p>
<hr />
<div></div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:siesta.png&diff=4846Plik:siesta.png2014-07-21T13:16:51Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div></div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=R&diff=4845R2014-07-21T13:14:09Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R</small><br />
{{aplikacja|nazwa=R|logo=[[Plik:Rlogo.jpg|noframe|center]] |serwer=[[Supernova]]|wersja=3.1.0|wersja2=3.0.2|wersja3=2.14}}<br />
<br />
'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.<br />
<br />
=== R w WCSS ===<br />
;Wstawianie zadań do kolejki:<br />
dla R 3.1.0:<br />
<br />
'''sub-R''' plik.r [kolejka] [liczba_rdzeni] [ilosc_pamieci_w_MB] [opcjonalne_parametry]<br />
<br />
Po zakończeniu obliczeń zostanie wysłany mail na adres podany przy rejestracji konta, a w katalogu z plikiem wejściowym pojawią się pliki: <code>nazwa_pliku.oXXXXX</code> i <code>nazwa_pliku.eXXXXX</code>, zawierające kolejno, wynik działania programu (STDOUT) i powstałe błędy (STDERR), XXXXX to jest liczba będąca numerem zadania w kolejce.<br />
<br />
Uruchamianie zadań poza kolejką jest zabronione.<br />
<br />
==== Zainstalowane pakiety ====<br />
Listę dostępnych rozszerzeń można sprawdzić poleceniem:<br />
<pre><br />
installed.packages()<br />
</pre><br />
po uruchomienu R w trybie interaktywnym.<br />
Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
=== R w sieci ===<br />
* [http://www.r-project.org/ Strona główna projektu R]<br />
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]<br />
* [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]<br />
* [https://www.im.uj.edu.pl/gur/ Grupa użytkowników R]<br />
<br />
{{Oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:Rlogo.jpg&diff=4844Plik:Rlogo.jpg2014-07-21T13:12:26Z<p>Mkowalska: Mkowalska przesłał Plik:Rlogo.jpg</p>
<hr />
<div>Logo R</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:orca.jpg&diff=4843Plik:orca.jpg2014-07-21T13:11:17Z<p>Mkowalska: Mkowalska przesłano nową wersję pliku „Plik:orca.jpg“</p>
<hr />
<div></div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Orca&diff=4842Orca2014-07-21T13:08:39Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=[[Plik:orca.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja2=2.9.1 |wersja=3.0.1}}<br />
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej (zobacz [http://cec.mpg.de/forum/license.html treść licencji]). Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 4 licencji):<br/> '''''"Neese, F. ORCA – an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.5. University of Bonn, 2006."'''''<br />
<br />
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.<br />
<br />
{{Podziękowanie WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
=== Uruchamianie zadań ===<br />
Zadanie wstawia się do kolejki poleceniem:<br />
<br />
> '''sub-orca''' plik_wejsciowy [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB]<br />
<br />
Gdzie:<br />
* Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne<br />
* Domyślne wartości:<br />
** kolejka = normal<br />
** NCPUS = 1<br />
** pamiec_w_MB = 1800 - pamięć na całe zadanie<br />
* Polecenie uruchamia najnowszą zainstalowaną wersję pakietu.<br />
<br />
Dostępne są też dodatkowe skrypty - do obliczeń sekwencyjnych z uproszczoną składnią dla starszej wersji pakietu:<br />
> sub-orca-seq [kolejka] [pamiec_w_MB] (wersja 2.9.1)<br />
> sub-orca-2.9.1 [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB] <br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:<br />
<br />
> '''qsub -I''' -q short6h <br />
<br />
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:<br />
> '''module load orca''' (dla wersji domyślnej - najnowszej)<br />
> module load orca/2.9.1 <br />
> module load orca/3.0.1<br />
<br />
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.<br />
<br />
Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):<br />
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
=== Zadania równoległe ===<br />
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI. <br />
* Dla wersji 2.9.1. są to:<br />
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-‐Cluster), CPSCF, MDCI, CIS/TDDFT, MP2 and RI-‐MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.<br />
* Dla wersji 3.0.1 są to:<br />
:SCF, SCFGRAD, SCFHESS, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Canonical-, PNO-, DLPNO-Methods), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.<br />
<br />
Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):<br />
<br />
! PAL4<br />
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)<br />
<br />
lub<br />
<br />
%pal nprocs 4<br />
end <br />
<br />
Wstawiając zadanie skryptem <code>sub-orca</code> należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:<br />
> sub-orca plik_wejsciowy normal 4 7200<br />
<br />
Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną <code>ORCA_ROOT</code> ustawianą przez moduł:<br />
> module load orca<br />
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* Dokumentacja użytkownika znajduje się w katalogu instalacji $ORCA_ROOT/orca_manual_3_0_1.pdf<br />
* [http://cec.mpg.de/forum/ Strona domowa programu]<br />
* [http://cec.mpg.de/forum/OrcaManual.pdf Manual do najnowszej wersji] (dostępny także w katalogu instalacji $ORCA_ROOT/orca_manual_3_0_1.pdf)<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:orca.jpg&diff=4841Plik:orca.jpg2014-07-21T13:07:56Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div></div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=OpenFOAM&diff=4840OpenFOAM2014-07-21T13:05:16Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < OpenFOAM</small><br />
{{aplikacja|nazwa=OpenFOAM|logo=[[Plik:OpenfoamLogo.png|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=1.7.1|wersja2=2.1.0|wersja3=2.3.0}}<br />
'''OpenFOAM''' (''Open Field Operation and Manipulation'') - pakiet oprogramowania przeznaczony do symulacji dynamiki płynów (CFD).<br />
<br />
Na klastrze [[Nova]] dostępna jest wersja OpenFOAM 1.7.1; 2.1.0; 2.3.0.<br />
<br />
Znajdują się w katalogach:<br />
> /usr/local/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.1<br />
> /usr/local/OpenFOAM/OpenFOAM-2.1.0<br />
> /usr/local/OpenFOAM/OpenFOAM-2.3.0<br />
<br />
Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów.<br />
Załadowanie modułu w powłoce (w zależności od wersji):<br />
> module load OpenFOAM-1.7.1<br />
> module load OpenFOAM-2.1.0<br />
> module load OpenFOAM-2.3.0<br />
<br />
;Informacje o wykorzystaniu<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
;OpenFOAM w sieci<br />
*[http://www.opencfd.co.uk/openfoam/ Strona domowa pakietu OpenFOAM]<br />
*[http://www.opencfd.co.uk/openfoam/doc/index.html Dokumentacja on-line]<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=NWChem&diff=4839NWChem2014-07-21T12:51:03Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NWChem</small><br />
{{aplikacja|nazwa=NWChem|logo=[[Plik:nwchem.png|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja='''6.3'''|wersja2=6.1.1}}<br />
'''NWCHEM''' jest pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).<br />
<br />
== Korzystanie z pakietu w WCSS ==<br />
Obecnie zainstalowane są wersje '''6.1.1''' oraz '''6.3'''.<br />
<br />
Obliczenia uruchamia się poleceniem:<br />
<br />
> sub-nwchem plik_danych.nw pamięc-w-MB kolejka liczba_procesorow <br />
<br />
gdzie:<br />
* <code>pamiec-w-MB</code> - pamięć operacyjna dla całego zadania, musi być podana w MB.<br />
* <code>plik_danych.nw</code> - plik z danymi programu<br />
* <code>kolejka</code> - kolejka PBS, w której ma być uruchomione zadanie (domyślnie parallel)<br />
* <code>liczba_procesorow</code> - domyślnie zadanie uruchamiane jest na 4 procesorach, wartość tego parametru powinna być wielokrotnością 4.<br />
<br />
Przykład uruchomienia (z pamięcią 7 GB, kolejka parallel, zadanie 4 procesorowe):<br />
<br />
> sub-nwchem test.nw 7000 parallel 4 <br />
<br />
;Plik wejściowy<br />
Poniżej znajduje się przykładowy plik wejściowy do obliczeń programem NWChem (dla Fe(CO)5).<br />
<pre><br />
start feco5<br />
# Fe(CO)5<br />
<br />
geometry units au<br />
symmetry group d3h<br />
<br />
fe 0.0 0.0 0.0<br />
<br />
c 0.0 0.0 3.414358<br />
o 0.0 0.0 5.591323<br />
<br />
c 2.4417087 2.4417087 0.0<br />
o 3.9810552 3.9810552 0.0<br />
end<br />
<br />
basis<br />
fe library 3-21g<br />
o library 3-21g<br />
c library 3-21g<br />
end<br />
<br />
basis "cd basis"<br />
o library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"<br />
c library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"<br />
fe library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"<br />
end<br />
<br />
dft<br />
xc becke88 lyp<br />
end<br />
<br />
task dft<br />
</pre><br />
Jeżeli plik wejściowy ma nazwę '''feco5.nw''', obliczenia zleci się poleceniem:<br />
> sub-nwchem feco5.nw 2000 parallel 4<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.emsl.pnl.gov/docs/nwchem/capabilities/nwchem_capab.html Strona domowa pakietu NWChem]<br />
* [http://www.emsl.pnl.gov/capabilities/computing/nwchem/docs/usermanual.pdf Podręcznik użytkownika NWChem]<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:nwchem.png&diff=4838Plik:nwchem.png2014-07-21T12:50:03Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div></div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=NBO&diff=4837NBO2014-07-21T12:39:12Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NBO</small><br />
{{aplikacja|nazwa=NBO|serwer=[[Supernova]]|wersja=6.0}}<br />
=== NBO ===<br />
<br />
Program NBO analizuje wieloelektronową funkcję falową pod względem lokalizacji par elektronowych cząsteczki. Wykorzystuje rozkład gęstości elektronowej, w celu określenia najbardziej trafnej struktury Lewisa.<br />
<br />
Program determinuje:<br />
* Naturalny orbital atomowy (NAOs)<br />
* Naturalny orbital hybrydowy (NHOs)<br />
* Naturalny orbital wiążący (NBOs)<br />
* Naturalnie zlokalizowany orbital molekularny (NLMOs)<br />
<br />
=== Wstawianie zadań ===<br />
<br />
* użycie NBO wymaga załadowania modułu w skrypcie zadania lub z linii poleceń w trakcie zadania interaktywnego:<br />
module load nbo/6.0<br />
<br />
* użycie NBO wraz z Gaussianem 2009 D.01 wymaga załadowania innego modułu i następnie uruchomienie g09. Zalecane jest użycie zadania interaktywnego. Jeśli zadanie g09 wymaga podania liczby procesorów lub wielkości pamięci innych niż domyślne, to należy dodać odpowiednie karty %nproc i %mem do pliku danych g09.<br />
module load nbo/6.0-g09<br />
g09 plik_danych.inp plik_wynikow.log<br />
<br />
* użycie NBO wraz z GAMESS'em 2013 możliwe jest poprzez zlecenie zadania przy użyciu jednego z następujących skryptów:<br />
sub-gamess lub sub-gamess-2013.05.01-R1 <br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
=== NBO w sieci ===<br />
* [https://www.chem.wisc.edu/~nbo5/ Strona domowa NBO]<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=NAMD&diff=4836NAMD2014-07-21T12:38:06Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NAMD</small><br />
{{aplikacja|nazwa=NAMD|logo=[[Plik:namd.gif|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.8|wersja2=2.7b1}}<br />
<br />
== NAMD ==<br />
<br />
NAMD (''NAnoscale Molecular Dynamics'') - kod przeprowadzający wysoko-jakościową symulacje dużych, biologicznych systemów. Bazuje on na równolegle zorientowanym języku programowania Charm++. Program NAMD jest kompatybilny z programem VMD, w którym możemy zwizualizować oraz przeanalizować trajektorie symulowanego systemu. <br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
NAMD w wersji 2.7b1 z 23 marca 2009 zainstalowany jest na klastrze [[Nova]], w wersji równoległej, wykorzystującej do 8-miu CPU w obrębie jednego węzła. Zlokalizowany jest w katalogu:<br />
/usr/local/namd2<br />
<br />
== Licencja ==<br />
<br />
Aby móc korzystać z NAMD należy zapoznać się z licencją, która znajduje się w katalogu domowym NAMD w pliku <code>license.txt</code> (<code>/usr/local/namd2/license.txt</code>).<br />
<br />
* W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst:<br />
<br />
NAMD was developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group in<br />
the Beckman Institute for Advanced Science and Technology at the University<br />
of Illinois at Urbana-Champaign.<br />
<br />
* oraz podać w bibliografii:<br />
<br />
James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart,<br />
Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel,<br />
Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD.<br />
Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005.<br />
* Informacje o wykorzystaniu:<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ Strona domowa pakietu]<br />
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b1/ug/ Podręcznik użytkownika]<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:namd.gif&diff=4835Plik:namd.gif2014-07-21T12:37:24Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div></div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=NAMD&diff=4834NAMD2014-07-21T12:35:42Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NAMD</small><br />
{{aplikacja|nazwa=NAMD|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.8|wersja2=2.7b1}}<br />
<br />
== NAMD ==<br />
<br />
NAMD (''NAnoscale Molecular Dynamics'') - kod przeprowadzający wysoko-jakościową symulacje dużych, biologicznych systemów. Bazuje on na równolegle zorientowanym języku programowania Charm++. Program NAMD jest kompatybilny z programem VMD, w którym możemy zwizualizować oraz przeanalizować trajektorie symulowanego systemu. <br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
NAMD w wersji 2.7b1 z 23 marca 2009 zainstalowany jest na klastrze [[Nova]], w wersji równoległej, wykorzystującej do 8-miu CPU w obrębie jednego węzła. Zlokalizowany jest w katalogu:<br />
/usr/local/namd2<br />
<br />
== Licencja ==<br />
<br />
Aby móc korzystać z NAMD należy zapoznać się z licencją, która znajduje się w katalogu domowym NAMD w pliku <code>license.txt</code> (<code>/usr/local/namd2/license.txt</code>).<br />
<br />
* W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst:<br />
<br />
NAMD was developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group in<br />
the Beckman Institute for Advanced Science and Technology at the University<br />
of Illinois at Urbana-Champaign.<br />
<br />
* oraz podać w bibliografii:<br />
<br />
James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart,<br />
Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel,<br />
Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD.<br />
Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005.<br />
* Informacje o wykorzystaniu:<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ Strona domowa pakietu]<br />
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b1/ug/ Podręcznik użytkownika]<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=NAMD&diff=4833NAMD2014-07-21T12:34:25Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NAMD</small><br />
{{aplikacja|nazwa=NAMD|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.8|wersja2=2.7b1}}<br />
<br />
== NAMD ==<br />
<br />
NAMD (''NAnoscale Molecular Dynamics'') - kod przeprowadzający wysoko-jakościową symulacje dużych, biologicznych systemów. Bazuje on na równolegle zorientowanym języku programowania Charm++. Program NAMD jest kompatybilny z programem VMD, w którym możemy zwizualizować oraz przeanalizować trajektorie symulowanego systemu. <br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
NAMD w wersji 2.7b1 z 23 marca 2009 zainstalowany jest na klastrze [[Nova]], w wersji równoległej, wykorzystującej do 8-miu CPU w obrębie jednego węzła. Zlokalizowany jest w katalogu:<br />
/usr/local/namd2<br />
<br />
== Licencja ==<br />
<br />
Aby móc korzystać z NAMD należy zapoznać się z licencją, która znajduje się w katalogu domowym NAMD w pliku <code>license.txt</code> (<code>/usr/local/namd2/license.txt</code>).<br />
<br />
* W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst:<br />
<br />
NAMD was developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group in<br />
the Beckman Institute for Advanced Science and Technology at the University<br />
of Illinois at Urbana-Champaign.<br />
<br />
* oraz podać w bibliografii:<br />
<br />
James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart,<br />
Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel,<br />
Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD.<br />
Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005.<br />
<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ Strona domowa pakietu]<br />
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b1/ug/ Podręcznik użytkownika]<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=MPB&diff=4832MPB2014-07-21T12:29:11Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] MPB</small><br />
{{aplikacja|nazwa=MPB|logo=[[Plik:Mpb.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=1.4.2}}<br />
'''MPB''' - program MIT Photonic Bands (MPB) bazujący na algorytmie rozwinięcia fali płaskiej PWE (ang. ''Plane Wave Expansion''), który należy do grupy metod spektralnych z bazową falą płaską. Pakiet MPB jest zestawem programów służących do obliczeń struktury pasmowej i stanu polaryzacji fal elektromagnetycznych w periodycznych strukturach dielektrycznych. W ogólności metoda ta jest przeznaczona do symulacji struktur o periodycznej dystrybucji współczynnika załamania. W przypadku symulacji struktur nie okresowych, algorytm PWE wprowadza do obliczeń sztuczną okresowość. <br />
<br />
Program MPB charakteryzuje się następującymi cechami:<br />
* wyznacza z równań Maxwella zdefiniowane częstotliwościowe stany własne dla dowolnych wektorów falowych w dielektrycznej strukturze periodycznej,<br />
* wykorzystuje w pełni wektorowe, trójwymiarowe obliczenia,<br />
* wykorzystuje iteracyjne metody analizy zagadnień własnych,<br />
* nie wprowadza uproszczeń do równań rządzących propagacją,<br />
* opiera się na języku skryptowym Scheme,<br />
* wynikiem obliczeń jest struktura pasmowa badanego kryształu i stany polaryzacji fali EM,<br />
* jest kompatybilny z większością systemów Unixowych,<br />
* wspiera pracę wielowątkową na superkomputerach przy użyciu interfejsu MPI.<br />
<br />
=== Licencja ===<br />
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL]. <br />
<br />
=== MPB w WCSS ===<br />
Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów.<br />
Załadowanie modułu w powłoce:<br />
> module load mpb<br />
<br />
<br />
=== MPB w sieci ===<br />
* [http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/MIT_Photonic_Bands Strona domowa MPB]<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:Mpb.jpg&diff=4831Plik:Mpb.jpg2014-07-21T12:28:50Z<p>Mkowalska: Mkowalska przesłano nową wersję pliku „Plik:Mpb.jpg“</p>
<hr />
<div></div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:Mpb.jpg&diff=4830Plik:Mpb.jpg2014-07-21T12:27:37Z<p>Mkowalska: Mkowalska przesłano nową wersję pliku „Plik:Mpb.jpg“</p>
<hr />
<div></div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:Mpb.jpg&diff=4829Plik:Mpb.jpg2014-07-21T12:26:01Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div></div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=MOPAC&diff=4828MOPAC2014-07-21T12:24:30Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < MOPAC</small> <br />
{{aplikacja|nazwa=MOPAC|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=7.1}}<br />
'''MOPAC2009''' - aplikacja, w której zaimplementowano półempiryczne metody chemii obliczeniowej, stosowane w przypadku układów, których liczenie tradycyjnymi metodami ''ab initio'' (HF, CCSD, CI itd.) byłoby zbyt kosztowne obliczeniowo. <br />
<br />
=== MOPAC w WCSS ===<br />
Pakiet zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]].<br />
<br />
Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako [[PBS#Zadania_interaktywne|zadanie interaktywne]]:<br />
qsub -I -l software=Mopac<br />
<br />
Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego [[modules|modułu]]:<br />
module load mopac<br />
<br />
Program można wywoływać poleceniem:<br />
mopac plik.mop<br />
<br />
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:<br />
sub-mopac plik.mop [ pamiec ] [ kolejka ] <br />
<br />
Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki <code>normal</code> z przydziałem 1 rdzenia i 1800MB pamięci.<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
=== MOPAC w sieci ===<br />
* [http://openmopac.net/ Strona domowa pakietu]<br />
<br />
<br />
{{Oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Molpro&diff=4827Molpro2014-07-21T12:16:12Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molpro</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Molpro|logo=[[Plik:Molpro.png]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=2012.1.12|wersja2=2012.1.5|wersja3=2010.1|wersja4=2009.1}}<br />
'''MOLPRO''' jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ''ab initio'', ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju. <br />
<br />
== Informacje ogólne ==<br />
Główne cechy MOLPRO:<br />
* pełny zakres metod ''ab initio''<br />
* moduły <code>direct</code> i <code>local</code> dla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset<br />
* obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji<br />
* możliwość generowania danych wsadowych dla [[Gaussian]]a, [[Molden]]a, formaty XYZ, i inne<br />
* przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)<br />
<br />
Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.<br />
<br />
== MOLPRO w WCSS ==<br />
<br />
=== Zalecenia ogólne ===<br />
<br />
Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako [[PBS#Zadania_interaktywne|zadanie interaktywne]]:<br />
qsub -I -l software=Molpro_WERSJA<br />
<br />
Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego [[modules|modułu]]:<br />
module load molpro<br />
<br />
Program można wywoływać poleceniem:<br />
molpro [opcje] plik.inp<br />
<br />
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:<br />
'''sub-molpro''' plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka<br />
<br />
Należy pamiętać o podaniu w pliku danych odpowiedniej karty '''memory'''. Wartość podawana w tej karcie musi być nieco mniejsza niż wartość pamięci podana jako argument dla skryptu '''sub-molpro''', tak aby system kolejkowy miał pewien bufor operacyjny.<br />
<br />
Ważne:<br />
* karta '''memory''' specyfikuje pamięć per każdy proces MOLPRO ! <br />
* jeden MEGA WORD = 8 MEGA BAJTÓW !<br />
* interesująca dyskusja na temat pamięci w MOLPRO: http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/2010-April/003723.html<br />
<br />
=== Molpro 2009.1 ===<br />
* system obliczeniowy: [[Supernova]]<br />
<br />
Wstawianie zadań skryptem '''sub-molpro-2009''' -- jako argument wymagany jest tylko plik danych oraz opcjonalnie [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka].<br />
<br />
=== Molpro 2010.1 ===<br />
* system obliczeniowy: [[Supernova]]<br />
<br />
Zostały zainstalowane dwie wersje: mpp oraz mppx.<br />
<br />
Molpro2010.1 w wersji '''mppx''' uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów.<br />
Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany.<br />
<br />
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:<br />
'''sub-molpro_mppx''' plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka] <br />
<br />
Molpro2010.1 w wersji '''mpp''' uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.<br />
<br />
Zadania do kolejki wstawia się wywołując:<br />
'''sub-molpro-2010.1''' plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka] <br />
<br />
Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.<br />
<br />
=== Molpro 2012.1 ===<br />
* system obliczeniowy: [[Supernova]]<br />
<br />
Począwszy od wersji 2012 metody zrównoleglenia MPP i MPPX są zintegrowane w tej samej instalacji a algorytm jest wybierany automatycznie podczas uruchomienia.<br />
<br />
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:<br />
'''sub-molpro-2012.1.5''' plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka<br />
plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log<br />
<br />
Można korzystać także z polecenia '''sub-molpro''', które wskazuje na najnowszą zainstalowaną wersję domyślną programu.<br />
<br />
== Informacje o wykorzystaniu ==<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.molpro.net/ Strona główna MOLPRO]<br />
* [http://ccmst.gatech.edu/wiki/index.php?title=Molpro#Parallel_Computations CCMST Wiki]<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Molden&diff=4826Molden2014-07-21T11:58:52Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molden </small><br />
{{aplikacja|nazwa=Molden|logo=[[Plik:Molden.gif]]|serwer=[[Supernova]] |wersja=5.0}}<br />
'''Molden''' - program do pre- i postprocessingu struktur molekularnych.<br />
<br />
;Główne zastosowania:<br />
* Czytanie outputu z programów chemicznych takich jak Gaussian, Gamess i Molpro.<br />
* Tworzenie graficznego formatu orbitali molekularnych i gęstości molekularnej.<br />
* Animacja ścieżki reakcji.<br />
* Zaawansowany edytor Z-Matrix.<br />
<br />
;Aby uruchomić Moldena na Supernovej należy:<br />
# zalogować się z [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniem wyświetlania]]<br />
# wstawić graficzne zadanie interaktywne <br />
#:<pre>$ qsub -I -X -l software=Molden</pre><br />
# załadować moduł molden<br />
#:<pre>$ module load molden</pre><br />
# uruchomić program poleceniem molden<br />
#:<pre>$ molden</pre><br />
<br />
;Informacje o wykorzystaniu <br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
;Molden w sieci<br />
* http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html<br />
<br />
'''Zobacz też''' : [[oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Molden&diff=4825Molden2014-07-21T11:57:49Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molden </small><br />
{{aplikacja|nazwa=Molden|logo=[[Plik:Molden.gif]]|serwer=[[Supernova]] |wersja=5.0}}<br />
'''Molden''' - program do pre- i postprocessingu struktur molekularnych.<br />
<br />
;Główne zastosowania:<br />
* Czytanie outputu z programów chemicznych takich jak Gaussian, Gamess i Molpro.<br />
* Tworzenie graficznego formatu orbitali molekularnych i gęstości molekularnej.<br />
* Animacja ścieżki reakcji.<br />
* Zaawansowany edytor Z-Matrix.<br />
<br />
;Aby uruchomić Moldena na Supernovej należy:<br />
# zalogować się z [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniem wyświetlania]]<br />
# wstawić graficzne zadanie interaktywne <br />
#:<pre>$ qsub -I -X -l software=Molden</pre><br />
# załadować moduł molden<br />
#:<pre>$ module load molden</pre><br />
# uruchomić program poleceniem molden<br />
#:<pre>$ molden</pre><br />
<br />
;Molden w sieci<br />
* http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html<br />
<br />
'''Zobacz też''' : [[oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=MOLCAS&diff=4824MOLCAS2014-07-21T11:55:50Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molcas</small><br />
{{uwaga|Licencja WCSS wygasła z dniem 2 grudnia 2013 r. Z programu mogą korzystać użytkownicy i zespoły posiadające własną licencję.}}<br />
{{aplikacja|nazwa=Molcas|logo=[[Plik:Molcas.jpg|120px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=7.6 i 7.8}}<br />
'''Molcas''' - oprogramowanie kwantowo-chemiczne.<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
Na klastrze [[Supernova]] dostępna jest wersja '''7.6''' i '''7.8'''. Wersja starsza zostanie wycofana, gdyż działa niestabilnie.<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
<br />
; Instalacja własnej licencji<br />
Jeśli użytkownik posiada własną licencję może skonfigurować środowisko na klastrze do korzystania z niej. Należy skopiować plik licencji na klaster, następnie założyć w swoim katalogu domowym na klastrze katalog <code>.Molcas</code> (z kropką na początku) i skopiować do niego plik licencji <code>license.dat</code>.<br />
> cd<br />
> mkdir .Molcas<br />
> cp license.dat .Molcas/<br />
<br />
; Uruchamianie zadań <br />
Zadanie wstawiamy skryptem '''/usr/local/bin/old/sub-molcas''' (skrypt uruchamia wersję 7.8), aby poznać składnię należy wywołać skrypt bez argumentów:<br />
> /usr/local/bin/old/sub-molcas<br />
Sposob uzycia: /usr/local/bin/old/sub-molcas plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka<br />
plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log<br />
<br />
;Uwaga:<br />
Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w ten sposób, że stanowi ok. 75% pamięci zadeklarowanej w kolejce. Przykładowo: jeśli wstawimy zadanie do kolejki na 1000MB per rdzeń, to zmienna MOLCASMEM zostanie ustawiona na 750MB. Przeszacowanie pamięci spowoduje, że zadanie będzie dłużej czekać w kolejce oraz MOLCAS będzie działał wolniej.<br />
<br />
<!--<br />
* Zadanie wstawiamy skryptem '''sub-molcas''', aby poznać składnię wywołaj skrypt bez argumentów:<br />
<br />
sub-molcas<br />
Sposob uzycia: sub-molcas-7.8 plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka<br />
plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log<br />
<br />
* dla zadań w kolejce '''bigmem''' należy używać skryptu '''sub-molcas-7.8-bigmem''':<br />
<br />
sub-molcas-7.8-bigmem <br />
Sposob uzycia: /usr/local/bin/sub-molcas-7.8-bigmem plik.inp liczba_rdzeni pamiec_w_MB_per_cale_zadanie<br />
plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log<br />
--><br />
== Dokumentacja ==<br />
;Molcas w sieci<br />
* http://www.molcas.org/<br />
<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Maple&diff=4821Maple2014-07-21T09:45:23Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] <Maple</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Maple|logo=[[Plik:maple.png|noframe|center]]|serwer=[[Klaster kampusowy]]|wersja=15}}<br />
'''Maple''' - program do obliczeń symbolicznych. <br />
<br />
*[http://cloud.pionier.net.pl/index.php?page=software&idApp=13 Informacje o licencji]<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
<br />
'''Maple w sieci'''<br />
*[http://www.maplesoft.com/ Strona Maplesoft]<br />
*[http://www.sadowski.edu.pl/maple/ M.P. Sadowski, Podstawy programu MAPLE]<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:maple.png&diff=4820Plik:maple.png2014-07-21T09:44:50Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div></div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Meep&diff=4819Meep2014-07-21T09:32:00Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small><br />
{{aplikacja|nazwa=MEEP|logo=[[Plik:Meep-logo.png|150px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=1.1.1}}<br />
'''Meep''' (''MIT Electromagnetic Equation Propagation'')<br />
<br />
=== Licencja ===<br />
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL]. <br />
<br />
=== Korzystanie w WCSS ===<br />
<br />
MEEP 1.1.1 w wersji równoległej. Znajduje się w katalogu <code> /usr/local/meep-1.1.1/</code><br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
=== Wstawianie zadań do systemu kolejkowego ===<br />
<br />
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego został stworzony skrypt <code>sub-meep</code>, sposób użycia:<br />
<br />
sub-meep "definicje" "plik(i)_ctl" wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]<br />
<br />
np:<br />
sub-meep "compute-mode?=true" "holey-wvg-cavity.ctl" 4000 parallel 4<br />
<br />
<br />
;Zobacz też<br />
* [http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/Meep Strona domowa pakietu]<br />
* [http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/Meep_manual Podręcznik użytkownika]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Matlab&diff=4818Matlab2014-07-21T09:27:05Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div>[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]<br />
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Matlab</small><br />
{{uwaga|'''Licencja WCSS jest przeznaczona dla użytkowników WCSS, do celów badawczych.''' Pracownicy i doktoranci PWr mogą korzystać z licencji badawczej Politechniki. Studenci i prowadzący zajęcia dydaktyczne na PWr powinni korzystać z licencji dydaktycznej Politechniki. W celu uzyskania licencji i nośników instalacyjnych należy kontaktować się z administratorami '''wydziałowymi''' lub Działem Informatyzacji PWr. WCSS nie dysponuje informacjami o administratorach wydziałowych.}}<br />
{{aplikacja|nazwa=Matlab|logo=[[Grafika:Matlab1.png]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=R2013a|wersja2=R2012a|serwer2=[[Klaster kampusowy]]|wersja21=R2013a}}<br />
'''MATLAB''' jest środowiskiem obliczeniowym przeznaczonym dla inżynierów i naukowców, umożliwiającym przeprowadzanie obliczeń matematycznych, analizy numerycznej, wizualizacji otrzymanych wyników (2D, 3D), jak również tworzenie algorytmów i programów. Język MATLAB-a jest intuicyjny i wygodny w użyciu, co sprawia, że opracowanie algorytmów jest prostsze niż w przypadku takich języków programowania jak C czy Fortran.<br />
<br />
== Informacje ogólne ==<br />
Główne funkcjonalności MATLAB-a:<br />
* obliczenia numeryczne do szybkiego generowania wyników<br />
* grafika do wizualizacji i analizy danych<br />
* interaktywny język i środowisko programistyczne<br />
* narzędzia do budowy własnego GUI<br />
* integracja z zewnętrznymi aplikacjami składającymi się z komponentów C, C++, Fortran, Java, COM, Excel.<br />
* import danych z plików i urządzeń zewnętrznych (dodatkowo dostęp do baz danych i kolejnych urządzeń)<br />
* konwersja aplikacji MATLAB-a na C i C++ przy użyciu kompilatora.<br />
<br />
== Licencja udostępniana przez WCSS ==<br />
Aktualnie dostępna wersja to '''R2013a''' dla systemów Linux (x86, x86_64), Mac (Intel) i Windows (Server 2008, Server 2008R2, XP SP3, Vista, 7). Prosimy o [[kontakt]] z administratorami w celu wypożyczenia płyt instalacyjnych (tylko DVD). Wymagania pakietu: http://www.mathworks.com/support/sysreq/<br />
<br />
W skład pakietu wchodzi szereg dodatkowych narzędzi rozszerzających jego możliwości, ukierunkowanych na rozwiązywanie zadań z danego obszaru. WCSS udostępnia licencję obejmującą szereg pakietów, są to:<br />
<br />
* '''Matlab''' (30) - pakiet główny<br />
* '''Bioinformatics Toolbox''' (1)<br />
* '''Communications System Toolbox''' (5) - rozszerza środowisko Matlab o funkcje, wykresy i graficzny interfejs użytkownika stosowane do badania, projektowania, analizy i symulacji algorytmów warstwy fizycznej systemów komunikacji (np. systemy wireless, wireline). Stosowany głównie do pre- i post-processingu.<br />
*'''Curve Fitting Toolbox''' (1) - poprzez interfejs graficzny i command-line udostępnia funkcje dla różnych aplikacji typu ''curve-fitting''.<br />
* '''Data Acquisition Toolbox''' (1) - zestaw funkcji M-file i dynamicznych bibliotek (DLL) MEX-file napisanych w oparciu o środowisko obliczeniowe MATLABa.<br />
* '''Spreadsheet Link EX''' (2) - pakiet pozwala na integrację Matlaba z programem Microsoft Excel.<br />
* '''Filter Design HDL Coder''' (1)<br />
* '''Fixed-Point Toolbox''' (1)<br />
* '''Fuzzy Logic Toolbox''' (1) - rozszerza środowisko MATLABa o narzędzia do projektowania systemów opartych o logikę rozmytą. <br />
* '''Global Optimization Toolbox''' (1)<br />
* '''Image Processing Toolbox''' (1) - przetwarzanie obrazów<br />
* '''Neural Network Toolbox''' (10) - projektowanie i symulacja sieci neuronowych<br />
* '''Optimization Toolbox''' (10) - rozszerza środowisko Matlaba o narzędzia i algorytmy do optymalizacji. <br />
* '''Signal Processing Toolbox''' (10) - przetwarzanie sygnałów<br />
* '''DSP System Toolbox''' (6)- symulacja procesów cyfrowej obróbki sygnałów<br />
* '''Simulink''' (30) - interaktywne środowisko przeznaczone do modelowania, symulacji i analizy dynamicznych systemów.<br />
** '''Simulink Design Optimization''' (1) - zawiera także Simulink Response Optimization, interfejs graficzny (GUI) do dostrajania i optymalizowania systemów sterowania i fizycznych.<br />
** '''Simulink Fixed-Point''' (1)<br />
* '''HDL Coder''', dawniej '''Simulink HDL Coder''' (1)<br />
* '''Matlab Coder''' (1) <br />
* '''Matlab Compiler''' (1)<br />
* '''Statistics Toolbox''' (1)<br />
* '''Wavelet Toolbox''' (1)<br />
* '''Parallel Computing Toolbox''' (5)<br />
* '''Distributed Computing Engine''' (32)<br />
<br />
Licencje zdezaktualizowane:<br />
* '''Communications Blockset''' (5) - rozszerza pakiet Simulink o bibliotekę elementów konstrukcyjnych służących do budowy i symulacji fizycznej warstwy systemów i komponentów komunikacji.<br />
* '''Filter Design Toolbox''' (1)<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Uruchamianie na klastrze Supernova ==<br />
MATLAB dostępny jest na klastrze [[Supernova]] (katalog instalacji odpowiednio: /usr/local/matlab-WERSJA). <br />
<br />
=== Praca interaktywna na klastrze ===<br />
Przed zdalnym uruchomieniem aplikacji w trybie graficznym należy pamiętać o [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniu wyświetlania]] z klastra na swój komputer. Następnie w celu pracy interaktywnej z aplikacją należy uruchomić zadanie interaktywne w kolejce, z opcją <code>-X</code>, np.:<br />
<br />
> '''qsub -I -X -q short6h'''<br />
<br />
;Środowisko aplikacji<br />
<br />
MATLAB pobiera ustawienia środowiska z pliku <code>.matlab7rc.sh</code>. Przed uruchomieniem pobiera plik z pierwszej lokalizacji, kolejno przeszukuje: <code>./</code> (kat. bieżący), <code>$HOME</code> (kat. domowy użytkownika), <code>$MATLAB/bin</code> (kat. domyślny). Wzorcowy plik <code>.matlabXrc.sh</code> znajduje się w katalogu instalacji danej wersji MATLAB-a <code>$MATLAB/bin/</code>. Użytkownik może skopiować ten plik do swojego katalogu domowego i zmienić w razie potrzeby ustawione wartości zmiennych: <code>ARCH, LD_LIBRARY_PATH, LM_LICENCE_FILE, MATLAB</code> (wskazuje na katalog instalacji) i kilku innych.<br />
<br />
Przed użyciem MATLABa należy załadować odpowiedni moduł.<br />
<br />
> '''module load matlab'''<br />
<br />
Powyższe polecenie wczyta najnowszą wersję. Można też wybrać starszą wersję wydając polecenie:<br />
<br />
> '''module load matlab/R2012a'''<br />
<br />
Aby sprawdzić ustawienia przesyłane do MATLAB-a podczas uruchamiania wystarczy wydać polecenie:<br />
<br />
> '''matlab -n'''<br />
<br />
Aplikacja nie zostanie przy tym uruchomiona.<br />
<br />
;Uruchamianie aplikacji<br />
<br />
Do uruchamiania programu służy polecenie:<br />
<br />
> '''matlab'''<br />
<br />
=== Wstawianie zadań wsadowych do kolejki ===<br />
<br />
Aby wstawić zadanie MATLAB-a do kolejki PBS na klastrze Supernova należy [[kopiowanie|przesłać na klaster]] pliki wejściowe zadania (lub przygotować je na klastrze pracując interaktywnie, jak opisane powyżej), [[logowanie|zalogować się na klaster]] i następnie posłużyć poleceniem '''<code>qsub</code>''' lub skorzystać z gotowego skryptu:<br />
<br />
> '''sub-matlab''' <plik_wej.inp><br />
<br />
Więcej o składni polecenia <code>qsub</code> w artykule: [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
== Uruchamianie na infrastrukturze PLATON-U3 ==<br />
Chcąc pracować interaktywnie z MATLAB-em można skorzystać z infrastruktury PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]). Należy w tym celu zarejestrować się w portalu usługi jako użytkownik w WCSS (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć w portalu odpowiednią rezerwację na maszynę wirtualną z zainstalowanym MATLAB-em (szczegółowe instrukcje na stronie usługi). <br />
<br />
Jak użyć takiego MATLAB-a do zlecania zadań zdalnych na klaster Supernowa opisane jest poniżej: [[Matlab#Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova|Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova]].<br />
<br />
== Uruchamianie na własnych komputerach ==<br />
KDM WCSS umożliwia uruchamianie Matlaba na własnych komputerach. Wymaga to zainstalowania Matlaba w trybie [http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/base/install/pc/ch2_con4.html network installation] z wykorzystaniem serwera licencji zainstalowanego w KDM WCSS. Dostęp do serwera licencji możliwy jest poprzez system [[Korzystanie z VPN|VPN]].<br />
<br />
W celu uzyskania płyt instalacyjnych należy zgłosić się do [[Administratorzy KDM|kierownika]] działu KDM.<br />
<br />
==== Instalacja na systemach z rodziny Windows ====<br />
Przed instalacją należy zgłosić się do WCSS po pobranie kodu PLP wymaganego do instalacji. Następnie należy utworzyć i zapisać na dysku plik licencji o dowolnej nazwie i zawierający wiersze:<br />
<br />
'''SERVER menkar.wcss.pl 0007e905907d 27002'''<br />
'''USE_SERVER'''<br />
<br />
Następnie należy uruchomić instalację i podać kod PLP oraz ścieżkę do pliku licencji na kolejnych etapach instalacji.<br />
<br />
Jak użyć takiego MATLAB-a do zlecania zadań zdalnych na klaster Supernowa opisane jest poniżej: [[Matlab#Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova|Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova]].<br />
<br />
==== Instalacja na systemach z rodziny Linux/UNIX ====<br />
Przed instalacją należy zgłosić się do WCSS po pobranie kodu PLP wymaganego do instalacji. Przed uruchomieniem aplikacji należy ustawić zmienną środowiskową <code>LM_LICENSE_FILE</code> na wartość <code>"27002@menkar.wcss.pl"</code>:<br />
<br />
Shell typu csh (csh, tcsh):<br />
> '''setenv LM_LICENSE_FILE "27002@menkar.wcss.pl" '''<br />
<br />
Shell typu sh (sh, bsh, bash, ksh, ...):<br />
> '''export LM_LICENSE_FILE="27002@menkar.wcss.pl"'''<br />
<br />
Rodzaj shella sprawdzamy przez:<br />
> '''echo $SHELL'''<br />
<br />
Ewentualny test licencji:<br />
> '''scieżka/do/katalogu/instalacji/matlab/etc/lmstat -a -c 27002@menkar.wcss.pl'''<br />
<br />
== Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova ==<br />
WCSS umożliwia zlecanie zdalnie zadań obliczeniowych na klaster Supernova. Jest to możliwe na dwa sposoby: <br />
# korzystając ze środowiska MATLAB-a dostępnego na infrastrukturze [[Klaster kampusowy|PLATON-U3]],<br />
# korzystając ze środowiska MATLAB-a zainstalowanego na własnym komputerze.<br />
<br />
W obydwu przypadkach, aby zlecić zadanie zdalne korzystając z interfejsu Matlaba należy wcześniej odpowiednio go skonfigurować:<br />
* pobrać plik [[http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/matlab_wcss.zip zip]] i rozpakować w lokalizacji przeszukiwanej przez Matlaba (listę tych miejsc można znaleźć klikając przycisk '''Set Path''' w polu '''Environment'''),<br />
* pobrać plik [[http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Supernova.zip zip]] i rozpakować w dowolnej lokalizacji (plik '''Supernova.settings''', który jest w archiwum będzie potrzebny w następnym kroku),<br />
* w polu '''Environment''' kliknąć na przycisk '''Parallel''' i wybrać pozycję '''Manage Cluster Profiles''',<br />
* w oknie które się pojawi kliknąć na przycisk '''Add''' i wybrać pozycję '''Import''',<br />
* wskazać lokalizację pliku '''Supernova.settings''' wypakowanego z archiwum,<br />
* zaznaczyć pozycję '''Supernova''' na liście '''Cluster Profile''' i kliknąć przycisk '''Edit''',<br />
* w części SubmitFunctions należy zmienić 3. parametr funkcji ('''/home/tyciu'''), tak aby wskazywał lokalizację '''własnego katalogu domowego''' na klastrze,<br />
* po kliknięciu przycisku '''Done''' można już korzystać ze zdalnego zlecania zadań.<br />
<br />
=== Uruchamianie zdalne z infrastruktury PLATON-U3 ===<br />
Chcąc korzystać z MATLAB-a na Supernovej poprzez infrastrukturę PLATON-U3, należy zarejestrować się jako użytkownik PLATON-U3 w WCSS i założyć odpowiednią rezerwację. Po uzyskaniu dostępu do aplikacji należy ją skonfigurować (jak opisane powyżej) i zweryfikować, czy aplikacja działa poprawnie.<br />
<br />
==== Weryfikacja poprawności konfiguracji ====<br />
W celu przeprowadzenia weryfikacji trzeba wykonać kilka, wymienionych poniżej, kroków:<br />
# W zakładce <code>ENVIRONMENT > Set Path</code> sprawdzić listę ścieżek. Ścieżka rozpoczynająca się od <code>\\wcss-sts</code> znajduje się na dysku Z.<br />
# W pasku wyboru ścieżki wybrać katalog znajdujący się na dysku Z, w którym zapisywane będą pliki związane ze zleceniami.<br />
# W zakładce <code>ENVIRONMENT > Parallel > Manage Cluster Profiles > Cluster Profile</code> wybrać profil <code>Supernova</code>.<br />
# W profilu <code>Supernova</code> wybrać zakładkę <code>Validation Results</code>, a następnie przeprowadzić weryfikację poprawności działania za pomocą przycisku <code>Validate</code>.<br />
<br />
==== Tworzenie nowego skryptu ====<br />
Nowy skrypt Matlaba tworzy się za pomocą przycisku <code>New Script</code>:<br />
# W pasku wyboru ścieżki wybrać katalog znajdujący się na dysku Z, w którym zapisywane będą pliki związane z obliczeniami.<br />
# W menu, w zakładce <code>HOME</code> użyć przycisku <code>New Script</code>.<br />
# Po podaniu programowi poleceń w postaci skryptu, należy ów skrypt zapisać w katalogu wybranym w podpunkcie 1.<br />
# W celu uruchomienia skryptu należy kliknąć na niego (powinien być widoczny w polu <code>Current Folder</code>) prawym przyciskiem myszy (PPM), a następnie użyć polecenia <code>Run</code>.<br />
<br />
==== Testowanie poprawności zlecania zadań ====<br />
W celu przetestowania poprawności działania własnych skryptów do zlecania zadań należy:<br />
# Otworzyć nowy skrypt przyciskiem <code>New Script</code>.<br />
# Wkleić poniższy kod (*).<br />
# Zapisać skrypt pod dowolną nazwą w wybranym katalogu znajdującym się w ścieżkach Matlaba.<br />
# Zlecić zadanie za pomocą <code>PPM > Run</code>.<br />
(*)<br />
'''c = parcluster('Supernova');'''<br />
'''job1 = createJob(c);'''<br />
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''<br />
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''<br />
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''<br />
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''<br />
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''<br />
'''submit(job1);'''<br />
'''wait(job1);'''<br />
'''results = fetchOutputs(job1);'''<br />
'''results{1:5};'''<br />
<br />
Kod zleca wygenerowanie 5 macierzy 3 na 3 zawierających losowe liczby zmiennoprzecinkowe o wartościach zawierających się między 0 a 1 - każda macierz generowana jest w osobnym tasku.<br />
Polecenie <code>'parcluster'</code> służy do wyboru profilu z listy znajdującej się w <code>ENVIRONMENT > Parallel > Manage Cluster Profiles > Cluster Profile</code>.<br />
Polecenie <code>'createJob'</code> tworzy zadanie, a polecenie <code>'createTask'</code> - podzadanie. Polecenie <code>'submit'</code> zleca zadanie do systemu kolejkowego (PBS) na klastrze zdefiniowanym w profilu,<br />
a polecenie <code>'wait'</code> wymusza oczekiwanie na zakończenie zadania przed kontynuowaniem postępowania zawartego w skrypcie.<br />
<br />
W celu sprawdzenia wyników należy w oknie <code>Command Window</code> wprowadzić kolejno następujące komendy:<br />
<br />
'''c = parcluster('Supernova')'''<br />
'''finished_jobs = findJob(c,'State','finished')'''<br />
<br />
Wyświetli się lista zakończonych zadań na profilu <code>Supernova</code>. Należy wybrać zadanie, którego wyniki chcemy przejrzeć (np. 5.) i postępować według poniższych kroków:<br />
<br />
'''finished_jobs = findJob(c,'State','finished', 'ID', 5)'''<br />
'''results = fetchOutputs(finished_jobs)'''<br />
'''results{1:numel(results)}'''<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* Dokumentacja ''on-line'' dostępna jest lokalnie po zalogowaniu się na klastrze i [[Nova]] i wydaniu polecenia '''doc''' z poziomu MATLAB-a.<br />
* ''"Komputerowa symulacja układów automatycznej regulacji w środowisku MATLAB/SIMULINK"'' s.132 rw.2005, Łysakowska B., Mzyk G., ISBN: 83-7085-854-6, [http://www.oficyna.pwr.wroc.pl/ Oficyna Wydawnicza PWr] (Cena: 17,90)<br />
*:W książce rozważa się zagadnienie symulacji komputerowej liniowych systemów dynamicznych z czasem ciągłym i czasem dyskretnym. Analizuje się właściwości Układów Automatycznej Regulacji, podając jednocześnie przykłady praktycznych zastosowań. Badania prowadzone są z użyciem pakietu Control System Toolbox programu Matlab w środowisku graficznym Simulink. Prezentowane są również podstawy identyfikacji liniowych systemów dynamicznych w warunkach losowych. Podręcznik jest przeznaczony dla studentów uczelni technicznych na kierunkach automatyka i robotyka, elektronika i telekomunikacja oraz informatyka, a także dla wszystkich zainteresowanych zastosowaniami środowiska Matlab w obliczeniach inżynierskich w automatyce.<br />
*''"Programowanie w Matlabie dla elektryków"'' s.215,rw. 2005, Sobierajski M., Łabuzek M., [http://www.oficyna.pwr.wroc.pl/ Oficyna Wydawnicza PWr] (Cena: 22,00) <br />
*:Celem autorów jest nauczenie elektryków posługiwania się Matlabem do rozwiązywania praktycznych zadań inżynierskich. Główną uwagę skoncentrowano na skondensowanym wykorzystaniu Matlaba do rozwiązywania praktycznych zadań elektrotechnicznych i elektroenergetycznych.<br />
*:;Spis treści: <br />
*::Wstęp<br />
*:# Pierwsze kroki w Matlabie<br />
*:# Podstawowe operacje macierzowe i tablicowe<br />
*:# Tworzenie skryptów i współpraca z plikami danych<br />
*:# Tworzenie plików funkcyjnych<br />
*:# Wykresy w Matlabie<br />
*:# Interfejs graficzny użytkownika<br />
*:# Rozwiązywanie zadań opisanych równaniami różniczkowymi<br />
*:# Współpraca z plikami zewnętrznymi<br />
*:# Rozwiązywanie zadań optymalizacji<br />
*:# Analiza statystyczna pomiarów<br />
*:# Analiza harmonicznych<br />
*:# Równania różniczkowe<br />
*:# Analiza stabilności lokalnej i globalnej<br />
*:# Rozwiązywanie równań różniczkowych z elementami nieliniowymi<br />
*:# Wprowadzenie do Simulinka<br />
*:# Modelowanie równania różniczkowego<br />
*:# Modelowanie układu równań różniczkowych<br />
*:# Grupowanie i maskowanie bloków<br />
*::Literatura<br />
<br />
;MATLAB w sieci<br />
* [http://www.mathworks.com/products/matlab/ Strona domowa MATLABa]<br />
* [http://vistula.wis.pk.edu.pl/~sciezor/matlab.pdff Podstawy programowania w języku Matlab]<br />
* [http://www.mathworks.com/company/newsletters/articles/gpu-programming-in-matlab.html?s_v1=48010423_1-AUVSR GPU Programming in MATLAB]<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Mathematica&diff=4817Mathematica2014-07-21T09:24:41Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Mathematica|logo=[[Plik:mathematica.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|serwer2=[[Klaster kampusowy]]|wersja=8.0.1|wersja21=8}}<br />
'''Mathematica''' - system obliczeń symbolicznych i numerycznych opracowany w 1988 przez Stephena Wolframa.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
*Supernova - Pakiet dostępny jest dla pracowników Politechniki Wrocławskiej na licencji własnej Wolfram Research, Inc. [http://www.wolfram.com/legal/agreements/wolfram-mathematica.html].<br />
*Klaster kampusowy - dwie licencje dla uczelni Wrocławia [http://cloud.pionier.net.pl/index.php?page=software&idApp=9]<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
Mathematica dostępna jest na klastrze [[Supernova]] w katalogu /usr/local/Wolfram/Mathematica/8.0 w wersji 8.0.1.<br />
<br />
;Praca interaktywna<br />
Logowanie do systemu i uruchamianie programu w trybie graficznym:<br />
<br />
1. Logowanie na klaster z przekierowaniem wyświetlania<br />
ssh -X supernova.wcss.wroc.pl<br />
2. Uruchomienia interaktywnego shella w kolejce z przekierowaniem wyświetlania<br />
qsub -I -X -l software=Mathematica_8<br />
3. Ustawienie środowiska programu<br />
module load mathematica<br />
4. Uruchomienie Mathematica w trybie graficznym<br />
Mathematica<br />
<br />
;Zadania wsadowe<br />
Do zlecania zadań obliczeniowych należy skorzystać z polecenia:<br />
/usr/local/bin/sub-mathematica plik.txt [kolejka] [ilosc_pamieci_w_MB]<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.wolfram.com/ Strona domowa pakietu]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:mathematica.jpg&diff=4816Plik:mathematica.jpg2014-07-21T09:23:29Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div></div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Mathcad&diff=4815Mathcad2014-07-21T09:13:34Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] <Mathcad</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Mathcad|logo=|serwer=[[Klaster kampusowy]]|wersja=15.0}}<br />
'''Mathcad''' i '''Mathcad Prime''' - program do obliczeń symbolicznych. <br />
<br />
*[http://cloud.pionier.net.pl/index.php?page=software&idApp=6 Informacje o licencji]<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
<br />
'''Mathcad w sieci'''<br />
*[http://www.ptc.com/product/mathcad/ Strona producenta]<br />
*[http://www.mathcad.pl/ Mathcad Prome 2.0]<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Maple&diff=4814Maple2014-07-21T09:12:43Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] <Maple</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Maple|logo=|serwer=[[Klaster kampusowy]]|wersja=15}}<br />
'''Maple''' - program do obliczeń symbolicznych. <br />
<br />
*[http://cloud.pionier.net.pl/index.php?page=software&idApp=13 Informacje o licencji]<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
<br />
'''Maple w sieci'''<br />
*[http://www.maplesoft.com/ Strona Maplesoft]<br />
*[http://www.sadowski.edu.pl/maple/ M.P. Sadowski, Podstawy programu MAPLE]<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Lumerical_FDTD&diff=4813Lumerical FDTD2014-07-21T09:10:19Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Lumerical]]</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Lumerical FDTD|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=8.9.163}}<br />
'''FDTD Solutions''' - oprogramowanie firmy [[Lumerical]].<br />
<br />
== FDTD w WCSS ==<br />
FDTD zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]] w wersji 8.9.163, w drzewie '''/usr/local/lumerical/fdtd'''. <br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Szybki start ==<br />
<br />
;Uruchamianie GUI<br />
<br />
Z graficznego interfesju aplikacji najlepiej korzystać poprzez usługę [https://wcss.cloud.pionier.net.pl Platon U3 w WCSS].<br />
<br />
;Uruchamianie obliczeń w kolejce:<br />
<br />
> module load fdtd<br />
> fdtd-run-pbs.sh [-n <procs>] fsp1 [fsp2 ... [fspN]]<br />
<br />
Gdzie:<br />
* -n <procs> - parametr opcjonalny, ustawienie liczby rdzeni dla zadania (domyślnie 8)<br />
* fsp1 - plik wejściowy, parametr obowiązkowy<br />
* [fsp2 ... [fspN]] - opcjonalnie można podać wiele plików wejściowych, dla każdego wstawione zostanie nowe zadanie do kolejki PBS.<br />
<br />
<br />
;Uruchamianie obliczeń lokalnie:<br />
> module load fdtd<br />
> fdtd-run-local.sh [-n <procs>] fsp1 [fsp2 ... [fspN]]<br />
<br />
Gdzie:<br />
* -n <procs> - parametr opcjonalny, ustawienie liczby rdzeni do obliczeń (domyślnie 8)<br />
* fsp1 - plik wejściowy, parametr obowiązkowy<br />
* [fsp2 ... [fspN]] - opcjonalnie można podać wiele plików wejściowych.<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.lumerical.com/tcad-products/fdtd/ Opis produktu na stronie producenta]<br />
* [https://www.lumerical.com/company/news/literature/citation_instructions.html Instrukcja cytowania]<br />
<br />
== Zobacz też ==<br />
* [[Oprogramowanie KDM]]<br />
* system kolejkowania zadań [[PBS]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Lumerical_MODE&diff=4812Lumerical MODE2014-07-21T09:09:59Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Lumerical]]</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Lumerical MODE|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=6.5.0}}<br />
'''MODE Solutions''' - oprogramowanie firmy [[Lumerical]].<br />
<br />
== MODE w WCSS ==<br />
MODE zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]] w wersji 6.5.0, w drzewie '''/usr/local/lumerical/mode'''. <br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Szybki start ==<br />
<br />
;Uruchamianie GUI<br />
<br />
<br />
;Uruchamianie obliczeń w kolejce:<br />
> module load mode<br />
> varfdtd-run-pbs.sh [-n <procs>] lms1 [lms2 ... [lmsN]]<br />
<br />
Gdzie:<br />
* -n <procs> - parametr opcjonalny, ustawienie liczby rdzeni dla zadania (domyślnie 8)<br />
* lms1 - plik wejściowy, parametr obowiązkowy<br />
* [lms2 ... [lmsN]] - opcjonalnie można podać wiele plików wejściowych, dla każdego wstawione zostanie nowe zadanie do kolejki PBS.<br />
<br />
<br />
;Uruchamianie obliczeń lokalnie:<br />
> module load mode<br />
> varfdtd-run-local.sh [-n <procs>] lms1 [lms2 ... [lmsN]]<br />
<br />
Gdzie:<br />
* -n <procs> - parametr opcjonalny, ustawienie liczby rdzeni do obliczeń<br />
* lms1 - plik wejściowy, parametr obowiązkowy<br />
* [fsp2 ... [fspN]] - opcjonalnie można podać wiele plików wejściowych.<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.lumerical.com/tcad-products/mode/ Opis produktu na stronie producenta]<br />
* [https://www.lumerical.com/company/news/literature/citation_instructions.html Instrukcja cytowania]<br />
<br />
== Zobacz też ==<br />
* [[Oprogramowanie KDM]]<br />
* system kolejkowania zadań [[PBS]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Lumerical&diff=4810Lumerical2014-07-18T10:28:52Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Lumerical |logo=[[Plik:lumerical.jpg|noframe|center]] |serwery=[[Supernova]] |składowe=Pakiety| lista=[[Lumerical FDTD]]<br/>[[Lumerical MODE]]}}<br />
'''Lumerical''' - producent oprogramowania m.in. [[Lumerical FDTD|FDTD]] i [[Lumerical MODE|MODE]].<br />
<br />
== Lumerical w WCSS ==<br />
Dwa produkty firmy Lumerical dostępne są w WCSS: [[Lumerical FDTD|FDTD]] i [[Lumerical MODE|MODE]], obydwa zainstalowane na klastrze [[Supernova]] w drzewie '''/usr/local/lumerical'''. <br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.lumerical.com Strona domowa producenta]<br />
* [https://www.lumerical.com/company/news/literature/citation_instructions.html Instrukcja cytowania]<br />
<br />
== Zobacz też ==<br />
* [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:lumerical.jpg&diff=4809Plik:lumerical.jpg2014-07-18T10:27:58Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div></div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Gromacs&diff=4808Gromacs2014-07-18T10:25:54Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Gromacs|logo=[[Plik:Gromacs.jpg|120px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=4.5.3 (single, double, seq, MPI)|wersja2=4.5.5 (single, seq, MPI)}}<br />
'''Gromacs''' (GROningen MAchine for Chemical Simulations) - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy), ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL]. <br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Gromacs w WCSS ==<br />
Gromacs umożliwia obliczenia równoległe przy użyciu standardowych bibliotek [[MPI]].<br />
<br />
Na klastrze [[Supernova]] dostępny jest <br />
* Gromacs '''4.5.3''' <br />
** skompilowany kompilatorami Intela w wersji sekwencyjnej i równoległej z wykorzystaniem trybu float i double. Wszystkie wersje równoległe korzystają z bibliotek MPI (MVAPICH2) i sieci InfiniBand. <br />
** Programy znajdują się w katalogach (odpowiednio do wersji):<br />
/usr/local/gromacs/4.5.3-double/ - wersja sekwencyjna podwójnej precyzji<br />
/usr/local/gromacs/4.5.3-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji<br />
/usr/local/gromacs/4.5.3-single/ - wersja sekwencyjna pojedynczej precyzji<br />
/usr/local/gromacs/4.5.3-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji<br />
* Gromacs '''4.5.5''' <br />
** skompilowany kompilatorami Intela w wersji sekwencyjnej i równoległej z wykorzystaniem trybu float. Wersja równoległa korzysta z bibliotek MPI (MVAPICH2) i sieci InfiniBand.<br />
** Programy znajdują się w katalogu:<br />
/usr/local/gromacs/4.5.5-single/<br />
<br />
==== Środowisko aplikacji ====<br />
Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów.<br />
<br />
Załadowanie modułu w powłoce:<br />
> module load gromacs<br />
<br />
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do poleceń <code>grompp</code> i <code>mdrun</code> domyślnej (najnowszej) wersji pakietu Gromacs.<br />
<br />
Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z jednego z poleceń:<br />
> module load gromacs/4.5.3-s<br />
> module load gromacs/4.5.3-d<br />
> module load gromacs/4.5.5-s<br />
<br />
==== Wstawianie zadań do kolejki ====<br />
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowego skryptu lub napisać własny. Aby skorzystać z gotowego skryptu wystarczy wywołać polecenie:<br />
<br />
> '''sub-gromacs''' plik.tpr [kolejka] [parametry]<br />
<br />
Gdzie:<br />
* Polecenie uruchamia najnowszą dostępną wersję programu.<br />
* plik.tpr - plik z danymi wejściowymi <br />
* Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne.<br />
** -q kolejka (domyślnie parallel)<br />
** -n liczba_rdzeni (domyślnie 4)<br />
** -m ilosc_pamieci_na_rdzen_w_MB (domyślnie 1800)<br />
** -i "plik1 plik2 ..." (lista plików potrzebnych do obliczeń - w cudzysłowach)<br />
** -c plik_checkpoint (dodaje do wywołania mdrun opcję <code>-cpi plik_checkpoint</code>, plik checkpointu nie powinien być podany za -i)<br />
<br />
Starsze wersje programu, jeśli są wspierane dostępne są przez przez skrypt z oznaczeniem wersji, np:<br />
> '''sub-gromacs4.5.3''' plik_wejsciowy.tpr [kolejka] [liczba_cpu] [pamiec_per_cpu_w_MB]<br />
<br />
Gdzie:<br />
* Polecenie uruchamia wersję 4.5.3 programu.<br />
* plik_wejsciowy.tpr - plik z danymi wejściowymi <br />
* Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne.<br />
* Domyślne wartości:<br />
** kolejka = parallel<br />
** liczba_cpu = 4<br />
** pamiec_per_cpu_w_MB = 1800<br />
<br />
;Uwaga: Od wersji 4.5 Gromacs zrównolegla domyślnie obliczenia także na poziomie wątków. Liczbę wątków można ustalić opcją "<code>-nt <liczba wątków></code>". Aby wyłączyć wątkowanie należy w wywołaniu programu dodać opcję "<code>-nt 1</code>". Jeżeli wątkowanie jest włączone (domyślnie jest) program próbuje automatycznie podzielić domenę problemu na tyle porcji ile uruchamia wątków - jeżeli mu się to nie uda, program jest przerywany i zadanie kończy się komunikatem:<br />
<br />
: -------------------------------------------------------<br />
: Fatal error:<br />
: Domain decomposition does not support simple neighbor searching, use grid searching or use particle decomposition<br />
: For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br />
: website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors<br />
: -------------------------------------------------------<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.gromacs.org/ Strona domowa pakietu Gromacs]<br />
* [http://www.gromacs.org/content/view/13/27/ Dokumentacja on-line]<br />
* [http://www.staff.amu.edu.pl/~chemfiz/pliki/Gromacs.pdf Magda Flader: Wprowadzenie do GROMACS'a]<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Gaussian&diff=4807Gaussian2014-07-18T10:25:03Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Gaussian</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Gaussian|logo=[[Plik:Gausslogo.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=2009 D01, 2009 C01, 2009 B02, 2003 E01}}<br />
'''Gaussian''' jest jednym z najpopularniejszych programów do modelowania układów cząsteczkowych z wykorzystaniem mechaniki kwantowej. Stosowany jest przez chemików, fizyków i inżynierów w dziedzinie chemii teoretycznej i eksperymentalnej. Program jest szczególnie przydatny w obszarach, w których szybko zachodzące zmiany i krótko trwające stany pośrednie układów uniemożliwiają obserwację eksperymentalną zachodzących w nich procesów. Gaussian umożliwia badanie układów na poziomie ab initio oraz na poziomie bardziej uproszczonym (np. półempirycznym).<br />
<br />
== Informacje ogólne ==<br />
Pakiet Gaussian został pierwotnie opracowany przez zespół J.A. Pople'a. Pierwsza wersja pakietu udostępniona została w 1976 roku pod nazwą Gaussian-76. Kolejne wersje nazywano odpowiednio do roku, w którym były wydawane, Gaussian-80, -82, -86, -88, -90, -92, -94, -98, -03 i wersja -09.<br />
<br />
Gaussian 98/03 posiada zdolność prognozowania wielu własności cząsteczek i reakcji, włączając:<br />
* energie i struktury molekularne,<br />
* energie i struktury stanów przejściowych,<br />
* częstości drgań,<br />
* widma IR i Raman'owskie,<br />
* własności termochemiczne,<br />
* energie wiązań i ścieżki reakcji,<br />
* orbitale molekularne,<br />
* ładunki atomowe,<br />
* momenty multipolowe,<br />
* stałe ekranowania i podatności magnetyczne NMR,<br />
* powinowactwo elektronowe i potencjały jonizacyjne,<br />
* polaryzowalności i hiperpolaryzowalności,<br />
* potencjały elektrostatyczne i gęstości elektronowe,<br />
* i wiele innych.<br />
<br />
Obliczenia dla danego układu cząsteczek mogą być wykonywane w fazie gazowej lub roztworze, w stanie podstawowym oraz w stanie wzbudzonym.<br />
<br />
Nowości Gaussiana 03 to m.in. poszerzona funkcjonalność metody ONIOM czy metody rozwiązywania PCM (ang.''Polarizable Continuum Model'').<br />
<br />
Program Gaussian można uruchamiać na większości z dostępnych platform sprzętowych i systemowych, począwszy od komputerów klasy PC/Macintosh z Windows, Linux lub MacOS, poprzez praktycznie wszystkie uniksowe stacje robocze, po superkomputery wszystkich producentów. Gaussian może być wykonywany równolegle w środowiskach SMP (oraz rozproszonych, po zakupieniu dodatkowego pakietu Linda).<br />
<br />
== GAUSSIAN w WCSS ==<br />
W [[WCSS]] pakiet GAUSSIAN jest dostępny na klastrze [[Supernova]]. <br />
<br />
=== Zalecenia ogólne ===<br />
* Podstawowe aspekty wydajności obliczeń Gaussianem zostały omówione częściowo na stronie producenta: http://www.gaussian.com/g_ur/m_eff.htm .<br />
<br />
* Oszacowanie wymaganej pamięci i wskazówki dot. wydajności obliczeń: http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_eff.htm<br />
:W szczególności należy zwrócić uwagę, że alokowanie bardzo dużej pamięci nie wpływa liniowo na wydajność obliczeń. Użycie zbyt dużej pamięci może wręcz spowolnić działanie programu. Do oszacowania pamięci dla obliczeń częstości w HF i DFT można użyć programu ''freqmem'' (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm). Powinno to dawać również rozsądne szacunki dla optymalizacji i metod post-HF.<br />
<br />
* Najwięcej problemów sprawiają zadania wymagające dużo dysku. Jeśli zadanie generuje kilkadziesiąt (lub więcej) GB danych, to wyszukanie wartości całki w takim pliku zajmuje więcej czasu niż jej doliczenie na szybkiej maszynie. Wtedy należy używać trybu ''direct:''<br />
SCF=DIRECT<br />
:Dodatkowo, silne obciążenie podsystemu dyskowego komputera stopuje całą maszynę. Oczywiście, zadania, których nie można uruchomić w trybie bezpośrednim, ciągle można liczyć w WCSS. Prosimy jednak pamiętać, że jeśli zagrozi to przepełnieniem dysków <code>/scratch</code> i przerwaniem innych zadań, to zadanie takie zostanie zabite. Użytkownicy wymagający więcej przestrzeni dyskowej proszeni są o [[kontakt]] przed rozpoczęciem obliczeń.<br />
<br />
* Gaussian zainstalowany jest na poszczególnych maszynach w podkatalogach <code>/usr/local/gWERSJA/</code> lub <code>/usr/local/gaussian-WERSJA/</code>.<br />
<br />
* Jeśli istnieje potrzeba użycia poleceń takich jak ''formchk'', to należy to zrobić w zadaniu interaktywnym (przykładowe uruchomienie poniżej).<br />
qsub -I -q short6h -l software=formchk<br />
module load gaussian/g09.B.01<br />
formchk<br />
<br />
* Gaussian nie akceptuje DOS-owego znaku powrotu karetki (znak <code>^M</code>) w plikach danych. Sprawdzenie można wykonać poleceniem:<br />
vim -b plik-danych<br />
<br />
* Sposób cytowania zalecany przez producenta znajduje się na stronie:<br />
*:http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_citation.htm<br />
<br />
* Informacje o wykonywaniu zadań równoległych: http://www.gaussian.com/<br />
<br />
=== Wstawianie zadań ===<br />
<br />
* Do wstawiania zadań Gaussiana do systemu kolejkowania [[PBS]] można wykorzystać skrypty:<br />
sub-gaussian sub-gaussian-2009-a02 sub-gaussian-2009-c01-bigmem <br />
sub-gaussian-2003-d01 sub-gaussian-2009-b01 sub-gaussian-2009-d01<br />
<br />
/usr/local/bin/sub-gaussian plik_danych.inp kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB<br />
<br />
:Jest to metoda zalecana ale nie konieczna - można używać własnych skryptów.<br />
<br />
* Dla wersji 2003 zadania są automatycznie konfigurowane do wykorzystania 4 lub 8 procesorów i 7 lub 15 GB pamięci oraz kolejki normal. Jeśli zachodzi potrzeba zmiany tych ustawień, to należy skopiować dany skrypt do własnego katalogu i zmodyfikować go według wskazówek zawartych w treści skryptu. Następnie należy wstawić zadanie do kolejki przy pomocy tak zmienionego skryptu:<br />
/home/USERNAME/moj-katalog/sub-gaussian <parametry><br />
<br />
* Pozostałe parametry konfiguracyjne znajdują się w pliku /usr/local/gaussian-WERSJA/g0X/Default.Route<br />
<br />
=== Znane problemy ===<br />
* Problemy napotkane w wersji 2009-A do D:<br />
** Gaussian bardzo agresywnie alokuje pamięć w niektórych przypadkach. W efekcie system operacyjny Linux nie nadąża zrzucać buforów dyskowych, aby zwolnić pamięć. Skutkuje to błędami ''"memory allocation failed"''. Jest to wina algorytmów zastosowanych w programie. Autorzy nie reagują na nasze raporty błędów. Wdrożone zostało obejście problemu, ale nie zawsze skuteczne. Zalecamy zmodyfikowane na własne potrzeby skryptu '''sub-gaussian''' i sukcesywne zwiększanie tam wartości zmiennej BUFOR.<br />
<br />
* Problemy napotkane w wersji 2009-D01:<br />
** Użycie O3LYP skutkuje komunikatem ''"Different local and non-local exchange scaling not allowed for this functional"''. jest to błąd i należy użyć starszej wersji programu.<br />
** Użycie Add/Mod Redundant:<br />
<br />
There was a change in the "ModRedundant/AddRedundant" code in G09 rev.<br />
C.01 and later. We have found that the input of a value to modify an<br />
internal coordinate from that present in the input structure can cause<br />
a number of problems and it is not guaranteed to work, so we have<br />
disabled this function (the online documentation of "Geom" and "Opt"<br />
should reflect the change now). In G09 rev. C.01 and D.01, the syntax<br />
on the "ModRedundant" section is only valid when the value of the<br />
coordinate is not set, so it uses the value that corresponds with the<br />
input geometry, for example:<br />
<br />
D 5 1 6 10 S 20 5.000000<br />
<br />
If the value of the bond/angle/dihedral coordinate that the user wants<br />
to freeze/scan is not at the desired value in the input geometry, then<br />
one should modify the input geometry and not give different values<br />
here (for example, by opening the input structure with GaussView, then<br />
using the "Bond/Angle/Dihedral" tool and move the slide to get the<br />
exact value of the desired coordinate). If one uses the "Redundant<br />
Coordinate Editor" in GaussView to define the redundant internal<br />
coordinates to freeze or scan, then one should leave as "Don't Set"<br />
the pull down menu in that window. The options "Set" and "Increment"<br />
in such window are no longer available in G09 rev. C.01.<br />
<br />
When one uses the "Bond", "Angle" and "Dihedral" tools in GaussView,<br />
one has several modes in which this internal coordinate can be<br />
modified, such as rotating groups, rotating atoms, or keeping one side<br />
frozen but rotating only the other side. The fact that a modification<br />
of one internal coordinate can be done in several different ways<br />
underscores why the "old syntax" of allowing modification of the<br />
coordinate value is problematic. Because of the redundancy of the<br />
"redundant internal coordinates", some internal coordinates could be<br />
strongly coupled with others. Thus, a modification of the value in one<br />
internal coordinate might not be possible without modifying the values<br />
of other redundant internal coordinates, therefore becoming a not<br />
well-defined problem because there could be multiple solutions<br />
depending on how many other (and which) internal coordinates are<br />
allowed to be modified and by how much. This is our motivation for<br />
disabling the "old syntax". We understand that the "old syntax" may<br />
have worked for users in many cases before but we considered that this<br />
was not reliable enough to be of general use.<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
Dokumentacja Gaussiana 94 i 98 dostępna jest w formie drukowanej:<br />
* E. Frisch, Michael J. Frisch, James B. Foresman, "Gaussian 94 User's Reference", Manual Version: 5.1, February, 1996<br />
* E. Frisch, Michael J. Frisch, "Gaussian 98 User's Reference", Manual Version: 6.1, January, 1999<br />
* E. Frisch, Michael J. Frisch, Alice B. Nielsen, "Gaussian 98 Programmer's Reference", Manual Version: 6.0, August, 1998<br />
<br />
=== Gaussian w sieci ===<br />
* [http://www.gaussian.com Strona domowa Gaussiana]<br />
* [http://server.ccl.net/cca/documents/dyoung/topics-orig/gaussian.html Krótki przewodnik dla początkujących]<br />
* [http://www.spectroscopynow.com/Spy/basehtml/SpyH/1,2466,5-0-0-0-0-home-0-0,00.html Baza wiedzy o NMR, IR, RAMAN *]<br />
* [http://arrhenius.rider.edu:16080/nmr/NMR_tutor/dictionary/dict_intro.html słownik on-line pojęć NMR *]<br />
* [http://www.molnet.eu/index.php?option=com_content&view=category&id=34&Itemid=53 Gaussian w praktyce]<br />
* [http://joaquinbarroso.com/category/white-papers/gaussian/ Dr. Joaquin Barroso's blog]<br />
* [http://docs.notur.no/application-support/chemistry-applications/gaussian-1/troubleshooting-gaussian-calculations Troubleshooting Gaussian calculations]<br />
* [http://accelrys.com/products/datasheets/interface-to-gaussian.pdf Materials Studio user interface to Gaussian]<br />
* [http://www.teokem.lu.se/~ulf/Methods/gaussian.html How to start and run a simple calculation with Gaussian]<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]], [[Obliczenia wibracyjnie rozdzielczych widm elektronowych w Gaussianie 09]]<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=GAMESS&diff=4806GAMESS2014-07-18T10:24:03Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < GAMESS</small><br />
{{aplikacja|nazwa=GAMESS|logo=[[Plik:Gamess.png]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=2010.10.01-R1 |wersja2=2012.05.01-R2 |wersja3=2013.05.01-R1}}<br />
'''GAMESS''' (ang. ''The General Atomic and Molecular Electronic Structure System'') jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.<br />
<br />
== Informacje ogólne ==<br />
Niektóre z możliwości programu to:<br />
* wyznaczanie funkcji falowych metodami SCF wielu typów (RHF, UHF, ROHF, GVB, MCSCF) oraz poprawki korelacyjne (CI, PT2, CC, DFT) dla niektórych z nich<br />
* wyznaczanie gradientów analitycznych dla optymalizacji geometrii, poszukiwania stanów pzejściowych oraz dróg reakcji<br />
* wyznaczanie hessianu energii w celu przewidywania częstości drgań i własności termochemicznych<br />
* wyznaczanie wielu własności molekularnych, od momentów dipolowych po hiperpolaryzowalności<br />
* szeroki wachlarz baz funkcyjnych obejmuje atomy aż do radonu, bazy można także wczytywać z zewnątrz.<br />
<br />
Wraz z pakietem udostępnianych jest kilka programów graficznych pozwalających obejrzeć rezultaty obliczeń. Wiele obliczeń może być realizowanych z użyciem technik bezpośrednich jak również równolegle na odpowiedniej platformie sprzętowej. Poniższa tabela zawiera zestawienie możliwości GAMESS-a.<br />
<br />
;Zestawienie możliwości pakietu GAMESS<br />
{|style="border:1px solid #737889; margin-right:2px; margin-left:2px; padding-left:2px;" cellspacing="0" <br />
|'''Typ SCF= '''<br />
|''' RHF '''<br />
|''' ROHF'''<br />
|'''UHf'''<br />
|'''GVB'''<br />
|'''MCSCF'''<br />
|-<br />
|energia<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
|-<br />
|gradienty analityczne<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
|-<br />
|numeryczny Hessian<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
|-<br />
|analityczny Hessian<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
| -<br />
|CDP<br />
| -<br />
|-<br />
|energia CI<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
| -<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
|-<br />
|gradient CI<br />
|CD<br />
| -<br />
| -<br />
| -<br />
| -<br />
|-<br />
|energia MP2<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
| -<br />
|CP<br />
|-<br />
|gradient MP2<br />
|CDP<br />
| -<br />
|CD<br />
| -<br />
| -<br />
|-<br />
|energia CC<br />
|CD<br />
| -<br />
| -<br />
| -<br />
| -<br />
|-<br />
|energia DFT<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
| -<br />
| -<br />
|-<br />
|gradient DFT<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
|CDP<br />
| -<br />
| -<br />
|-<br />
|energia MOPAC<br />
|tak<br />
|tak<br />
|tak<br />
|tak<br />
| -<br />
|-<br />
|gradient MOPAC<br />
|tak<br />
|tak<br />
|tak<br />
| -<br />
| -<br />
|}<br />
<small><br />
Legenda:<br />
<br />
C = konwencjonalne przechowywanie całek na dysku (ang. Conventional storage)<br />
<br />
D = bezpośrednie obliczanie całek AO (ang. Direct evaluation)<br />
<br />
P = możliwe wykonanie rówoległe (ang. Parallel execution)<br />
</small><br />
<br />
== GAMESS w WCSS ==<br />
Pakiet GAMESS jest dostępny na klastrze [[Supernova]].<br />
<br />
;Wstawianie zadań do kolejki:<br />
<br />
sub-gamess plik.inp [kolejka] [liczba-procesorow]<br />
<br />
Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu zadania.<br />
<br />
GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym.<br />
<br />
== Informacje o wykorzystaniu ==<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
Dokumentacja znajduje się w podkatalogach <code>/usr/local/gamess/WERSJA/doc/</code> na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS:<br />
<br />
* INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu<br />
* INPUT.DOC - dokładny opis struktury pliku wejściowego<br />
* TESTS.DOC - przykładowe pliki wejściowe<br />
* REFS.DOC - odnośniki i sposoby użycia programu<br />
* PROG.DOC - kompilacja, struktura programu i lista plików<br />
* IRON.DOC - informacje specyficzne dla typu maszyny<br />
<br />
=== GAMESS w sieci ===<br />
* [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html Strona domowa GAMESSa]<br />
<br />
== Zobacz też ==<br />
* [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=FDS-SMV&diff=4805FDS-SMV2014-07-18T10:20:35Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small><br />
{{aplikacja|nazwa=FDS-SMV|logo=|serwer=[[Nova]]|wersja=6.0.0}}<br />
'''Fire Dynamics Simulator''' - to program do symulacji pożaru i rozprzestrzeniania się dymu. '''Smokeview''' jest aplikacją do wizualizacji wyników symulacji FDS.<br />
<br />
=== FDS w WCSS ===<br />
Pakiet FDS jest darmowy. Zainstalowany jest na Nova w wersji sekwencyjnej i równoległej.<br />
<br />
;Uruchamianie <br />
Wstawianie zadań do kolejki odbywa się przez wywołanie skryptu:<br />
<br />
> sub-fds6 plik_danych.fds [liczba-rdzeni] [pamiec] [kolejka]<br />
<br />
Gdzie:<br />
* <code>liczba-rdzeni</code> - liczba procesorów, na których będzie liczyło się zadanie,<br />
* <code>pamiec</code> - rozmiar pamięci per rdzeń w MB, domyślnie 1800 MB,<br />
* <code>kolejka</code> - jedna z kolejek systemu kolejkowego PBS.<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
=== Dokumentacja ===<br />
;Strona oficjalna FDS w sieci<br />
* http://www.fire.nist.gov/fds/<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalskahttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Dalton&diff=4804Dalton2014-07-18T10:19:12Z<p>Mkowalska: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Dalton</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Dalton|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=2011, 2013}} <br />
'''Dalton''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych. Pozwala wyznaczać właściwości molekularne, w tym optyczne i elektryczne (np. liniowe i nieliniowe polaryzowalności) oraz magnetyczne (NMR, podatność magnetyczna). Udostępnia metody obliczeniowe: Hartree-Focka (HF), wielokonfiguracyjną metodę pola samouzgodnionego (MCSCF), metody sprzężonych klasterów (CCS, CC2, CCSD, CCSD(T), CC3, jak również MP2) oraz teorię funkcjonału gęstości (DFT). W najnowszej wersji Daltona (2013) zaimplementowane zostały m.in. takie funkcjonalności jak: dekompozycja Choleskiego dla metody sprzężonych klasterów, empiryczne poprawki na dyspersję w metodach DFT (DFT-D2, DFT-D3 and DFT-D3BJ czy też model dyskretnego rozpuszczalnika (Polarizable Embedding). <br />
<br />
== Licencja ==<br />
WCSS posiada darmową licencję instytucjonalną na Daltona 2011 oraz Daltona 2013.<br />
<br />
* Użytkownicy korzystający z '''Daltona 2011''' zobowiązani są do umieszczenia w publikacjach, wykorzystujących wyniki obliczeń wykonanych przy użyciu tego oprogramowania, cytowania następującej treści: <br />
<br />
:''"DALTON, a molecular electronic structure program, Release Dalton2011 (2011), see http://daltonprogram.org/"''<br />
<br />
* Użytkownicy korzystający z '''Daltona 2013''' zobowiązani są do umieszczenia w publikacjach, wykorzystujących wyniki obliczeń wykonanych przy użyciu tego oprogramowania, cytowania następującej treści: <br />
<br />
:''K. Aidas, C. Angeli, K. L. Bak, V. Bakken, R. Bast, L. Boman, O. Christiansen, R. Cimiraglia, S. Coriani, P. Dahle, E. K. Dalskov, U. Ekström, T. Enevoldsen, J. J. Eriksen, P. Ettenhuber, B. Fernández, L. Ferrighi, H. Fliegl, L. Frediani, K. Hald, A. Halkier, C. Hättig, H. Heiberg, T. Helgaker, A. C. Hennum, H. Hettema, E. Hjertenæs, S. Høst, I.-M. Høyvik, M. F. Iozzi, B. Jansik, H. J. Aa. Jensen, D. Jonsson, P. Jørgensen, J. Kauczor, S. Kirpekar, T. Kjærgaard, W. Klopper, S. Knecht, R. Kobayashi, H. Koch, J. Kongsted, A. Krapp, K. Kristensen, A. Ligabue, O. B. Lutnæs, J. I. Melo, K. V. Mikkelsen, R. H. Myhre, C. Neiss, C. B. Nielsen, P. Norman, J. Olsen, J. M. H. Olsen, A. Osted, M. J. Packer, F. Pawlowski, T. B. Pedersen, P. F. Provasi, S. Reine, Z. Rinkevicius, T. A. Ruden, K. Ruud, V. Rybkin, P. Salek, C. C. M. Samson, A. Sánchez de Merás, T. Saue, S. P. A. Sauer, B. Schimmelpfennig, K. Sneskov, A. H. Steindal, K. O. Sylvester-Hvid, P. R. Taylor, A. M. Teale, E. I. Tellgren, D. P. Tew, A. J. Thorvaldsen, L. Thøgersen, O. Vahtras, M. A. Watson, D. J. D. Wilson, M. Ziolkowski, and H. Ågren, "The Dalton quantum chemistry program system", WIREs Comput. Mol. Sci. (doi: 10.1002/wcms.1172)''<br />
<br />
oraz <br />
<br />
:''"Dalton, a molecular electronic structure program, Release DALTON2013.0 (2013), see http://daltonprogram.org."''<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
Dalton zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]], w wersji sekwencyjnej i równoległej, w katalogu:<br />
/usr/local/dalton<br />
<br />
Program skompilowany jest kompilatorem Intela, z użyciem bibliotek MKL. Wersja równoległa jest dodatkowo skompilowana z bibliotekami MVAPICH.<br />
<br />
;Uruchamianie<br />
Przygotowanie środowiska i uruchomienie aplikacji:<br />
> module load dalton<br />
> dalton<br />
<br />
Dalton do obliczeń potrzebuje zbioru instrukcji (plik '''.dal''') oraz danych (plik '''.mol'''). Uruchomienie obliczeń dla przykładowych plików <code>calc.dal</code> i <code>h2o.mol</code>:<br />
> dalton calc h2o<br />
<br />
Jeśli obydwa pliki mają tę samą nazwę bazową, np. calc_h2o.dal i calc_h2o.mol, program można uruchomić następująco:<br />
> dalton calc_h2o<br />
<br />
; Wstawianie do kolejki<br />
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do kolejki, korzystając z polecenia:<br />
sub-dalton plik.dal plik.mol [kolejka] [liczba_rdzeni] [pamiec_per_rdzen_w_MB]<br />
<br />
Gdzie:<br />
* <code>plik.dal</code> - plik wejściowy z instrukcjami<br />
* <code>plik.mol</code> - plik wejściowy z danymi<br />
* <code>kolejka</code> - parametr opcjonalny, kolejka PBS, do której ma zostać wstawione zadanie, wartość domyślna: normal.<br />
* <code>liczba_rdzeni</code> - parametr opcjonalny, liczba rdzeni dla zadania, wartość domyślna: 1 rdzeń.<br />
* <code>pamiec_per_rdzen_w_MB</code> - rozmiar pamięci RAM dla pojedynczego rdzenia. Ponieważ część pamięci zużywana jest przez binaria programu, jako pamięć roboczą (zmienna środowiskowa WRKMEM) skrypt przekazuje do Daltona 90% sumarycznego podanego rozmiaru pamięci.<br />
<br />
;Obliczenia równoległe<br />
Dalton w wersji równoległej korzysta z [[MVAPICH]] (procesy MPI komunikują się przez sieć InfiniBand). Skrypt uruchamiający program używa komendy <code>mpiexec</code> (a nie <code>mpirun</code>). Na klastrze Nova należy korzystać z mpiexec dostępnego w katalogu: <code>/usr/local/osc_mpiexec/0.85_nodefile/bin/mpiexec</code>. <br />
<br />
Uruchamianie obliczeń równoległych w kolejce, przykład:<br />
sub-dalton calc.dal h2o.mol short6h 2 1800<br />
<br />
Do wykonania obliczeń równoległych potrzebne są odpowiednio przygotowane pliki wejściowe.<br />
<br />
Przykładowy plik .dal<br />
**DALTON INPUT<br />
.OPTIMIZE<br />
'''.PARALLEL'''<br />
**WAVE FUNCTION<br />
.DFT<br />
B3LYP<br />
**END OF INPUT<br />
<br />
Przykładowy plik .mol<br />
BASIS<br />
cc-pVTZ<br />
arbitrary text in here<br />
arbitrary text in here<br />
Atomtypes=1<br />
Charge=1.0 Atoms=2<br />
H 0.0 0.0 0.0<br />
H 0.0 0.0 2.0<br />
<br />
Warto zauważyć, że implementacja paradygmatu master/slave w Daltonie sprawia, że proces główny (master) wykonuje fragmenty sekwencyjne programu i odpowiada za rozdział zadań między procesy slave, dlatego wykonuje niewiele obliczeń w porównaniu z procesami slave.<br />
<br />
== Wyniki testów ==<br />
Program został przetestowany zestawem testów dostarczanych razem ze źródłami. Wszystkie testy wykonały się poprawnie.<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.kjemi.uio.no/software/dalton/dalton.html Strona domowa pakietu]<br />
* [http://www.scalalife.eu/content/dalton-1 Porady odnośnie uruchamiania Daltona w ScalaLife Competence center] <br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mkowalska