ADF: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
| Linia 2: | Linia 2: | ||
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=2012.01 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=2010.01 |wersja22=2009.01b |wersja23=2008.01}} | {{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=2012.01 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=2010.01 |wersja22=2009.01b |wersja23=2008.01}} | ||
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). | '''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). | ||
| + | |||
| + | == Licencja == | ||
| + | Licencja WCSS obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''). | ||
| + | |||
| + | === Informacja o wykorzystaniu === | ||
| + | Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM: | ||
| + | * [http://www.scm.com/Doc/Doc2012/Background/References/page1.html wersja 2012] | ||
| + | * [http://www.scm.com/Doc/Doc2009.01/Background/References/page1.html wersja 2009.01] | ||
| + | {{Podziękowania_WCSS}} | ||
== ADF w WCSS == | == ADF w WCSS == | ||
| − | ADF zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]] oraz na [[Leo]]. | + | ADF zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]] oraz na [[Leo]]. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie <code>/usr/local/</code>. |
| − | + | ===== Uruchamianie GUI ADF-a ===== | |
| − | |||
| − | =====Uruchamianie GUI ADF-a===== | ||
GUI (adfinput, adfview i in.) należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce. | GUI (adfinput, adfview i in.) należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce. | ||
{{uwaga2|Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest '''zabronione'''.}} | {{uwaga2|Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest '''zabronione'''.}} | ||
| Linia 22: | Linia 29: | ||
> adfview | > adfview | ||
| − | =====Uruchamianie zadań w kolejce na [[Leo]]===== | + | ===== Uruchamianie zadań w kolejce na [[Leo]] ===== |
* '''na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,''' | * '''na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,''' | ||
* konfiguracja buforów dyskowych '''na Leo''' - http://www.scm.com/News/iobufmore.html | * konfiguracja buforów dyskowych '''na Leo''' - http://www.scm.com/News/iobufmore.html | ||
* możliwe są obliczenia równoległe, | * możliwe są obliczenia równoległe, | ||
| − | * aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run, | + | * aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. <code>woda.adf</code> i <code>woda.run</code>, |
| − | * następnie należy samodzielnie stworzyć drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, poniżej przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach: | + | * następnie należy samodzielnie stworzyć drugi skrypt, np. o nazwie <code>woda.sh</code>, poniżej przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach: |
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
source /usr/local/adf/env.sh | source /usr/local/adf/env.sh | ||
| Linia 36: | Linia 43: | ||
* nadać prawa wykonywania dla skryptów: | * nadać prawa wykonywania dla skryptów: | ||
> chmod +x woda.sh woda.run | > chmod +x woda.sh woda.run | ||
| − | * wstawić zadanie do kolejki [[PBS]] pamiętając o zadeklarowaniu takiej samej liczby procesorów jak w skrypcie woda.sh: | + | * wstawić zadanie do kolejki [[PBS]], pamiętając o zadeklarowaniu takiej samej liczby procesorów jak w skrypcie <code>woda.sh</code>: |
> qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh | > qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh | ||
| − | =====Uruchamianie zadań w kolejce na [[Supernova]]===== | + | ===== Uruchamianie zadań w kolejce na [[Supernova]] ===== |
* '''na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,''' | * '''na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,''' | ||
* liczba licencji: 64 procesory, | * liczba licencji: 64 procesory, | ||
* limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym), | * limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym), | ||
* możliwe są obliczenia równoległe, | * możliwe są obliczenia równoległe, | ||
| − | * aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. woda.adf i woda.run, należy wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h: | + | * aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. <code>woda.adf</code> i <code>woda.run</code>, należy wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h: |
> sub-adf woda.run short6h 4 500 | > sub-adf woda.run short6h 4 500 | ||
| − | * ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać | + | * ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów: |
> sub-adf | > sub-adf | ||
Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor | Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor | ||
| − | =====Uwagi===== | + | ===== Uwagi ===== |
| − | |||
* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk; | * pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk; | ||
* jeśli podczas tworzenia pliku .run '''na Leo''' podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu: | * jeśli podczas tworzenia pliku .run '''na Leo''' podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu: | ||
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania | export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania | ||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
| Linia 68: | Linia 69: | ||
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)] | * [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)] | ||
| − | ===Materiały dydaktyczne=== | + | === Materiały dydaktyczne === |
W latach 2006 i 2008 w tajniki ADF wprowadzał nas prof. Artur Michalak z UJ: | W latach 2006 i 2008 w tajniki ADF wprowadzał nas prof. Artur Michalak z UJ: | ||
* [[Szkolenie ADF]] | * [[Szkolenie ADF]] | ||
Wersja z 11:44, 19 lip 2012
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| ADF | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 2012.01 |
| Leo | 2010.01 2009.01b 2008.01 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT).
Licencja
Licencja WCSS obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital).
Informacja o wykorzystaniu
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
ADF w WCSS
ADF zainstalowany jest na klastrze Supernova oraz na Leo. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie /usr/local/.
Uruchamianie GUI ADF-a
GUI (adfinput, adfview i in.) należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.
| ! | Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest zabronione. |
- Na Leo:
> source /usr/local/adf/env.sh > /usr/local/adf/bin/adfview
- Na Supernova:
> module load adf > adfview
Uruchamianie zadań w kolejce na Leo
- na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,
- konfiguracja buforów dyskowych na Leo - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
- możliwe są obliczenia równoległe,
- aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np.
woda.adfiwoda.run, - następnie należy samodzielnie stworzyć drugi skrypt, np. o nazwie
woda.sh, poniżej przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach:
#!/bin/bash source /usr/local/adf/env.sh export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania cd /scratch/$USER/katalog-zadania export NSCM=4 ./woda.run >&woda.wyniki
- nadać prawa wykonywania dla skryptów:
> chmod +x woda.sh woda.run
- wstawić zadanie do kolejki PBS, pamiętając o zadeklarowaniu takiej samej liczby procesorów jak w skrypcie
woda.sh:
> qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh
Uruchamianie zadań w kolejce na Supernova
- na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,
- liczba licencji: 64 procesory,
- limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym),
- możliwe są obliczenia równoległe,
- aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np.
woda.adfiwoda.run, należy wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h:
> sub-adf woda.run short6h 4 500
- ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor
Uwagi
- pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
- jeśli podczas tworzenia pliku .run na Leo podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
Dokumentacja
ADF w sieci
Materiały dydaktyczne
W latach 2006 i 2008 w tajniki ADF wprowadzał nas prof. Artur Michalak z UJ:
Zobacz też
- Oprogramowanie KDM
- system kolejkowania zadań PBS
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|