ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
(Dokumentacja)
(Dokumentacja)
Linia 69: Linia 69:
 
* [[Szkolenie ADF]]
 
* [[Szkolenie ADF]]
 
* [[Szkolenie ADF 2]]
 
* [[Szkolenie ADF 2]]
 +
* [http://www.scm.com/Doc/Teaching/BSc/page1.html  Teaching in ADF - BSc exercises]
  
 
== Zobacz też ==
 
== Zobacz też ==

Wersja z 07:21, 3 sie 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF

ADF
Serwer Wersja
Supernova 2012.01
Leo 2010.01
2009.01b
2008.01
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

Licencja

Licencja WCSS (typu Academic computing center) obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital).

Informacja o wykorzystaniu

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Supernova oraz na Leo. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie /usr/local/.

Uruchamianie GUI ADF-a

GUI (adfinput, adfview i in.) należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.

> source /usr/local/adf/env.sh
> /usr/local/adf/bin/adfview 
> module load adf
> adfview

Uruchamianie zadań w kolejce na Leo

  • na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,
  • konfiguracja buforów dyskowych na Leo - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
  • możliwe są obliczenia równoległe,
  • aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
  • następnie należy samodzielnie stworzyć drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, poniżej przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach:
#!/bin/bash
source /usr/local/adf/env.sh
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
cd /scratch/$USER/katalog-zadania
export NSCM=4
./woda.run >&woda.wyniki
  • nadać prawa wykonywania dla skryptów:
> chmod +x woda.sh woda.run
  • wstawić zadanie do kolejki PBS, pamiętając o zadeklarowaniu takiej samej liczby procesorów jak w skrypcie woda.sh:
> qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh

Uruchamianie zadań w kolejce na Supernova

  • na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,
  • liczba licencji: 64 procesory,
  • limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym),
  • możliwe są obliczenia równoległe,
  • aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. woda.adf i woda.run, należy wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h:
> sub-adf woda.run short6h 4 500
  • ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf
Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor

Uwagi

  • pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
  • jeśli podczas tworzenia pliku .run na Leo podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania

Dokumentacja

Zobacz też