ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF</small>
−
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=2013.01 i 2014.01 }}
+
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Bem]] |wersja=2014.01 }}
 
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).
 
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).
  
 
== Licencja ==
 
== Licencja ==
−
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''):
+
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') pozwala wykorzystać 64 rdzenie łącznie dla wszystkich użytkowników i obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''):
 
*ADF
 
*ADF
 
*ADF BAND
 
*ADF BAND
Linia 19: Linia 19:
  
 
== Korzystanie w WCSS ==
 
== Korzystanie w WCSS ==
−
ADF zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]]. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie <code>/usr/local/</code>.
+
ADF zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie <code>/usr/local/adf/</code>.
  
 
=== Uruchamianie GUI ADF-a ===
 
=== Uruchamianie GUI ADF-a ===
Linia 31: Linia 31:
 
Praca z aplikacjami graficznymi w zadaniu interaktywnym jak i po zalogowaniu się z użyciem klienta ssh jest wolniejsza niż z wykorzystaniem klienta NoMachine.
 
Praca z aplikacjami graficznymi w zadaniu interaktywnym jak i po zalogowaniu się z użyciem klienta ssh jest wolniejsza niż z wykorzystaniem klienta NoMachine.
  
−
=== Uruchamianie zadań w kolejce na [[Supernova]] ===
+
=== Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze [[Bem]] ===
−
* '''na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,'''
+
* '''na klastrze Bem obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,'''
−
* liczba licencji: nieograniczona,
+
* liczba licencji: 64 rdzienie,
 
* możliwe są obliczenia równoległe,
 
* możliwe są obliczenia równoległe,
 
* aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. <code>woda.adf</code> i <code>woda.run</code>, następnie nadać skryptowi prawa wykonania:
 
* aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. <code>woda.adf</code> i <code>woda.run</code>, następnie nadać skryptowi prawa wykonania:
 
  > chmod +x woda.run
 
  > chmod +x woda.run
−
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h:
+
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:
−
  > sub-adf woda.run short6h 4 500
+
  > sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6
  
 
* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
 
* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
 
  > sub-adf
 
  > sub-adf
−
  Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor
+
  Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
  
 
* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
 
* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;

Wersja z 10:39, 25 sie 2015

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF

ADF
Serwer Wersja
Bem 2014.01
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

Licencja

Licencja WCSS (typu Academic computing center) pozwala wykorzystać 64 rdzenie łącznie dla wszystkich użytkowników i obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital):

  • ADF
  • ADF BAND
  • REAXFF
  • COSMO-RS
  • DFTB
  • GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję NBO 6).

Informacja o wykorzystaniu

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Bem w drzewie /usr/local/adf/.

Uruchamianie GUI ADF-a

Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl. Służy do tego klient NoMachine. Można również zalogować się na maszynę ui.wcss.pl korzystając z klienta ssh 

> ssh -X login@ui.wcss.pl

Innym sposobem jest uruchomienie aplikacji graficznych w zadaniu interaktywnym 

> qsub -I -X
> module load adf
> adfview

Praca z aplikacjami graficznymi w zadaniu interaktywnym jak i po zalogowaniu się z użyciem klienta ssh jest wolniejsza niż z wykorzystaniem klienta NoMachine.

Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze Bem

  • na klastrze Bem obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,
  • liczba licencji: 64 rdzienie,
  • możliwe są obliczenia równoległe,
  • aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. woda.adf i woda.run, następnie nadać skryptowi prawa wykonania:
> chmod +x woda.run

oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main: 

> sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6
  • ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf
Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
  • pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
  • wykorzystanie sub-adf spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji. Jeśli z jakegoś powodu wymagane jest użycie inne wersji, to należy użyć skryptów sub-adf-WERSJA.

Dokumentacja

Zobacz też

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ADF&oldid=5231”