ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Wersja z 07:14, 1 paź 2019

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF

ADF
Scientific Computing & Modelling
Serwer	Wersja
Bem	2014.10 2016.108 2017.105 2018.104 2019.102
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

Licencja

Licencja WCSS (typu Academic computing center) pozwala wykorzystać 64 rdzenie łącznie dla wszystkich użytkowników i obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital):

ADF
ADF BAND
REAXFF
COSMO-RS
DFTB
GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję NBO 6).

Informacja o wykorzystaniu

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:

wersja 2014

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Bem w drzewie /usr/local/adf/.

Uruchamianie GUI ADF-a

Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.

Służy do tego klient NoMachine.

> module load adf/wybrana_wersja
> adfview

Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze Bem

liczba licencji: 64 rdzienie,
limit licencji per każdy użytkownik: maks. 32,
możliwe są obliczenia równoległe,
należy wcześniej przygotować pliki danych np. woda.run, przykładowa struktura pliku:

#! /bin/sh
$ADFBIN/adf << eor
ATOMS
  O  0  0  0
  H  1  1  0
  H -1  1  0
End
Basis
End
Geometry
End
eor

aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:

> chmod +x woda.run

oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:

> sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6

ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:

> sub-adf
Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Uwaga

na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);

pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;

wykorzystanie sub-adf spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów sub-adf-WERSJA.

Dokumentacja

Zobacz też

Oprogramowanie KDM
system kolejkowania zadań PBS

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
 <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF</small>
-{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Bem]] |wersja='''2014.10''', 2014.01 }}
+{{aplikacja|nazwa=ADF|logo=[[Plik:adf.png|text]]<br><font color="gray">Scientific Computing & Modelling</font>|serwer=[[Bem]]|wersja=2014.10|wersja2=2016.108|wersja3=2017.105|wersja4=2018.104|wersja5='''2019.102'''}}
 '''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).
@@ Linia 21: / Linia 21: @@
 === Uruchamianie GUI ADF-a ===
-Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl. Służy do tego
+Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.
-[[Jak_korzystać_z_NoMachine|klient NoMachine]]. Można również zalogować się na maszynę ui.wcss.pl korzystając z klienta ssh
- > ssh -X login@ui.wcss.pl
+Służy do tego [[Jak_korzystać_z_NoMachine|klient NoMachine]].
-Innym sposobem jest uruchomienie aplikacji graficznych w [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadaniu interaktywnym]]
+  > module load adf<font color="green">/wybrana_wersja</font>
- > qsub -I -X -l walltime=6:00:00
-  > module load adf
   > adfview
-Praca z aplikacjami graficznymi w zadaniu interaktywnym jak i po zalogowaniu się z użyciem klienta ssh jest wolniejsza niż z wykorzystaniem klienta NoMachine.
 === Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze [[Bem]] ===
-* '''na klastrze Bem obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,'''
 * liczba licencji: 64 rdzienie,
+* '''limit licencji per każdy użytkownik: maks. 32,'''
 * możliwe są obliczenia równoległe,
 * należy wcześniej przygotować pliki danych np. <code>woda.run</code>, przykładowa struktura pliku:
@@ Linia 72: / Linia 69: @@
 == Dokumentacja ==
+* [https://www.scm.com/doc/ADF/_downloads/ADF.pdf What’s new in ADF 2018]
 * [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
 * [http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]