ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF</small>
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=2012.01d, 2013.01 }}
+
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=2013.01 }}
 
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).
 
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).
  
 
== Licencja ==
 
== Licencja ==
 
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital'').
 
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital'').
{{uwaga2|Chwilowo wersja 2013.01 nie zawiera licencji na NBO - należy użyć wersji 2012.01.}}
 
  
 
=== Informacja o wykorzystaniu ===
 
=== Informacja o wykorzystaniu ===

Wersja z 12:20, 19 sie 2013

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF

ADF
Serwer Wersja
Supernova 2013.01
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

Licencja

Licencja WCSS (typu Academic computing center) obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital).

Informacja o wykorzystaniu

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Supernova. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie /usr/local/.

Uruchamianie GUI ADF-a

GUI (adfinput, adfview i in.) należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.

> module load adf
> adfview

Uruchamianie zadań w kolejce na Supernova

  • na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,
  • liczba licencji: 64 procesory,
  • limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym),
  • możliwe są obliczenia równoległe,
  • aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. woda.adf i woda.run, następnie nadać skryptowi prawa wykonania:
> chmod +x woda.run

oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h:

> sub-adf woda.run short6h 4 500
  • ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf
Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor
  • pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
  • wykorzystanie sub-adf spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji. Jeśli z jakegoś powodu wymagane jest użycie inne wersji, to neleży użyć skryptów sub-adf-WERSJA.


Dokumentacja

Zobacz też