ADF

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
The printable version is no longer supported and may have rendering errors. Please update your browser bookmarks and please use the default browser print function instead.

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF

ADF
Serwer Wersja
Supernova 2012.01
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

Licencja

Licencja WCSS (typu Academic computing center) obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital).

Informacja o wykorzystaniu

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Supernova. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie /usr/local/.

Uruchamianie GUI ADF-a

GUI (adfinput, adfview i in.) należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.

> module load adf
> adfview

Uruchamianie zadań w kolejce na Supernova

  • na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,
  • liczba licencji: 64 procesory,
  • limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym),
  • możliwe są obliczenia równoległe,
  • aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. woda.adf i woda.run, należy wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h:
> sub-adf woda.run short6h 4 500
  • ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf
Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor
  • pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;

Dokumentacja

Zobacz też