APBS

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

APBS
Serwer Wersja
Nova 1.3
Kontakt
kdm@wcss.pl


APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver) - pakiet umożliwiający ocenę właściwości elektrostatycznych w układach biomolekularnych.

Aplikacja służy m.in. do modelowania otoczki solwatacyjnej. Wykorzystuje model Poissona-Boltzmanna (PBE) opisujący oddziaływania niewiążące w środowisku o określonym pH.

Obszary zastosowań:

  • symulacja procesów dyfuzji w celu pomiaru kinetyki np. białko - białko, ligand - białko,
  • symulacja z uwzględnieniem dynamiki molekularnej rozpuszczalnika,
  • kalkulacja energii wiązania i energii solwatacji,
  • miareczkowanie białek.

Uruchamianie aplikacji

Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu kolejkowego PBS, służy do tego polecenie:

/usr/local/bin/sub-apbs plik-wejsciowy [liczba-procesorow] [pamiec] [kolejka] 

Gdzie:

  • plik-wejsciowy - plik z danymi programu
  • liczba-procesorow - łączna liczba rdzeni na których mają być prowadzone obliczenia, parametr opcjonalny, wartość domyślna: 4 rdzenie
  • pamiec - zapotrzebowanie na pamięć operacyjną per rdzeń, w MB, wartość domyślna: 1800 MB.

Dokumentacja