Amber: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 2: Linia 2:
 
{{zasobytab|logo= |serwery=[[Nova]]}}
 
{{zasobytab|logo= |serwery=[[Nova]]}}
  
'''Amber'''
+
'''Amber''' WERSJA ROBOCZA
  
 
Termin AMBER w kontekście modelowania molekularnego nawiązuje do dwóch rzeczy.
 
Termin AMBER w kontekście modelowania molekularnego nawiązuje do dwóch rzeczy.

Wersja z 16:14, 3 cze 2011

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Amber WERSJA ROBOCZA

Termin AMBER w kontekście modelowania molekularnego nawiązuje do dwóch rzeczy. Pierwsza, pola siłowe AMBER, z którch korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną. Druga to grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowana głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład AMBER wchodzą AMBER11 oraz AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie. Odwrotna sytuacja nie jest możliwa, AMBER11 wymaga instalacji AmberTools.

W skład AMBER11 wchodzi około 50 programów, z którch najczęściej używane to:

  • sander - podstawowy program pakietu AMBER11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF
  • pmemd - zmodyfikowana wersja programu "sander", zoptymalizowana pod względem zrównoleglenia, w AMBER od wersji 11 zaimplementowano możliwość korzystania z akceleracji obliczeń przez GPU
  • nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych
  • LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, .xyz molekuł
  • antechamber -
  • ptraj - narzędzie do analizy wyników
  • mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej