AutoDock: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 4 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
−
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < AutoDock</small>
−
{{aplikacja|nazwa=AutoDock|logo=|serwer=[[Nova]]|wersja=4.2.3 |składowe=Programy |lista=AutoDock, AutoGrid}}
+
{{aplikacja|nazwa=AutoDock|serwer=[[Bem]]|wersja=4.2.6}}
 
'''AutoDock''' - aplikacja służąca do przewidywania sposobu wiązania się ligandów do receptora o znanej strukturze przestrzennej.  
 
'''AutoDock''' - aplikacja służąca do przewidywania sposobu wiązania się ligandów do receptora o znanej strukturze przestrzennej.  
  
−
Pakiet udostępniany jest na wolnej licencji GNU GPL. Opis funkcjonalności znajduje się na stronie domowej projektu: [http://autodock.scripps.edu AutoDock].  
+
== Liencja ==
 +
Pakiet udostępniany jest na wolnej licencji GNU GPL.  
  
−
== Korzystanie z AutoDocka w WCSS==
+
=== Informacje o wykorzystaniu ===
−
AutoDock jest aplikacją sekwencyjną.
+
{{Podziękowanie WCSS}}
  
−
Obliczenia uruchamia się poleceniem:
+
== Korzystanie w WCSS==
 +
* AutoDock jest aplikacją sekwencyjną.
 +
*Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
  
−
> sub-autogrid <plik.gpf> [kolejka]
+
''' Środowisko i praca interaktywna '''
−
> sub-autodock <plik.dpf> [kolejka]
 
  
−
np.
+
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:
−
   
+
 
−
  > sub-autogrid test.gpf normal
+
  > qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=AutoDock
−
  > sub-autodock test.dpf normal
+
 
 +
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
 +
> module load autodock (dla wersji domyślnej)
 +
> module load autodock/4.2.6
 +
 
 +
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>autodock4</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.
 +
 
 +
 
 +
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
 +
 
 +
 
 +
''' Wstawianie zadań do kolejki '''
 +
 
 +
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-autodock-4.2.6
 +
 
 +
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
 +
 
 +
  >sub-autodock-4.2.6
 +
Usage: /usr/local/bin/sub-autodock-4.2.6 input_file [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
 +
 
 +
 
 +
Na przykład
 +
 
 +
  > sub-autodock-4.2.6 recluster.dpf -w 2
 +
 
 +
Zadanie uruchomione zostanie na 1 rdzeniu (w obrębie jednego węzła), wymaga 2000 MB pamięci, walltime zadania jest równy 2 godziny.
 +
 
 +
 
 +
'''Uwaga'''
 +
 
 +
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
Linia 27: Linia 62:
  
 
{{oprogramowanie}}
 
{{oprogramowanie}}
−
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
+
[[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Aktualna wersja na dzień 14:02, 21 mar 2016

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < AutoDock

AutoDock
Serwer Wersja
Bem 4.2.6
Kontakt
kdm@wcss.pl

AutoDock - aplikacja służąca do przewidywania sposobu wiązania się ligandów do receptora o znanej strukturze przestrzennej.

Liencja

Pakiet udostępniany jest na wolnej licencji GNU GPL.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

  • AutoDock jest aplikacją sekwencyjną.
  • Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Środowisko i praca interaktywna

Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.: 

> qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=AutoDock

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć: 

> module load autodock (dla wersji domyślnej)
> module load autodock/4.2.6

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia autodock4 i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.


Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?


Wstawianie zadań do kolejki

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-autodock-4.2.6

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: 

>sub-autodock-4.2.6
Usage: /usr/local/bin/sub-autodock-4.2.6 input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-w walltime (in hours, default - 504)


Na przykład 

> sub-autodock-4.2.6 recluster.dpf -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 1 rdzeniu (w obrębie jednego węzła), wymaga 2000 MB pamięci, walltime zadania jest równy 2 godziny.


Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Dokumentacja

Zobacz też:


Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=AutoDock&oldid=5536”