AutoDock Vina: Różnice pomiędzy wersjami
(Utworzył nową stronę „AutoDock Vina Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasow...”) |
|||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | AutoDock Vina | + | ===AutoDock Vina=== |
Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand. | Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand. | ||
| Linia 8: | Linia 8: | ||
[ilustracje] | [ilustracje] | ||
| − | Przypływ danych - w każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie. | + | '''Przypływ danych - w każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.''' |
Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT). | Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT). | ||
Wersja z 13:37, 8 sie 2011
AutoDock Vina
Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia (multithreadingu) obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).
[ilustracje]
Przypływ danych - w każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.
Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT). -przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania) -przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacynych)
Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina.
-AutoDock Vina uruchamiamy skryptem sub-autodock-vina
Interpretacja wyników w PyMOL.
Po szczegóły odsyłam na stronę projektu oraz do publikacji: "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"
W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, autor prosi cytować ww. artykuł.