AutoDock Vina: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 11: | Linia 11: | ||
Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT). | Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT). | ||
| − | + | *przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania) | |
| − | + | *przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacynych) | |
Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina. | Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina. | ||
| − | + | *AutoDock Vina uruchamiamy skryptem sub-autodock-vina | |
Interpretacja wyników w PyMOL. | Interpretacja wyników w PyMOL. | ||
Wersja z 13:38, 8 sie 2011
AutoDock Vina
Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).
[ilustracje]
Przypływ danych - w każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.
Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT).
- przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania)
- przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacynych)
Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina.
- AutoDock Vina uruchamiamy skryptem sub-autodock-vina
Interpretacja wyników w PyMOL.
Po szczegóły odsyłam na stronę projektu oraz do publikacji: "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"
W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, autor prosi cytować ww. artykuł.