AutoDock Vina: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 2: | Linia 2: | ||
Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand. | Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand. | ||
| − | Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania oraz wprowadzenie | + | Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania (''scoring function'')oraz wprowadzenie |
możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości | możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości | ||
uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x). | uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x). | ||
| Linia 16: | Linia 16: | ||
'''Przypływ danych - w każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.''' | '''Przypływ danych - w każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.''' | ||
| − | Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT). | + | Przygotowanie pliku wsadowego w '''MGLTools''' (*.PDBQT). |
*przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania) | *przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania) | ||
*przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacynych) | *przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacynych) | ||
| − | Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina. | + | Przeprowadzenie obliczeń w '''AutoDock Vina'''. |
*AutoDock Vina uruchamiamy skryptem sub-autodock-vina | *AutoDock Vina uruchamiamy skryptem sub-autodock-vina | ||
| − | Interpretacja wyników w PyMOL. | + | Interpretacja wyników w '''PyMOL'''. |
Wersja z 14:48, 8 sie 2011
AutoDock Vina
Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania (scoring function)oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).
[ilustracje]
Przypływ danych - w każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.
Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT).
- przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania)
- przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacynych)
Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina.
- AutoDock Vina uruchamiamy skryptem sub-autodock-vina
Interpretacja wyników w PyMOL.
Szczegóły na stronie projektu http://vina.scripps.edu/ oraz w : "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"
W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, autor prosi cytować ww. artykuł. \* Za"O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"