AutoDock Vina

AutoDock Vina

Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania (scoring function) oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).

[ilustracje]

Średni czas w minutach na statystyczny kompleks. 2 x Intel Xeon @ 2.66 (2 x 4 rdzenie).*

Porównanie jakości wyników AutoDock 4.0.x względem AutoDock Vina *

Przypływ danych - w każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.

Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT).

• przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania)
• przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacynych)

Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina.

• AutoDock Vina uruchamiamy skryptem sub-autodock-vina

Interpretacja wyników w PyMOL.

Szczegóły na stronie projektu http://vina.scripps.edu/ oraz w : "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"

W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, autor prosi cytować ww. artykuł. \* Za"O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"