AutoDock Vina: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 9: Linia 9:
  
 
{|
 
{|
| [[File:Speed_autodock_vs_vina.png|thumb| upright=2|Średni czas w minutach na statystyczny kompleks. 2 x Intel Xeon @ 2.66 (2 x 4 rdzenie).<ref name="a">]]
+
| [[File:Speed_autodock_vs_vina.png|thumb| upright=2|Średni czas w minutach na statystyczny kompleks. 2 x Intel Xeon @ 2.66 (2 x 4 rdzenie).]]
 
| [[File:Rmsd_autodock_vina.png|thumb|upright=1.81|Porównanie jakości wyników AutoDock 4.0.x względem AutoDock Vina.]]
 
| [[File:Rmsd_autodock_vina.png|thumb|upright=1.81|Porównanie jakości wyników AutoDock 4.0.x względem AutoDock Vina.]]
 
|}
 
|}
Linia 33: Linia 33:
  
 
W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, autor prosi cytować ww. artykuł.
 
W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, autor prosi cytować ww. artykuł.
 
Cytowania
 
{{Lista_cytowan}}
 

Wersja z 10:13, 9 sie 2011

AutoDock Vina

Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania (scoring function) oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).

[ilustracje]

Średni czas w minutach na statystyczny kompleks. 2 x Intel Xeon @ 2.66 (2 x 4 rdzenie).
Porównanie jakości wyników AutoDock 4.0.x względem AutoDock Vina.


Przypływ danych - w każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.

Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT).

  • przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania)
  • przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacynych)

Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina.

  • AutoDock Vina uruchamiamy skryptem sub-autodock-vina

Interpretacja wyników w PyMOL.


Szczegóły na stronie projektu http://vina.scripps.edu/ oraz w : "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"

W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, autor prosi cytować ww. artykuł.