AutoDock Vina: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 20: Linia 20:
 
**AutoDock Vina uruchamiany jest skryptem <code>sub-autodock_vina</code>
 
**AutoDock Vina uruchamiany jest skryptem <code>sub-autodock_vina</code>
  
*Interpretacja wyników w '''PyMOL''', '''ADT''', lub programie do tego przeznaczonym.
+
*Interpretacja wyników w '''PyMOL''', '''ADT''' lub innej aplikacji do tego przeznaczonej.
  
 
===Korzystanie w WCSS===
 
===Korzystanie w WCSS===

Wersja z 09:39, 17 sie 2011

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

AutoDock Vina
Serwer Wersja
Nova 1.1.2
Kontakt
kdm@wcss.pl

AutoDock Vina - program wykorzystywany do dokowania molekularnego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania (scoring function) oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).


Średni czas obliczeń w minutach na statystyczny kompleks. 2 x Intel Xeon @ 2.66 (2 x 4 rdzenie).
Porównanie jakości wyników AutoDock 4.0.x względem AutoDock Vina.


Przepływ danych

Na każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.

  • Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT).
    • przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania)
    • przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacyjnych)
  • Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina w WCSS.
    • AutoDock Vina uruchamiany jest skryptem sub-autodock_vina
  • Interpretacja wyników w PyMOL, ADT lub innej aplikacji do tego przeznaczonej.

Korzystanie w WCSS

Uruchamiamy skryptem "sub-autodock_vina" - ograniczenie na jeden węzeł (12 CPU). Skrypt domyślnie rezerwuje 1800mb per jeden rdzeń.

sub-autodock_vina 
Sposob uzycia: [plik_konfiguracyjny] [liczba_rdzeni] [kolejka]

Przyklad pliku konfiguracyjnego

receptor = bialko.pdbqt # nazwa pliku z przygotowaną strukturą receptora (może byc ścieżka)
ligand = ligand.pdbqt # nazwa pliku z przygotowaną strukturą liganda (może byc ścieżka)
center_x = 11 # współrzędna x-owa środka przestrzeni dopasowania 
center_y = 90.5 # współrzędna y-owa środka przestrzeni dopasowania
center_z = 57.5 # współrzędna z-owa środka przestrzeni dopasowania
size_x = 22 # składowa x-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
size_y = 24 # składowa y-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
size_z = 28 # składowa z-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
exhaustiveness = 16 # ilość iteracji

Licencja

Program udostępniony jest na licencji Apache, z kilkoma zastrzeżeniami co do użytku komercyjnego, niekomercyjnego i prac wywiedzionych (tekst licencji)

W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, należy cytować artykuł: "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"

Linki zewnętrzne