Bem

< Podręcznik użytkownika KDM < Maszyny obliczeniowe < Bem

Bem
Kontakt
kdm@wcss.pl

Bem - klaster zainstalowany w WCSS w marcu 2015 r. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 z procesorami Intel Xeon (mikroarchitektura Haswell).

Parametry klastra

• węzeł dostępowy dla użytkowników lokalnych KDM WCSS: bem.wcss.pl,
• węzeł dostępowy dla użytkowników PL-Grid: ui.wcss.pl,
• 688 węzłów obliczeniowych 24-rdzeniowych z 64 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2670 v3 2.3 GHz, Haswell),
• 32 węzły obliczeniowe 24-rdzeniowe ze 128 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2670 v3 2.3 GHz, Haswell),
• 182 węzły obliczeniowe 28-rdzeniowe ze 128 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2697 v3 2.6 GHz, Haswell),
• 10 węzłów obliczeniowych 28-rdzeniowych z 512 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2697 v3 2.6 GHz, Haswell),
• 22 656 rdzeni obliczeniowych,
• 74,6 TB pamięci RAM,
• przestrzeń na katalogi domowe użytkowników: 50 TB NFS,
• przestrzeń tymczasowa: 1,1 PB Lustre,
• sieć obliczeniowa: Infiniband FDR, przepływność 56 Gbps (topologia fat-tree, współczynnik blokowania 3:1),
• sieć zarządzania: Ethernet 1G/10G,
• system operacyjny: Linux CentOS 6,
• moc obliczeniowa: 860 TFLOPS.

Pamięć operacyjna dostępna dla zadań obliczeniowych jest mniejsza niż pamięć zainstalowana fizycznie i wynosi:

• dla węzłów z zainstalowanymi 64 GB pamięci fiz. - 60000 MB,
• dla węzłów z zainstalowanymi 128 GB pamięci fiz. - 125000 MB,
• dla węzłów z zainstalowanymi 512 GB pamięci fiz. - 500000 MB.

Oprogramowanie

Aplikacje

Abaqus, ABINIT, ADF, Amber, ANSYS CFX, ANSYS Fluent, Cfour, Comsol, CP2K, CPMD, CRYSTAL09, Dalton, DIRAC, FDS-SMV, GAMESS, Gaussian, Gromacs, LAMMPS, Lumerical [ FDTD, MODE ], Mathematica, Matlab, Molcas, Molpro, NWChem, Orca, R, Siesta, TensorFlow, TURBOMOLE i inne oraz aplikacje własne użytkowników.

Kompilatory

GNU GCC, Intel, PGI i inne.

Biblioteki i narzędzia

• OpenMPI,
• HDF, HDF5,
• NetCDF,
• Python + SciPy + NumPy,
• pozostałe.

System kolejkowania

PBSPro.

Zalecenia

Na dysku /home wprowadzone są kwoty dyskowe: domyślny limit wynosi 50 GB. Sprawdzenie stanu:

quota -s -f ~

Podręcznik systemowy dla polecenia quota:

man quota

Zobacz też

• Maszyny obliczeniowe

Maszyny obliczeniowe	Bem ⋅ Klaster kampusowy