Biovia: Różnice pomiędzy wersjami

Aktualna wersja na dzień 12:22, 15 paź 2021

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Biovia

Biovia

Serwery
Bem Klaster kampusowy Do samodzielnej instalacji
Pakiety
Materials Studio Discovery Studio
Kontakt
kdm@wcss.pl

Biovia (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc., następnie do 2014 r. Accelrys Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.

Niektóre z dostępnych pakietów: Materials Studio (np. CASTEP), Discovery Studio (np. Charmm).

Spadkowe produkty, które nie są już rozwijane: Insight II, Cerius2, Catalyst po wycofaniu z użytku komputera Tezro nie są już dostępne w WCSS. Quanta została wycofana ze sprzedaży.

Licencja krajowa

Obecnie (październik 2017 r.) nie funkcjonuje licencja krajowa. Zainteresowani mogą kupić licencję od producenta lub czekać na zakup licencji WCSS.

Zasady korzystania

Krajową licencję na produkty firmy Biovia (d. Accelrys) udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki 2015/2016 są dostępne na stronie:

http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1516

WCSS płaci za wykorzystanie licencji, dlatego prosimy o oszczędne korzystanie z niej. Jeżeli zespół zamierza intensywnie wykorzystywać produkty Biovia, to prosimy o ewentualne uwzględnienie kosztu odpowiedniej części tej licencji w planowanym projekcie.

Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta) wyłącznie w celach naukowych.

Zajęcia dydaktyczne

Licencja krajowa umożliwia także korzystanie z oprogramowania do zajęć dydaktycznych - pozwala na uruchomienie 15 kopii tego samego modułu. Prowadzący zajęcia powinni skontaktować się z ICM i ustalić harmonogram zajęć.

Obowiązkowa ankieta

Osoby, które korzystają z oprogramowania Biovia zobowiązane są do wypełnienia ankiety, dostępnej on-line na stronach ICM: Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys. (Ankieta jest aktualizowana)

Serwer licencji

Jeśli użytkownik instaluje oprogramowanie na własnym komputerze należy ustawić połączenie ze zdalnym serwerem licencji:

serwer: twoj-serwer-licencji.pl
port: 1715

Pierwsze uruchomienie programu MS lub DS wywoła administratora licencji i pozwoli na konfigurację serwera licencji.

Stopień wykorzystania licencji krajowej można sprawdzić logując się na klaster Supernova i wykonując polecenia:

export LM_LICENSE_FILE=1715@twoj-serwer-licencji.pl
module load lmutil/11.10.1
lmutil lmstat -a | less

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys). Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:

"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".

Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Biovia lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

WCSS udostępnia zarejestrowanym użytkownikom pakiety firmy Biovia na klastrze Bem (Materials Studio), klastrze kampusowym (Materials Studio, Discovery Studio) oraz do samodzielnej instalacji na własnym komputerze. Użytkownicy zainteresowani korzystaniem z pakietów lub pobraniem plików instalacyjnych proszeni są o kontakt z administratorami.

Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione następujące warunki:

Połączenie między komputerem użytkownika a serwerem VPN w WCSS jest nawiązane (zobacz instrukcję jak korzystać z VPN);
Połączenie sieciowe między serwerem VPN w WCSS a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne;
Dostępna jest dostateczna liczba licencji do uruchomienia pakietu/modułu.

Więcej na stronach pakietów:

Dokumentacja

Webinaria - http://accelrys.com/events/webinars/ - strona z Webinariami (~ 45 min - 1 h), pogrupowanymi tematycznie, można dotrzeć do przeprowadzonych już seminariów, po wybraniu konkretnego kursu i wypełnieniu formularza rejestracyjnego (nie ma ograniczeń dostępu) otrzymuje się na podany adres email link do pobrania wideo z nagraniem prezentacji, wraz z komentarzem (np. DS 3.1).
Trainings - http://accelrys.com/services/training/index.html - strona z planowanymi kursami, które mogą odbyć się on-line (ok. 1-3 h) lub w miejscu (~ 1 dzień).
- Discovery Studio - http://accelrys.com/services/training/life-science/index.html
- Materials Studio - http://accelrys.com/services/training/materials-science/index.html
Tutorials - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu producenta i zalogowania się na to konto.

Zobacz też: Oprogramowanie KDM

Oprogramowanie naukowe	Biovia	Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
-<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Biovia</small>{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Biovia|serwery=[[Bem]]<br />[[Klaster kampusowy]]<br/> Do samodzielnej instalacji|składowe=Pakiety| lista=[[Materials Studio]]<br/>[[Discovery Studio]] |kontakt=}}
-{{zasobytab|logo=|serwery=[[Tezro]], [[Leo]]}}
+'''Biovia''' (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc., następnie do 2014 r. Accelrys Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.
-'''Accelrys''' (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.
-==Pakiety==
+Niektóre z dostępnych pakietów: [[Materials Studio]] (np. [[CASTEP]]), [[Discovery Studio]] (np. [[Charmm]]).
-Niektóre z dostępnych pakietów:
-*[[CASTEP]]
-*[[Catalyst]]
-*[[Cerius2]]
-*[[Charmm]] - w bieżacym roku akademickim jest dostępna licencja Charmm w ramach licencji Accelrys. Zespoły badawcze mogą zakupić własne licencje aktualnej wersji Charmm.
-*[[CNX]]
-*[[Insight II]]
-*[[Felix]]
-*[[Quanta]]
-*[[Materials Studio]]
-*[[Discovery Studio]]
-==Licencja krajowa==
+Spadkowe produkty, które nie są już rozwijane: [[Insight II]], [[Cerius2]], [[Catalyst]] po wycofaniu z użytku komputera [[Tezro]] nie są już dostępne w WCSS. [[Quanta]] została wycofana ze sprzedaży.
-===Zasady korzystania===
-Krajową licencję na produkty firmy Accelrys udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki 2007/2008 są dostępne na stronie:
-*http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady
-Użytkownicy WCSS w ramach licencji krajowej mają dostęp do '''4 żetonów MSI_TokenR'''.
+== Licencja krajowa ==
+Obecnie (październik 2017 r.) nie funkcjonuje licencja krajowa. Zainteresowani mogą kupić licencję od producenta lub czekać na zakup licencji WCSS.
-Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS tylko zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta). Ze względu na wysoki koszt licencji Accelrys nie jest możliwe wykonywanie w WCSS czasochłonnych obliczeń, których wyniki nie będą publikowane, np. służących wyłącznie do zrealizowania pracy dyplomowej. Natomiast do zajęć dydaktycznych należy używać licencji edukacyjnej - w tej sprawie prowadzący zajęcia powinni kontaktować się z ICM, WCSS jedynie udostępnia komputer.
+=== Zasady korzystania ===
+Krajową licencję na produkty firmy Biovia (d. Accelrys) udostępnia ICM.  Informacje o licencji na rok akademicki 2015/2016 są dostępne na stronie:
+*http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1516
-Osoby zainteresowane przedłużeniem licencji na rok akademicki 2007/2008 mogą zapoznać się z [[Lista proponowanych modułów Accelrys|listą proponowanych przez WCSS modułów]] a także dopisać nazwy modułów.
+WCSS płaci za wykorzystanie licencji, dlatego prosimy o oszczędne korzystanie z niej. Jeżeli zespół zamierza intensywnie wykorzystywać produkty Biovia, to prosimy o ewentualne uwzględnienie kosztu odpowiedniej części tej licencji w planowanym projekcie.
-===Obowiązkowa ankieta===
+Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS '''zespoły badawcze''' (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta) wyłącznie w celach naukowych.
-Osoby, które korzystają z oprogramowania Accelrys zobowiązane są do wypełnienia '''[[Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys|ankiety]]''' i wysłania jej pod adres: accelrys@icm.edu.pl
-===Publikacje===
+=== Zajęcia dydaktyczne ===
-Z powodu planowanej podwyżki cen licencji w roku 2007/2008 uprzejmie prosimy o dokumentowanie w WCSS wszystkich publikacji, w których wykorzystano licencję krajową Accelrys. Kopie publikacji z roku 2006 należy dostarczyć do WCSS wraz z rocznym sprawozdaniem, natomiast publikacje z pierwszego półrocza 2007 do 30 czerwca. Liczba zakupionych licencji będzie ściśle związana z liczbą publikacji. Autorzy publikacji będą mieli pierwszeństwo w dostępie do licencji.
+Licencja krajowa umożliwia także korzystanie z oprogramowania do '''zajęć dydaktycznych''' - pozwala na uruchomienie 15 kopii tego samego modułu. Prowadzący zajęcia powinni skontaktować się z ICM i ustalić harmonogram zajęć.
-Prosimy o informacje o programach, które mogą przynajmniej częściowo zastąpić produkty Accelrys.
+=== Obowiązkowa ankieta ===
+Osoby, które korzystają z oprogramowania Biovia zobowiązane są do wypełnienia ankiety, dostępnej on-line na stronach ICM: '''[http://www.icm.edu.pl/kdm.static/accelrys/ankieta/rejestracja.php Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys]'''. (Ankieta jest aktualizowana)
-==Accelrys w WCSS==
+=== Serwer licencji ===
-W [[WCSS]] pakiety firmy Accelrys dostępne są na serwerach [[Tezro]] (2 procesory, katalogi instalacji /usr/local/MSI/) i [[Leo]] (2 procesory). Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione dwa podstawowe warunki:
+Jeśli użytkownik instaluje oprogramowanie na własnym komputerze należy ustawić połączenie ze zdalnym serwerem licencji:
+* serwer: '''twoj-serwer-licencji.pl'''
+* port: '''1715'''
-# Połączenie sieciowe między Tezro/Leo a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne.
+Pierwsze uruchomienie programu MS lub DS wywoła administratora licencji i pozwoli na konfigurację serwera licencji.
-# Dostępna jest dostateczna ilość żetonów (ang. ''token'') do uruchomienia pakietu/modułu.
-W ramach licencji krajowej, WCSS ma zarezerwowane 4 żetony. Cała licencja krajowa obejmuje 124 żetony. Żeton przyznawany jest użytkownikowi na czas sesji z jednym z pakietów. Jeżeli wszystkie żetony są w danej chwili wykorzystywane przez użytkowników, kolejny użytkownik musi czekać aż przynajmniej jeden żeton zostanie zwolniony. Niektóre moduły pakietów Accelrysa wymagają dodatkowego żetonu (lub żetonów), dlatego mogą być niedostępne do momentu jego (ich) uzyskania. Po zakończeniu interaktywnej pracy należy zamknąć sesję, żeby zwolnić żeton(y). Bezczynne procesy będą kasowane przez administratorów bez uprzedzenia, a użytkownicy systematycznie blokujący żetony mogą stracić prawo do korzystania z pakietu Accelrys.
+Stopień wykorzystania licencji krajowej można sprawdzić logując się na klaster Supernova i wykonując polecenia:
-Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys. Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:
+ export LM_LICENSE_FILE=1715@twoj-serwer-licencji.pl
+ module load lmutil/11.10.1
+ lmutil lmstat -a | less
+=== Informacja o wykorzystaniu ===
+Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys). Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:
 :''"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".''
-Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Accelrys lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.
+Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Biovia lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.
-W związku z drastycznym wzrostem kosztu licencji Accelrys, we wrześniu każdego roku - przed kolejną decyzją o przedłużeniu licencji - zostanie przeprowadzona analiza wyników. Użytkownicy Accelrysa, którzy planują dłuższe wakacje lub staż, powinni dostarczyć przed wyjazdem kopie artykułów, które ukażą sie po dniu 1 lutego danego roku a także swoje oczekiwania odnośnie licencji.
-Uprzejmie prosimy o informacje o oprogramowaniu, które może (częściowo) zastąpić pakiety Accelrys ([[kontakt]]).
+{{Podziękowanie_WCSS}}
-;Uruchamianie aplikacji
+== Korzystanie w WCSS ==
-Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki shortMSI lub short. Poszczególne programy uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin):
+[[WCSS]] udostępnia zarejestrowanym użytkownikom pakiety firmy Biovia na klastrze [[Bem]] ([[Materials Studio]]), [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym]] (Materials Studio, [[Discovery Studio]]) oraz do samodzielnej instalacji na własnym komputerze. Użytkownicy zainteresowani korzystaniem z pakietów lub pobraniem plików instalacyjnych proszeni są o kontakt z [[kontakt|administratorami]].
+Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione następujące warunki:
- > '''cerius2'''         (domyślnie najnowsza wersja pakietu)
+# Połączenie między komputerem użytkownika a serwerem VPN w WCSS jest nawiązane (zobacz instrukcję [[Korzystanie z VPN|jak korzystać z VPN]]);
+# Połączenie sieciowe między serwerem VPN w WCSS a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne;
+# Dostępna jest dostateczna liczba licencji do uruchomienia pakietu/modułu.
- > '''quanta'''          (domyślnie najnowsza wersja pakietu)
+Więcej na stronach pakietów:
- > '''quanta2000'''
+* [[Materials Studio]]
+* [[Discovery Studio]]
- > '''catalyst'''       (domyślnie najnowsza wersja pakietu)
+== Dokumentacja ==
- > '''catalyst_480'''
+* '''Webinaria''' - http://accelrys.com/events/webinars/ - strona z Webinariami (~ 45 min - 1 h), pogrupowanymi tematycznie, można dotrzeć do przeprowadzonych już seminariów, po wybraniu konkretnego kursu i wypełnieniu formularza rejestracyjnego (nie ma ograniczeń dostępu) otrzymuje się na podany adres email link do pobrania wideo z nagraniem prezentacji, wraz z komentarzem (np. [http://accelrys.com/events/webinars/discovery-studio-31/ds31-overview-request.php DS 3.1]).
+* '''Trainings''' - http://accelrys.com/services/training/index.html - strona z planowanymi kursami, które mogą odbyć się on-line (ok. 1-3 h) lub w miejscu (~ 1 dzień).
+** '''Discovery Studio''' - http://accelrys.com/services/training/life-science/index.html
+** '''Materials Studio''' - http://accelrys.com/services/training/materials-science/index.html
+* '''Tutorials''' - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu producenta i zalogowania się na to konto.
-Ponieważ powyższe pakiety wykorzystują do wizualizacji bibliotekę DGL (ang. ''Distributed Graphic Library'', zamknięta wersja OpenGL opracowana przez SGI), aby uruchamiać programy zdalnie, trzeba używać komputera SGI jako maszyny klienckiej lub posłużyć się przy uruchamianiu programu opcją -X11, która wymusi wykorzystanie graficznych bibliotek systemu X-Window. Więcej informacji znajduje się w artykule o [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniu wyświetlania]].
+* [http://www.accelrys.com/ Strona główna Biovia]
+* [http://www.accelrys.com/eflash/ Biuletyn Accelrys eFlash]
-;Wstawianie zadań do kolejki
-Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem [[OpenPBS|PBS]] '''qsub''', bliżej omówionym w artykule [[System kolejkowy|System kolejkowania]].
-==Dokumentacja==
-Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w [[WCSS]], pok. 6. WCSS posiada także dostęp do dokumentacji najnowszych wersji produktów w postaci elektronicznej (pdf), aby z nich skorzystać prosimy o kontakt z [[kontakt|administratorami]].
-Accelrys w sieci:
-* [http://www.accelrys.com/ Strona główna firmy Accelrys]
-* [http://www.accelrys.com/insight/index.html Insight II]
-* [http://www.accelrys.com/cerius2/index.html Cerius2]
-* [http://www.accelrys.com/quanta/index.html Quanta]
-* [http://www.accelrys.com/catalyst/index.html Catalyst]
 * [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys Strona Accelrysa w ICM]
-* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady0708 Informacje o licencji krajowej]
+* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1415 Informacje o licencji krajowej]
-* [http://www.accelrys.com/eflash/ Biuletyn Accelrys eFlash]
+* [http://www.icm.edu.pl/kdm.static/accelrys/ankieta/rejestracja.php Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys]
 '''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]
-{{accelrys}}
+{{Biovia}}
 {{oprogramowanie}}
 [[Kategoria:Oprogramowanie]]
 [[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]