Biovia

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Accelrys (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.

Pakiety

Niektóre z dostępnych pakietów:

Licencja krajowa

Zasady korzystania

Krajową licencję na produkty firmy Accelrys udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki 2009/2010 są dostępne na stronie:

Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS tylko zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta). Do zajęć dydaktycznych należy używać licencji edukacyjnej - w tej sprawie prowadzący zajęcia powinni kontaktować się z ICM, WCSS jedynie może udostępnić komputer Leo.

Obowiązkowa ankieta

Osoby, które korzystają z oprogramowania Accelrys zobowiązane są do wypełnienia ankiety i wysłania jej pod adres: accelrys@icm.edu.pl

Accelrys w WCSS

W WCSS pakiety firmy Accelrys dostępne są na serwerach Tezro i Leo. Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione dwa podstawowe warunki:

  1. Połączenie sieciowe między Tezro/Leo a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne.
  2. Dostępna jest dostateczna ilość żetonów (ang. token) do uruchomienia pakietu/modułu.


Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys. Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:

"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".

Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Accelrys lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.


Uruchamianie aplikacji

Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki shortMSI lub short. Poszczególne programy uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin):


> cerius2         (domyślnie najnowsza wersja pakietu) 
> quanta          (domyślnie najnowsza wersja pakietu) 
> quanta2000   
> catalyst       (domyślnie najnowsza wersja pakietu) 
> catalyst_480 

Ponieważ powyższe pakiety wykorzystują do wizualizacji bibliotekę DGL (ang. Distributed Graphic Library, zamknięta wersja OpenGL opracowana przez SGI), aby uruchamiać programy zdalnie, trzeba używać komputera SGI jako maszyny klienckiej lub posłużyć się przy uruchamianiu programu opcją -X11, która wymusi wykorzystanie graficznych bibliotek systemu X-Window. Więcej informacji znajduje się w artykule o przekierowaniu wyświetlania.

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem PBS qsub, bliżej omówionym w artykule System kolejkowania.

Dokumentacja

Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w WCSS, pok. 6. WCSS posiada także dostęp do dokumentacji najnowszych wersji produktów w postaci elektronicznej (pdf), aby z nich skorzystać prosimy o kontakt z administratorami.

Accelrys w sieci:


Zobacz też: Oprogramowanie KDM