Biovia

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys

Accelrys
Accelrys logo.gif
Serwery
Supernova
Klaster kampusowy
Do samodzielnej instalacji
Pakiety
Materials Studio
Discovery Studio
Kontakt
kdm@wcss.pl

Accelrys (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.

Niektóre z dostępnych pakietów: Materials Studio (np. CASTEP), Discovery Studio (np. Charmm).

Spadkowe produkty, które nie są już rozwijane: Insight II, Cerius2, Catalyst po wycofaniu z użytku komputera Tezro nie są już dostępne w WCSS. Quanta została wycofana ze sprzedaży.

Licencja krajowa

Zasady korzystania

Krajową licencję na produkty firmy Accelrys udostępnia ICM. Na okres 2012.10.01-2013.09.29 wykupionych jest 75 żetonów (dla MS i DS). Dalsze informacje o licencji na rok akademicki 2012/2013 są dostępne na stronie:

Użytkownicy WCSS mogą w danym momencie wykorzystywać łącznie 24 żetony, dlatego przed rozpoczęciem dużych obliczeń (powyżej 10 żetonów) proszę się skontaktować z administratorami WCSS.

Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta).

Zajęcia dydaktyczne

Licencja krajowa umożliwia także korzystanie z oprogramowania do zajęć dydaktycznych - pozwala na uruchomienie 10 kopii tego samego modułu. Prowadzący zajęcia powinni skontaktować się z ICM i ustalić harmonogram zajęć.

Obowiązkowa ankieta

Osoby, które korzystają z oprogramowania Accelrys zobowiązane są do wypełnienia ankiety, dostępnej on-line na stronach ICM: Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys.

Serwer licencji

Jeśli użytkownik instaluje oprogramowanie na własnym komputerze należy ustawić połączenie ze zdalnym serwerem licencji:

  • serwer: zatoka.icm.edu.pl
  • port: 1715

Pierwsze uruchomienie programu MS lub DS wywoła administratora licencji i pozwoli na konfigurację serwera licencji.

Stopień wykorzystania licencji krajowej można sprawdzić logując się na klaster Supernova i wykonując polecenia:

export LM_LICENSE_FILE=1715@zatoka.icm.edu.pl
module load lmutil/11.10.1
lmutil lmstat -a | less

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys. Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:

"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".

Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Accelrys lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

WCSS udostępnia zarejestrowanym użytkownikom pakiety firmy Accelrys na klastrze Supernova (Materials Studio), klastrze kampusowym (Discovery Studio) oraz do samodzielnej instalacji na własnym komputerze. Użytkownicy zainteresowani korzystaniem z pakietów lub pobraniem plików instalacyjnych proszeni są o kontakt z administratorami.

Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione dwa podstawowe warunki:

  1. Połączenie sieciowe między komputerem, na którym uruchamiane jest oprogramowanie a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne.
  2. Dostępna jest dostateczna liczba żetonów do uruchomienia pakietu/modułu.

Więcej na stronach pakietów:

Dokumentacja

Zobacz też: Oprogramowanie KDM