CASTEP

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Materials Studio < CASTEP

CASTEP (Materials Studio)
Serwer	Wersja
Supernova (+ Gateway)	6.0
Leo	4.4
Kontakt
kdm@wcss.pl

CASTEP jest dostępny na Leo i Supernova w ramach pakietu Materials Studio i licencji krajowej.

Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP na Leo

• Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta (v.4.4) pod Windows.
• Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu /scratch/$USER/zadanie1.

#!/bin/sh -f

 if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh ]; then
   eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh \
         /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/ -s sh`
 fi

JOB_SCRATCH=/scratch/$USER/zadanie1
PBS_TMPDIR="$TMPDIR"
TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp"
export PBS_TMPDIR TMPDIR 
cd $JOB_SCRATCH
mkdir -p $TMPDIR

/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt

Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem:

qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh

Pliki wejściowe, czyli zadanie1.cell oraz zadanie1.param należy umieścić w katalogu /scratch/$USER/zadanie1.

Zadania z pakietu Accelrys należy wstawiać na Leo do kolejki accelrys.

Literatura

• First principles methods using CASTEP

Oprogramowanie naukowe	Biovia	Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]