CASTEP: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
(-Leo)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]] < [[Materials Studio]] < CASTEP</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]] < [[Materials Studio]] < CASTEP</small>
{{aplikacja|logo=[[Plik:Accelrys_logo.gif|133px]] |nazwa=CASTEP (Materials Studio)|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=6.0 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=4.4}}
+
{{aplikacja|logo=[[Plik:Accelrys_logo.gif|133px]] |nazwa=CASTEP (Materials Studio)|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=6.0}}
 
'''CASTEP''' jest dostępny na [[Leo]] i [[Supernova]] w ramach pakietu [[Materials Studio]] i licencji krajowej.
 
'''CASTEP''' jest dostępny na [[Leo]] i [[Supernova]] w ramach pakietu [[Materials Studio]] i licencji krajowej.
  
 
== Uruchamiane aplikacji ==
 
== Uruchamiane aplikacji ==
===== Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP na Leo =====
+
===== Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP =====
  
* Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta (v.4.4) pod Windows.  
+
* Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta (np. v.4.4) pod Windows.  
 
* Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu <code>/scratch/$USER/zadanie1</code>.  
 
* Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu <code>/scratch/$USER/zadanie1</code>.  
 
<pre>
 
<pre>
Linia 30: Linia 30:
 
Pliki wejściowe, czyli <code>zadanie1.cell</code> oraz <code>zadanie1.param</code> należy umieścić w katalogu <code>/scratch/$USER/zadanie1</code>.
 
Pliki wejściowe, czyli <code>zadanie1.cell</code> oraz <code>zadanie1.param</code> należy umieścić w katalogu <code>/scratch/$USER/zadanie1</code>.
  
Zadania z pakietu Accelrys należy wstawiać na [[Leo]] do kolejki <code>accelrys</code>.
 
  
 
== Literatura ==
 
== Literatura ==

Wersja z 13:57, 24 wrz 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Materials Studio < CASTEP

CASTEP (Materials Studio)
Accelrys logo.gif
Serwer Wersja
Supernova (+ Gateway) 6.0
Kontakt
kdm@wcss.pl

CASTEP jest dostępny na Leo i Supernova w ramach pakietu Materials Studio i licencji krajowej.

Uruchamiane aplikacji

Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP
  • Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta (np. v.4.4) pod Windows.
  • Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu /scratch/$USER/zadanie1.
#!/bin/sh -f

 if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh ]; then
   eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh \
         /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/ -s sh`
 fi

JOB_SCRATCH=/scratch/$USER/zadanie1
PBS_TMPDIR="$TMPDIR"
TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp"
export PBS_TMPDIR TMPDIR 
cd $JOB_SCRATCH
mkdir -p $TMPDIR

/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt

Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem:

qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh

Pliki wejściowe, czyli zadanie1.cell oraz zadanie1.param należy umieścić w katalogu /scratch/$USER/zadanie1.


Literatura