CASTEP: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
m
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]] < [[Materials Studio]] < CASTEP</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]] < [[Materials Studio]] < CASTEP</small>
{{aplikacja|logo=[[Plik:Accelrys_logo.gif|133px]] |nazwa=CASTEP (Materials Studio)|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=6.0}}
+
{{aplikacja|logo=[[Plik:Accelrys_logo.gif|133px]] |nazwa=CASTEP (Materials Studio)|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=7.0}}
 
'''CASTEP''' jest dostępny na klastrze [[Supernova]] w ramach licencji krajowej na pakiet [[Materials Studio]].
 
'''CASTEP''' jest dostępny na klastrze [[Supernova]] w ramach licencji krajowej na pakiet [[Materials Studio]].
  
Linia 7: Linia 7:
 
===== Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP =====
 
===== Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP =====
  
* Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta (np. v.4.4) pod Windows.  
+
* Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta Materials Studio pod Windows.  
 
* Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu <code>/lustre/scratch/$USER/zadanie1</code>.  
 
* Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu <code>/lustre/scratch/$USER/zadanie1</code>.  
 
<pre>
 
<pre>
 
#!/bin/sh -f
 
#!/bin/sh -f
  
  if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh ]; then
+
  if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/bin/ms_setup.sh ]; then
   eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh \
+
   eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/bin/ms_setup.sh \
         /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/ -s sh`
+
         /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/ -s sh`
 
  fi
 
  fi
  
Linia 24: Linia 24:
 
mkdir -p $TMPDIR
 
mkdir -p $TMPDIR
  
/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt
+
/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt
 
</pre>
 
</pre>
  

Wersja z 12:35, 21 lip 2014

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Materials Studio < CASTEP

CASTEP (Materials Studio)
Accelrys logo.gif
Serwer Wersja
Supernova (+ Gateway) 7.0
Kontakt
kdm@wcss.pl

CASTEP jest dostępny na klastrze Supernova w ramach licencji krajowej na pakiet Materials Studio.

Zespół naukowy (European Academic) może kupić licencję pakietu w wersji źródłowej za 1800 Euro (+VAT) [1].

Uruchamiane aplikacji

Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP
  • Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta Materials Studio pod Windows.
  • Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu /lustre/scratch/$USER/zadanie1.
#!/bin/sh -f

 if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/bin/ms_setup.sh ]; then
   eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/bin/ms_setup.sh \
         /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/ -s sh`
 fi

JOB_SCRATCH=/lustre/scratch/$USER/zadanie1
PBS_TMPDIR="$TMPDIR"
TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp"
export PBS_TMPDIR TMPDIR 
cd $JOB_SCRATCH
mkdir -p $TMPDIR

/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt

Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem:

qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh

Pliki wejściowe, czyli zadanie1.cell oraz zadanie1.param należy umieścić w katalogu /lustre/scratch/$USER/zadanie1.


Literatura