CASTEP: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
m |
|||
| (Nie pokazano 9 wersji utworzonych przez 2 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[ | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Biovia]] < [[Materials Studio]] < CASTEP</small> |
| − | {{aplikacja|logo=[[Plik: | + | {{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=CASTEP (Materials Studio)|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=7.0}} |
| − | '''CASTEP''' jest dostępny na | + | '''CASTEP''' jest dostępny na klastrze [[Supernova]] w ramach licencji krajowej na pakiet [[Materials Studio]]. |
| − | + | Zespół naukowy (European Academic) może kupić licencję pakietu w wersji źródłowej za 1800 Euro (+VAT) [http://www.castep.org/CASTEP/GettingCASTEP]. | |
| − | * Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta | + | == Uruchamiane aplikacji == |
| − | * Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu <code>/scratch/$USER/zadanie1</code>. | + | ===== Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP ===== |
| + | |||
| + | * Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta Materials Studio pod Windows. | ||
| + | * Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu <code>/lustre/scratch/$USER/zadanie1</code>. | ||
<pre> | <pre> | ||
#!/bin/sh -f | #!/bin/sh -f | ||
| − | if [ -f /usr/local/Accelrys/ | + | if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/bin/ms_setup.sh ]; then |
| − | eval `/usr/local/Accelrys/ | + | eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/bin/ms_setup.sh \ |
| − | /usr/local/Accelrys/ | + | /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/ -s sh` |
fi | fi | ||
| − | JOB_SCRATCH=/scratch/$USER/zadanie1 | + | JOB_SCRATCH=/lustre/scratch/$USER/zadanie1 |
PBS_TMPDIR="$TMPDIR" | PBS_TMPDIR="$TMPDIR" | ||
TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp" | TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp" | ||
| Linia 22: | Linia 25: | ||
mkdir -p $TMPDIR | mkdir -p $TMPDIR | ||
| − | /usr/local/Accelrys/ | + | /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt |
</pre> | </pre> | ||
Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem: | Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem: | ||
<pre>qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh</pre> | <pre>qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh</pre> | ||
| − | Pliki wejściowe, czyli <code>zadanie1.cell</code> oraz <code>zadanie1.param</code> należy umieścić w katalogu <code>/scratch/$USER/zadanie1</code>. | + | Pliki wejściowe, czyli <code>zadanie1.cell</code> oraz <code>zadanie1.param</code> należy umieścić w katalogu <code>/lustre/scratch/$USER/zadanie1</code>. |
| − | |||
== Literatura == | == Literatura == | ||
| − | *[http:// | + | *[http://eprints.whiterose.ac.uk/8521/ First principles methods using CASTEP] (DOI: 10.1524/zkri.220.5.567.65075) |
| − | {{ | + | {{biovia}} |
{{oprogramowanie}} | {{oprogramowanie}} | ||
[[Kategoria:Oprogramowanie]] | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | ||
Aktualna wersja na dzień 09:06, 14 paź 2014
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie naukowe < Biovia < Materials Studio < CASTEP
| CASTEP (Materials Studio) | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Supernova (+ Gateway) | 7.0 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
CASTEP jest dostępny na klastrze Supernova w ramach licencji krajowej na pakiet Materials Studio.
Zespół naukowy (European Academic) może kupić licencję pakietu w wersji źródłowej za 1800 Euro (+VAT) [1].
Uruchamiane aplikacji
Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP
- Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta Materials Studio pod Windows.
- Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu
/lustre/scratch/$USER/zadanie1.
#!/bin/sh -f
if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/bin/ms_setup.sh ]; then
eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/bin/ms_setup.sh \
/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/ -s sh`
fi
JOB_SCRATCH=/lustre/scratch/$USER/zadanie1
PBS_TMPDIR="$TMPDIR"
TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp"
export PBS_TMPDIR TMPDIR
cd $JOB_SCRATCH
mkdir -p $TMPDIR
/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt
Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem:
qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh
Pliki wejściowe, czyli zadanie1.cell oraz zadanie1.param należy umieścić w katalogu /lustre/scratch/$USER/zadanie1.
Literatura
- First principles methods using CASTEP (DOI: 10.1524/zkri.220.5.567.65075)
| Oprogramowanie naukowe |
Biovia | Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ] |
|---|
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|