CASTEP: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
m
 
(Nie pokazano 7 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]] < [[Materials Studio]] < CASTEP</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Biovia]] < [[Materials Studio]] < CASTEP</small>
{{aplikacja|logo=[[Plik:Accelrys_logo.gif|133px]] |nazwa=CASTEP (Materials Studio)|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=6.0 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=4.4}}
+
{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=CASTEP (Materials Studio)|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=7.0}}
'''CASTEP''' jest dostępny na [[Leo]] i [[Supernova]] w ramach pakietu [[Materials Studio]] i licencji krajowej.
+
'''CASTEP''' jest dostępny na klastrze [[Supernova]] w ramach licencji krajowej na pakiet [[Materials Studio]].
 +
 
 +
Zespół naukowy (European Academic) może kupić licencję pakietu w wersji źródłowej za 1800 Euro (+VAT) [http://www.castep.org/CASTEP/GettingCASTEP].
  
 
== Uruchamiane aplikacji ==
 
== Uruchamiane aplikacji ==
===== Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP na Leo =====
+
===== Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP =====
  
* Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta (v.4.4) pod Windows.  
+
* Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta Materials Studio pod Windows.  
* Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu <code>/scratch/$USER/zadanie1</code>.  
+
* Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu <code>/lustre/scratch/$USER/zadanie1</code>.  
 
<pre>
 
<pre>
 
#!/bin/sh -f
 
#!/bin/sh -f
  
  if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh ]; then
+
  if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/bin/ms_setup.sh ]; then
   eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh \
+
   eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/bin/ms_setup.sh \
         /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/ -s sh`
+
         /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/ -s sh`
 
  fi
 
  fi
  
JOB_SCRATCH=/scratch/$USER/zadanie1
+
JOB_SCRATCH=/lustre/scratch/$USER/zadanie1
 
PBS_TMPDIR="$TMPDIR"
 
PBS_TMPDIR="$TMPDIR"
 
TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp"
 
TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp"
Linia 23: Linia 25:
 
mkdir -p $TMPDIR
 
mkdir -p $TMPDIR
  
/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt
+
/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt
 
</pre>
 
</pre>
  
 
Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem:
 
Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem:
 
<pre>qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh</pre>
 
<pre>qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh</pre>
Pliki wejściowe, czyli <code>zadanie1.cell</code> oraz <code>zadanie1.param</code> należy umieścić w katalogu <code>/scratch/$USER/zadanie1</code>.
+
Pliki wejściowe, czyli <code>zadanie1.cell</code> oraz <code>zadanie1.param</code> należy umieścić w katalogu <code>/lustre/scratch/$USER/zadanie1</code>.
  
Zadania z pakietu Accelrys należy wstawiać na [[Leo]] do kolejki <code>accelrys</code>.
 
  
 
== Literatura ==
 
== Literatura ==
*[http://www.oldenbourg-link.com/doi/abs/10.1524/zkri.220.5.567.65075 First principles methods using CASTEP]
+
*[http://eprints.whiterose.ac.uk/8521/ First principles methods using CASTEP] (DOI: 10.1524/zkri.220.5.567.65075)
  
  
{{accelrys}}
+
{{biovia}}
 
{{oprogramowanie}}
 
{{oprogramowanie}}
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Aktualna wersja na dzień 10:06, 14 paź 2014

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie naukowe < Biovia < Materials Studio < CASTEP

CASTEP (Materials Studio)
Biovia-logo.png
Serwer Wersja
Supernova (+ Gateway) 7.0
Kontakt
kdm@wcss.pl

CASTEP jest dostępny na klastrze Supernova w ramach licencji krajowej na pakiet Materials Studio.

Zespół naukowy (European Academic) może kupić licencję pakietu w wersji źródłowej za 1800 Euro (+VAT) [1].

Uruchamiane aplikacji

Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP
  • Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta Materials Studio pod Windows.
  • Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu /lustre/scratch/$USER/zadanie1.
#!/bin/sh -f

 if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/bin/ms_setup.sh ]; then
   eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/bin/ms_setup.sh \
         /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/ -s sh`
 fi

JOB_SCRATCH=/lustre/scratch/$USER/zadanie1
PBS_TMPDIR="$TMPDIR"
TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp"
export PBS_TMPDIR TMPDIR 
cd $JOB_SCRATCH
mkdir -p $TMPDIR

/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt

Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem:

qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh

Pliki wejściowe, czyli zadanie1.cell oraz zadanie1.param należy umieścić w katalogu /lustre/scratch/$USER/zadanie1.


Literatura