CASTEP: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]] < [[Materials Studio]]</small> | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]] < [[Materials Studio]] < CASTEP</small> |
| − | {{ | + | {{aplikacja|logo=[[Plik:Accelrys_logo.gif|133px]] |nazwa=CASTEP (Materials Studio)|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=6.0 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=4.4}} |
| − | '''CASTEP''' jest dostępny na [[Leo]] w ramach pakietu [[Materials Studio]] i licencji krajowej | + | '''CASTEP''' jest dostępny na [[Leo]] i [[Supernova]] w ramach pakietu [[Materials Studio]] i licencji krajowej. |
| − | + | ;Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP na Leo. | |
| + | |||
| + | * Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta (v.4.4) pod Windows. | ||
| + | * Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu <code>/scratch/$USER/zadanie1</code>. | ||
<pre> | <pre> | ||
#!/bin/sh -f | #!/bin/sh -f | ||
| − | if [ -f /usr/local/Accelrys/ | + | if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh ]; then |
| − | + | eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh \ | |
| − | + | /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/ -s sh` | |
| − | |||
| − | |||
| − | eval `/usr/local/Accelrys/ | ||
| − | /usr/local/Accelrys/ | ||
fi | fi | ||
| Linia 22: | Linia 21: | ||
cd $JOB_SCRATCH | cd $JOB_SCRATCH | ||
mkdir -p $TMPDIR | mkdir -p $TMPDIR | ||
| − | /usr/local/Accelrys/ | + | |
| + | /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt | ||
</pre> | </pre> | ||
| − | Skrypt | + | |
| + | Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem: | ||
<pre>qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh</pre> | <pre>qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh</pre> | ||
| − | Pliki | + | Pliki wejściowe, czyli <code>zadanie1.cell</code> oraz <code>zadanie1.param</code> należy umieścić w katalogu <code>/scratch/$USER/zadanie1</code>. |
| − | Zadania z pakietu Accelrys | + | |
| + | Zadania z pakietu Accelrys należy wstawiać na [[Leo]] do kolejki <code>accelrys</code>. | ||
== Literatura == | == Literatura == | ||
| − | *[http://www. | + | *[http://www.oldenbourg-link.com/doi/abs/10.1524/zkri.220.5.567.65075 First principles methods using CASTEP] |
{{accelrys}} | {{accelrys}} | ||
| − | + | {{oprogramowanie}} | |
[[Kategoria:Oprogramowanie]] | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | ||
Wersja z 09:52, 19 lip 2012
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Materials Studio < CASTEP
| CASTEP (Materials Studio) | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Supernova (+ Gateway) | 6.0 |
| Leo | 4.4 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
CASTEP jest dostępny na Leo i Supernova w ramach pakietu Materials Studio i licencji krajowej.
- Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP na Leo.
- Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta (v.4.4) pod Windows.
- Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu
/scratch/$USER/zadanie1.
#!/bin/sh -f
if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh ]; then
eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh \
/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/ -s sh`
fi
JOB_SCRATCH=/scratch/$USER/zadanie1
PBS_TMPDIR="$TMPDIR"
TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp"
export PBS_TMPDIR TMPDIR
cd $JOB_SCRATCH
mkdir -p $TMPDIR
/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt
Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem:
qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh
Pliki wejściowe, czyli zadanie1.cell oraz zadanie1.param należy umieścić w katalogu /scratch/$USER/zadanie1.
Zadania z pakietu Accelrys należy wstawiać na Leo do kolejki accelrys.
Literatura
| Oprogramowanie naukowe |
Biovia | Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ] |
|---|
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|