CP2K: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
(Wstawianie zadań wsadowych do kolejki)
 
(Nie pokazano 2 wersji utworzonych przez jednego użytkownika)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CP2K</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CP2K</small>
{{aplikacja|nazwa=CP2K|logo=[[Plik:cp2k-logo.png|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=2.6.1}}
+
{{aplikacja|nazwa=CP2K|logo=[[Plik:cp2k-logo.png|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''2.6.1'''}}
 
===Informacje ogólne===
 
===Informacje ogólne===
  
Linia 16: Linia 16:
 
=== Wstawianie zadań wsadowych do kolejki ===
 
=== Wstawianie zadań wsadowych do kolejki ===
  
Aby wstawić zadanie CP2K należy skorzystać ze skryptu '''sub-cp2k''' (dla wersji 2.4, dla wersji 2.5.1 jest to skrypt sub-cp2k_2.5, natomiast dla wersji 2.3 sub-cp2k_2.3)
+
Aby wstawić zadanie CP2K należy skorzystać ze skryptu '''sub-cp2k''' (uruchamia domyślną wersję programu).
  
/usr/local/bin/sub-cp2k plik.inp [parametry]
+
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
  
Skrypt przyjmuje następujące parametry (z których tylko pierwszy jest wymagany):
+
> sub-cp2k
* nazwę pliku wejściowego
+
Usage: /usr/local/bin/sub-cp2k input_file [parameters]
* '''-n''' N (gdzie N to liczba wnioskowanych węzłów)
+
Parameters:
* '''-c''' C (gdzie C to liczba wnioskowanych rdzeni per węzeł)
+
-q queue (default - main)
* '''-m''' M (gdzie M to ilość pamięci w MB)
+
-n nodes (default - 1)
* '''-q''' Q (gdzie Q to nazwa kolejki)
+
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
 +
 
 +
Na przykład
 +
 
 +
> sub-cp2k test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
 +
 
 +
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM  (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
  
 
=== Input===
 
=== Input===

Aktualna wersja na dzień 15:54, 22 lut 2016

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < CP2K

CP2K
noframe
Serwer Wersja
Bem 2.6.1
Kontakt
kdm@wcss.pl

Informacje ogólne

CP2K jest programem służącym do atomistycznych i molekularnych symulacji ciał stałych, roztworów, molekuł i systemów biologicznych.

CP2K jest kodem umożliwiającym przeprowadzanie symulacji z zastosowaniem wielu metod, m.in.:

  • QM/MM
  • Hartree-Fock
  • Rachunek zaburzeń Møllera-Plesseta i metoda MP2
  • Teoria funkcjonału gęstości (DFT)

Częścią programu CP2K jest Quickstep model bazujący na metodzie GPW (Gaussian and plane waves method).

CP2K jest łatwo dostępny, objęty licencją GPL. Może być efektywnie przetwarzany równolegle.

Wstawianie zadań wsadowych do kolejki

Aby wstawić zadanie CP2K należy skorzystać ze skryptu sub-cp2k (uruchamia domyślną wersję programu).

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-cp2k
Usage: /usr/local/bin/sub-cp2k input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Na przykład

> sub-cp2k test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Input

Wygląd oraz opis pliku inputowego programu CP2K wraz z dozwolonymi parametrami dostępny jest na stronie : http://manual.cp2k.org/trunk/

CP2K w sieci

Zobacz też: Oprogramowanie KDM