CPMD dla niewtajemniczonych: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
m (dr. red.)
m
Linia 1: Linia 1:
 
WCSS ma przyjemność zaprosić Państwa na szkolenie pt. '''Dynamika molekularna Cara-Parrinello dla niewtajemniczonych'''.
 
WCSS ma przyjemność zaprosić Państwa na szkolenie pt. '''Dynamika molekularna Cara-Parrinello dla niewtajemniczonych'''.
* '''Termin''': 16 czerwca (poniedziałek), godz. 10:00-16:00
+
* '''Termin''': 16 czerwca 2014 (poniedziałek), godz. 10:00-16:00
 
* '''Miejsce''': sala 201, bud. D-21 PWr, Wrocław ([http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS])
 
* '''Miejsce''': sala 201, bud. D-21 PWr, Wrocław ([http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS])
 
* '''Prowadzący''': Aneta Jezierska-Mazzarello, Jarosław Jan Panek
 
* '''Prowadzący''': Aneta Jezierska-Mazzarello, Jarosław Jan Panek

Wersja z 11:36, 26 maj 2014

WCSS ma przyjemność zaprosić Państwa na szkolenie pt. Dynamika molekularna Cara-Parrinello dla niewtajemniczonych.

  • Termin: 16 czerwca 2014 (poniedziałek), godz. 10:00-16:00
  • Miejsce: sala 201, bud. D-21 PWr, Wrocław (Położenie WCSS)
  • Prowadzący: Aneta Jezierska-Mazzarello, Jarosław Jan Panek

Opis

Dynamika molekularna Cara-Parrinello (CPMD) to schemat dynamiki molekularnej oferujący dostęp do skali czasowej jedynie rzędu dziesiątek – setek pikosekund, ale pozbawiony wad klasycznych pól siłowych opartych na parametryzacji. CPMD umożliwia m.in. badania mechanizmów reakcji, struktury roztworów, zachowania się układów z wiązaniami wodorowymi. Szkolenie zapozna uczestników z podstawami teoretycznymi metody CPMD i jej przykładowymi zastosowaniami, a także przedstawi sposoby konstruowania danych wejściowych dla programu CPMD (www.cpmd.org), wizualizacji i analizy wyników (m.in. za pomocą programu VMD – www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/). Omówione zostanie też uruchamianie zadań CPMD na komputerach WCSS. Z uwagi na podstawowy charakter szkolenia, zagadnienia metod alternatywnych do CPMD (dynamika Borna-Oppenheimera), hybrydowych (QM/MM) oraz przyspieszających przeszukanie przestrzeni fazowej (np. metadynamika) zostaną jedynie zasygnalizowane, bez szczegółowego wprowadzenia. Podobnie pominięte zostaną zagadnienia kompilacji kodu CPMD, zbyt zależne od konkretnych ustawień superkomputera / klastra, którym dysponują użytkownicy.

Wymagania

Wskazana podstawowa znajomość pojęć chemii obliczeniowej (teoria DFT, bazy funkcyjne), doświadczenie w prostych obliczeniach kwantowo-chemicznych (np. z programem Gaussian), podstawy manipulacji plikami w systemie Linux.

Program ramowy

W zależności od zainteresowania uczestników oraz ograniczeń czasowych zastrzegamy sobie możliwość zmian w programie – przesunięć lub rezygnacji z pewnych fragmentów.

Część seminaryjna 1

  • podstawy teoretyczne dynamiki CPMD: podobieństwa i różnice względem innych schematów dynamiki molekularnej
  • fale płaskie i pseudopotencjały
  • jak modelować fazę gazową, ciekłą i stałą?
  • kontrolowanie parametrów przebiegu dynamiki (np. termostatowanie)
  • czy tylko czyste DFT? (np. czy da się zastosować funkcjonały hybrydowe?)

Część warsztatowa 1

  • przygotowanie danych wejściowych: od współrzędnych atomowych do pliku wejściowego
  • uruchamianie obliczeń CPMD na komputerach WCSS

Część seminaryjna 2

  • zastosowania dynamiki CPMD: układy z wiązaniami wodorowymi
  • analiza wyników: parametry geometryczne, sygnatury oscylacyjne
  • dalsze kroki w świat dynamiki – QM/MM, powierzchnie energii swobodnej (metadynamika, dynamika z więzami - krótkie zasygnalizowanie problemu)

Część warsztatowa 2

  • analiza przykładowych trajektorii CPMD: parametry strukturalne, widma oscylacyjne, wizualizacja trajektorii (program VMD)