CRYSTAL: Różnice pomiędzy wersjami
| (Nie pokazano 6 wersji utworzonych przez 5 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CRYSTAL09</small> |
| − | {{aplikacja|nazwa=Crystal09|logo= |serwer=[[ | + | {{aplikacja|nazwa=Crystal09|logo=[[Plik:crystal09.png|noframe|center]] |serwer=[[Bem]]|wersja=2.0.1}} |
| − | '''CRYSTAL09''' - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się sześć wersji: CRYSTAL92, CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06 oraz CRYSTAL09. Najnowsza wersja programu zainstalowana jest w WCSS na klastrze [[ | + | '''CRYSTAL09''' - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się sześć wersji: CRYSTAL92, CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06 oraz CRYSTAL09. Najnowsza wersja programu zainstalowana jest w WCSS na klastrze [[Bem]]. |
| − | Aplikacja | + | Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock`a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR- MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT). |
CRYSTAL przewiduje właściwości cząsteczek, polimerów, powierzchni oraz kryształów. Liczy m.in.: | CRYSTAL przewiduje właściwości cząsteczek, polimerów, powierzchni oraz kryształów. Liczy m.in.: | ||
| Linia 11: | Linia 11: | ||
* właściwości dielektryczne. | * właściwości dielektryczne. | ||
| − | '''Uruchamianie na klastrze [[ | + | '''Uruchamianie na klastrze [[Bem]]''' |
| − | + | Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego. | |
| − | |||
| − | + | Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-crystal09 (uruchamia domyślną wersję programu) | |
| − | + | ||
| − | + | Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: | |
| − | + | ||
| + | > sub-crystal09 | ||
| + | Usage: /usr/local/bin/sub-crystal09 input_file [parameters] | ||
| + | Parameters: | ||
| + | -q queue (default - main) | ||
| + | -n nodes (default - 1) | ||
| + | -p cores (per node, default - 1) | ||
| + | -m memory (per node, in MB, default - 2000) | ||
| + | -w walltime (in hours, default - 504) | ||
| + | |||
| + | Na przykład | ||
| + | |||
| + | > sub-crystal09 test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 | ||
| + | |||
| + | Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny. | ||
| + | |||
| + | '''Informacje o wykorzystaniu''' | ||
| + | |||
| + | {{Podziękowanie_WCSS}} | ||
; Zobacz też: | ; Zobacz też: | ||
| − | * [http://www. | + | * [http://www.crystalsolutions.eu/ Strona domowa pakietu] |
{{Oprogramowanie}} | {{Oprogramowanie}} | ||
[[Kategoria:Oprogramowanie]] | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | ||
Wersja z 15:00, 22 lut 2016
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < CRYSTAL09
| Crystal09 | |
|---|---|
 | |
| Serwer | Wersja |
| Bem | 2.0.1 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
CRYSTAL09 - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się sześć wersji: CRYSTAL92, CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06 oraz CRYSTAL09. Najnowsza wersja programu zainstalowana jest w WCSS na klastrze Bem.
Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock`a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR- MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT).
CRYSTAL przewiduje właściwości cząsteczek, polimerów, powierzchni oraz kryształów. Liczy m.in.:
- widma wibracyjne,
- strukturę elektronową,
- właściwości magnetyczne,
- właściwości dielektryczne.
Uruchamianie na klastrze Bem
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-crystal09 (uruchamia domyślną wersję programu)
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
> sub-crystal09 Usage: /usr/local/bin/sub-crystal09 input_file [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -n nodes (default - 1) -p cores (per node, default - 1) -m memory (per node, in MB, default - 2000) -w walltime (in hours, default - 504)
Na przykład
> sub-crystal09 test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
- Zobacz też
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|