Tekst źródłowy strony Computational Approaches for Bio-marker Design: A three-levels learning workshop

Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe oraz Zakład Chemii Teoretycznej Politechniki Wrocławskiej mają przyjemność zaprosić Państwa do udziału w warsztatach pt. ''"Computational Approaches for Bio-marker Design: A three-levels learning workshop"''.

* '''Termin''': 23-27 czerwca 2014 
* '''Miejsce''': sala 201, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej, Wrocław ([http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS])
* '''Rejestracja uczestników szkolenia''': 23 czerwca 2014 godz. 9:00-9:30, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej
* '''Prowadzący''': doktorzy Arul Murugan oraz Xin Li z Królewskiego Instytutu Technologicznego w Sztokholmie
* '''Warunki uczestnictwa''': wcześniejsza rejestracja (pod adresem justyna.kozlowska at pwr.edu.pl)

== Tematyka ==
Warsztaty poświęcone będą zagadnieniom dotyczącym modelowania liniowych i nieliniowych właściwości optycznych cząsteczek.
Zaprezentowane zostaną zarówno podstawowe, jak i zaawansowane narzędzia chemii obliczeniowej pozwalające na badania właściwości strukturalnych i spektroskopowych molekuł. Omówione będą między innymi metody dynamiki molekularnej (Born-Oppenheimer MD, Car-Parrinello MD), jak również metody hybrydowe (QM/MM oraz TD-DFT/MM).

Szczegóły w załączonym [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:course.pdf programie]

== Informacje techniczne ==
* '''Do pełnego uczestnictwa w szkoleniu niezbędne będą własne komputery pozwalające na dostęp do sieci bezprzewodowej (która będzie zapewniona przez WCSS).'''
* Należy samodzielnie zainstalować program do łączenia / transferu danych (dla Linuksa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - np. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova. 
* W trakcie warsztatów wykorzystywany będzie program VMD.  W celu uzyskania do niego dostępu należy zarejestrować się na [http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?UserID=&AccessCode=&ArchiveID=1190 stronie producenta], zalogować się i przesłać zrzutu ekranu na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl .
* Szkolenie prowadzone będzie w języku angielskim.
* Organizatorzy nie zapewniają posiłków w trakcie przerw obiadowych.
* Wszelkie pytania w sprawie szkolenia prosimy kierować na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl lub dzwonić pod nr telefonu: 71 320 20 43.

== Harmonogram ==
Każdego dnia zajęcia odbywać się będą w następujących godzinach:
{| class="wikitable" style="width: 80%"
|- style="background-color:##EFEFEF;"
|-  align="center"
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" |  9:30 - 11:00
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" |  11:00 - 11:30
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" |  11:30 - 13:30
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" |  13:30 - 15:00
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" |  15:00 - 17:00
|-  align="center"
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120% " width="260px" | Wykład
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120% " width="260px" | Przerwa kawowa
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120% " width="260px" | Zajęcia praktyczne
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120% " width="260px"| Przerwa obiadowa
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%" width="260px" | Zajęcia z programowania
|}

'''Bloki tematyczne'''
* '''Poniedziałek (23.06.2014):''' The fundamental theories behind the computational methods
* '''Wtorek (24.06.2014):''' Computational approaches to understand atoms, molecules and materials
* '''Środa (25.06.2014):''' Nothing is in vacuum: Modeling condensed phase systems
* '''Czwartek (26.06.2014):''' Let there be light: Modeling the light-matter interaction
* '''Piątek (27.06.2014):''' Facing the reality: Theory for extended systems interacting with light

== Materiały ==
* '''Xin Li''' [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:XinLi-workshop-1.pdf część I]
* '''Xin Li''' [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:XinLi-workshop-2.pdf część II]


[[Kategoria:Szkolenia]]