Computational Approaches for Bio-marker Design: A three-levels learning workshop: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
(Utworzono nową stronę "Szanowni Państwo, poniżej znajdują się najważniejsze informacje organizacyjne dotyczące organizowanych przez WCSS warsztatów poświęconych modelowaniu liniowych...")
 
 
(Nie pokazano 36 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
−
Szanowni Państwo,
+
Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe oraz Zakład Chemii Teoretycznej Politechniki Wrocławskiej mają przyjemność zaprosić Państwa do udziału w warsztatach pt. ''"Computational Approaches for Bio-marker Design: A three-levels learning workshop"''.
−
 
 
−
poniżej znajdują się najważniejsze informacje organizacyjne dotyczące organizowanych przez WCSS warsztatów poświęconych modelowaniu liniowych i nieliniowych właściwości optycznych cząsteczek pt. "Computational Approaches for Bio-marker Design: A three-levels learning workshop".
 
  
 
* '''Termin''': 23-27 czerwca 2014  
 
* '''Termin''': 23-27 czerwca 2014  
 
* '''Miejsce''': sala 201, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej, Wrocław ([http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS])
 
* '''Miejsce''': sala 201, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej, Wrocław ([http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS])
−
* '''Rejestracja uczestników szkolenia''': 23 czerwca 2014 godz. 9:00-9:30, sala 201, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej
+
* '''Rejestracja uczestników szkolenia''': 23 czerwca 2014 godz. 9:00-9:30, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej
−
* '''Prowadzący''': Doktor Arul Murugan oraz Doktor Xin Li z Królewskiego Instytutu Technologicznego w Sztokholmie
+
* '''Prowadzący''': doktorzy Arul Murugan oraz Xin Li z Królewskiego Instytutu Technologicznego w Sztokholmie
 +
* '''Warunki uczestnictwa''': wcześniejsza rejestracja (pod adresem justyna.kozlowska at pwr.edu.pl)
 +
 
 +
== Tematyka ==
 +
Warsztaty poświęcone będą zagadnieniom dotyczącym modelowania liniowych i nieliniowych właściwości optycznych cząsteczek.
 +
Zaprezentowane zostaną zarówno podstawowe, jak i zaawansowane narzędzia chemii obliczeniowej pozwalające na badania właściwości strukturalnych i spektroskopowych molekuł. Omówione będą między innymi metody dynamiki molekularnej (Born-Oppenheimer MD, Car-Parrinello MD), jak również metody hybrydowe (QM/MM oraz TD-DFT/MM).
  
−
== Wymagania ==
+
Szczegóły w załączonym [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:course.pdf programie]
−
* Uczestnicy warsztatów powinni przynieść laptopy.
 
−
* Należy samodzielnie zainstalować VMD oraz program do łączenia / transferu danych (dla linuxa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - mp. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova. Wykładowcy udostępnią archiwum przykładów, które trzeba będzie pobrać i rozpakować (na razie nie jest dostępne).  
 
−
* W sali są sieci WiFi: EDUROAM, WCSS-GOSCIE i WCSS-GOSCIE-PSK.
 
  
−
== Program ramowy ==
+
== Informacje techniczne ==
−
Każdy dzień szkolenia składa się z następujących bloków:
+
* '''Do pełnego uczestnictwa w szkoleniu niezbędne będą własne komputery pozwalające na dostęp do sieci bezprzewodowej (która będzie zapewniona przez WCSS).'''
 +
* Należy samodzielnie zainstalować program do łączenia / transferu danych (dla Linuksa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - np. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova.
 +
* W trakcie warsztatów wykorzystywany będzie program VMD.  W celu uzyskania do niego dostępu należy zarejestrować się na [http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?UserID=&AccessCode=&ArchiveID=1190 stronie producenta], zalogować się i przesłać zrzutu ekranu na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl .
 +
* Szkolenie prowadzone będzie w języku angielskim.
 +
* Organizatorzy nie zapewniają posiłków w trakcie przerw obiadowych.
 +
* Wszelkie pytania w sprawie szkolenia prosimy kierować na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl lub dzwonić pod nr telefonu: 71 320 20 43.
  
−
  9:30 - 11:00 - Wykład
+
== Harmonogram ==
 +
Każdego dnia zajęcia odbywać się będą w następujących godzinach:
 +
{| class="wikitable" style="width: 80%"
 +
|- style="background-color:##EFEFEF;"
 +
|-  align="center"
 +
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" | 9:30 - 11:00
 +
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" |  11:00 - 11:30
 +
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" |  11:30 - 13:30
 +
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" |  13:30 - 15:00
 +
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" |  15:00 - 17:00
 +
|-  align="center"
 +
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120% " width="260px" | Wykład
 +
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120% " width="260px" | Przerwa kawowa
 +
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120% " width="260px" | Zajęcia praktyczne
 +
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120% " width="260px"| Przerwa obiadowa
 +
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%" width="260px" | Zajęcia z programowania
 +
|}
  
−
11:00 - 11:30 - Przerwa kawowa
+
'''Bloki tematyczne'''
 +
* '''Poniedziałek (23.06.2014):''' The fundamental theories behind the computational methods
 +
* '''Wtorek (24.06.2014):''' Computational approaches to understand atoms, molecules and materials
 +
* '''Środa (25.06.2014):''' Nothing is in vacuum: Modeling condensed phase systems
 +
* '''Czwartek (26.06.2014):''' Let there be light: Modeling the light-matter interaction
 +
* '''Piątek (27.06.2014):''' Facing the reality: Theory for extended systems interacting with light
  
−
11:30 - 13:30 - Zajęcia praktyczne
+
== Materiały ==
 +
* '''Xin Li''' [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:XinLi-workshop-1.pdf część I]
 +
* '''Xin Li''' [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:XinLi-workshop-2.pdf część II]
  
−
13:30 - 15:00 - Przerwa obiadowa
 
  
−
15:00 - 17:00 - Zajęcia z programowania
+
[[Kategoria:Szkolenia]]

Aktualna wersja na dzień 10:38, 26 cze 2014

Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe oraz Zakład Chemii Teoretycznej Politechniki Wrocławskiej mają przyjemność zaprosić Państwa do udziału w warsztatach pt. "Computational Approaches for Bio-marker Design: A three-levels learning workshop".

  • Termin: 23-27 czerwca 2014
  • Miejsce: sala 201, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej, Wrocław (Położenie WCSS)
  • Rejestracja uczestników szkolenia: 23 czerwca 2014 godz. 9:00-9:30, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej
  • Prowadzący: doktorzy Arul Murugan oraz Xin Li z Królewskiego Instytutu Technologicznego w Sztokholmie
  • Warunki uczestnictwa: wcześniejsza rejestracja (pod adresem justyna.kozlowska at pwr.edu.pl)

Tematyka

Warsztaty poświęcone będą zagadnieniom dotyczącym modelowania liniowych i nieliniowych właściwości optycznych cząsteczek. Zaprezentowane zostaną zarówno podstawowe, jak i zaawansowane narzędzia chemii obliczeniowej pozwalające na badania właściwości strukturalnych i spektroskopowych molekuł. Omówione będą między innymi metody dynamiki molekularnej (Born-Oppenheimer MD, Car-Parrinello MD), jak również metody hybrydowe (QM/MM oraz TD-DFT/MM).

Szczegóły w załączonym programie

Informacje techniczne

  • Do pełnego uczestnictwa w szkoleniu niezbędne będą własne komputery pozwalające na dostęp do sieci bezprzewodowej (która będzie zapewniona przez WCSS).
  • Należy samodzielnie zainstalować program do łączenia / transferu danych (dla Linuksa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - np. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova.
  • W trakcie warsztatów wykorzystywany będzie program VMD. W celu uzyskania do niego dostępu należy zarejestrować się na stronie producenta, zalogować się i przesłać zrzutu ekranu na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl .
  • Szkolenie prowadzone będzie w języku angielskim.
  • Organizatorzy nie zapewniają posiłków w trakcie przerw obiadowych.
  • Wszelkie pytania w sprawie szkolenia prosimy kierować na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl lub dzwonić pod nr telefonu: 71 320 20 43.

Harmonogram

Każdego dnia zajęcia odbywać się będą w następujących godzinach:

9:30 - 11:00 11:00 - 11:30 11:30 - 13:30 13:30 - 15:00 15:00 - 17:00
Wykład Przerwa kawowa Zajęcia praktyczne Przerwa obiadowa Zajęcia z programowania

Bloki tematyczne

  • Poniedziałek (23.06.2014): The fundamental theories behind the computational methods
  • Wtorek (24.06.2014): Computational approaches to understand atoms, molecules and materials
  • Środa (25.06.2014): Nothing is in vacuum: Modeling condensed phase systems
  • Czwartek (26.06.2014): Let there be light: Modeling the light-matter interaction
  • Piątek (27.06.2014): Facing the reality: Theory for extended systems interacting with light

Materiały

Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Computational_Approaches_for_Bio-marker_Design:_A_three-levels_learning_workshop&oldid=4731”