DIRAC: Różnice pomiędzy wersjami

Aktualna wersja na dzień 12:04, 27 paź 2020

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < DIRAC

DIRAC
DIRAC
Serwer	Wersja
Bem	19.0 18.0 17.0 16.0
Kontakt
kdm@wcss.pl

DIRAC - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.

Pełna nazwa to „Program for Atomic and Molecular Direct Iterative Relativistic All-electron Calculations”, w skrócie PAM DIRAC.

Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Licencja

Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej.

Aby pobrać źródła i otrzymać licencję dla wersji 17.0/16.0 wymagana była rejestracja na stronie diracprogram.org.

Licencja przyznana dla WCSS:

No. of users: more than 20
Licence type: Site
Program use: Academic

Dla wersji 18.0, 19.0 nie jest to wymagane.

Korzystanie w WCSS

DIRAC dostępny jest na klastrze Bem w katalogu /usr/local/dirac/ w wersjach:

16.0 (wersja równoległa)
17.0 (wersja szeregowa)
18.0 (wersja równoległa)
19.0 (wersja szeregowa)

Środowisko

Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie:

> module load dirac/wybrana_wersja

Jak korzystać

Przykładowe polecenie w zadaniu interaktywnym:

> pam --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz

gdzie:

--inp=INP_FILE      Dirac input file containing the job directives [*.inp]
--mol=MOL_FILE      file containing the basis set and geometry
--noarch            do not create a tgz archive [default: create it]

Lista dostępnych opcji:

> pam-dirac --help

Przykładowy skrypt PBS

#!/bin/bash
#PBS -q main
#PBS -l walltime=1:00:00
#PBS -l select=4:ncpus=2:mem=2048MB
#PBS -l software=DIRAC_18
#PBS -m be
#PBS -N HF_HI

module load dirac/18.0-gcc7.4.0
export DIRAC_TMPDIR=$TMPDIR
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 4 pam --inp=HF.inp --mol=HI_sorep.mol >& $PBS_JOBNAME.$PBS_JOBID.txt

Po wykonaniu polecenia qsub ./skrypt.sh wyniki będą w katalogu, z którego zostało wysłane zadanie, w tym konkretnym przypadku pod nazwami:

HF_HI_sorep.out
HF_HI_sorep.tgz
HF_HI...achilles.txt

Zobacz też: jak korzystać z kolejek PBS.

Dokumentacja

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

Na górę strony

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
 <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < DIRAC</small>
-{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja='''18.0'''|wersja2=17.0|wersja3=16.0}}
+{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja=19.0|wersja2='''18.0'''|wersja3=17.0|wersja4=16.0}}
 '''DIRAC''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.
@@ Linia 7: / Linia 7: @@
 Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM&nbsp;DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.
+=== Informacje o wykorzystaniu ===
+{{Podziękowanie_WCSS}}
 == Licencja ==
@@ Linia 18: / Linia 21: @@
 * '''Program use''': Academic
-Dla wersji '''18.0''' nie jest to wymagane.
+Dla wersji '''18.0''', '''19.0''' nie jest to wymagane.
 == Korzystanie w WCSS ==
@@ Linia 25: / Linia 28: @@
 * 17.0 (wersja szeregowa)
 * 18.0 (wersja równoległa)
+* 19.0 (wersja szeregowa)
 === Środowisko  ===
 Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie:
@@ Linia 63: / Linia 68: @@
 '''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]].
-'''Link''' do [[#Tutorial_dla_pocz.C4.85tkuj.C4.85cych|tutorialu]] znajdziesz w sekcji [[#Dokumentacja|dokumentacja]].
 == Dokumentacja ==
-<font color="gray">Linki zewnętrzne:</font>
-=== Tutorial dla początkujących ===
-* [http://www.diracprogram.org/doc/release-18/#tutorials-and-walkthrus Tutorial DIRAC]
-=== Forum użytkowników PAM DIRAC ===
-* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Google Groups]
-=== Więcej informacji ===
 * [http://www.diracprogram.org/ Strona domowa projektu]
+* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Forum użytkowników PAM DIRAC]
+* [http://www.diracprogram.org/doc/release-19/#tutorials-and-walkthrus Tutorial dla początkujących]
 {{oprogramowanie}}