Discovery Studio: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 29 wersji utworzonych przez 5 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
−
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Biovia]] < Discovery Studio</small>
−
{{aplikacja|nazwa=Discovery Studio|serwery=Do samodzielnej instalacji}}
+
{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Discovery Studio |serwer=[[Klaster kampusowy]] |wersja=4.0 |serwer2=Do samodzielnej instalacji |wersja24=3.5 |wersja23=4.0 |wersja22=4.1 |wersja21=2017R2|kontakt=}}
−
'''Discovery Studio''' - oprogramowanie firmy [[Accelrys]].
+
'''Discovery Studio''' - oprogramowanie firmy [[Biovia]] (dawniej Accelrys). Pakiet jest wykorzystywany do obliczeń w dziedzinach takich jak: chemia, biologia oraz innych naukach zaangażowanych w badanie małych cząstek, takich jak bioterapeutyki. Discovery Studio to pełne środowisko do modelowania i symulowania takich cząstek, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem DS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer).
  
−
=== Licencja ===
+
== Licencja ==
−
WCSS uczestniczy w [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1112 licencji krajowej 2011/2012] koordynowanej przez ICM. Pakiet zawiera moduły:
+
WCSS uczestniczy w licencji krajowej 2015/2016 koordynowanej przez ICM, w ramach której dostępne są wszystkie moduły pakietu Discovery Studio (zobacz: [[Biovia]]).
−
{|
 
−
|-valign="top"
 
−
|
 
−
* DS ADMET
 
−
* DS TOPKAT
 
−
* DS QSAR+ Bundle
 
−
* DS Library Design
 
−
* DS NNet Component
 
−
* DS Catalyst DB Build
 
−
* DS Catalyst DB Search
 
−
* DS Catalyst Hypothesis
 
−
* DS Catalyst SBP
 
−
* DS Catalyst Score
 
−
* DS Catalyst Shape
 
−
* DS De Novo Ligand Builder
 
−
* DS Catalyst Conformation
 
−
|
 
−
* DS CFF
 
−
* DS De Novo Evolution
 
−
* DS Flexible Docking
 
−
* DS LibDock
 
−
* DS LigandFit
 
−
* DS LigandScore
 
−
* DS Ludi
 
−
* DS Analysis
 
−
* DS Biopolymer
 
−
* DS CHARMm
 
−
* DS Protein Refine
 
−
* DS MODELER
 
−
* DS Protein Families
 
−
|
 
−
* DS Protein Health
 
−
* DS Sequence Analysis
 
−
* DS Standalone
 
−
* DS Client
 
−
* DS Vamp Descriptors Component
 
−
* DS DMOL3 Descriptors Component
 
−
* DS MMFF
 
−
* DS DMOL3 Molecular
 
−
* DS Quantum
 
−
* DS Protein Docking
 
−
* DS MCSS
 
−
|}
 
  
−
=== Uruchamianie aplikacji ===
+
=== Informacja o wykorzystaniu ===
−
Użytkownicy KDM mają możliwość zainstalowania i korzystania z pakietu na swoim komputerze. Aby uzyskać dostęp do oprogramowania i do licencji należy przesłać adres IP swojego komputera i aktualne dane kontaktowe pod adres admin @ kdm.wcss.wroc.pl. Dla laptopa można podać dwa adresy IP - w pracy i w domu.  
+
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).
  
−
=== Dokumentacja ===
+
{{Podziękowanie_WCSS}}
−
*[http://accelrys.com/products/discovery-studio/ Strona pakietu w serwisie Accelrys]
 
  
 +
== Uruchamianie aplikacji ==
 +
Użytkownik może korzystać z DS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.
  
−
{{accelrys}}
+
Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.
 +
 
 +
Pliki instalacyjne aplikacji można pobrać z [[Serwer_FTP|serwera FTP]].
 +
 
 +
Środowisko graficzne Discovery Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.
 +
 
 +
Klient Discovery Studio pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.
 +
 
 +
Aby wykonywać obliczenia na zdalnym serwerze obliczeniowym po zainstalowaniu oprogramowania należy:
 +
* skonfigurować w systemie [[Korzystanie z VPN|połączenie VPN]]. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją i powinno ono pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.
 +
* uruchomić klienta DS i w prawym dolnym rogu okna kliknąć pole Server,
 +
* w okienku Change Server wpisać nazwę serwera: '''biovia-ds.kdm.wcss.pl'''
 +
* po zatwierdzeniu należy zalogować się używając loginu i hasła do konta WCSS.
 +
 
 +
== Dokumentacja ==
 +
* [http://accelrys.com/products/discovery-studio/ Strona pakietu w serwisie Biovia]
 +
* [http://accelrys.com/events/webinars/discovery-studio-31/ Webinaria z DS]
 +
* '''Tutorials''' - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu Biovia i zalogowania się na to konto.
 +
 
 +
 
 +
{{biovia}}
 
{{oprogramowanie}}
 
{{oprogramowanie}}
  
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Aktualna wersja na dzień 13:39, 28 kwi 2017

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Biovia < Discovery Studio

Discovery Studio
Biovia-logo.png
Serwer Wersja
Klaster kampusowy 4.0
Do samodzielnej instalacji 2017R2
4.1
4.0
3.5
Kontakt
kdm@wcss.pl

Discovery Studio - oprogramowanie firmy Biovia (dawniej Accelrys). Pakiet jest wykorzystywany do obliczeń w dziedzinach takich jak: chemia, biologia oraz innych naukach zaangażowanych w badanie małych cząstek, takich jak bioterapeutyki. Discovery Studio to pełne środowisko do modelowania i symulowania takich cząstek, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem DS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer).

Licencja

WCSS uczestniczy w licencji krajowej 2015/2016 koordynowanej przez ICM, w ramach której dostępne są wszystkie moduły pakietu Discovery Studio (zobacz: Biovia).

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Uruchamianie aplikacji

Użytkownik może korzystać z DS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

Pliki instalacyjne aplikacji można pobrać z serwera FTP.

Środowisko graficzne Discovery Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Klient Discovery Studio pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.

Aby wykonywać obliczenia na zdalnym serwerze obliczeniowym po zainstalowaniu oprogramowania należy:

  • skonfigurować w systemie połączenie VPN. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją i powinno ono pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.
  • uruchomić klienta DS i w prawym dolnym rogu okna kliknąć pole Server,
  • w okienku Change Server wpisać nazwę serwera: biovia-ds.kdm.wcss.pl
  • po zatwierdzeniu należy zalogować się używając loginu i hasła do konta WCSS.

Dokumentacja

  • Strona pakietu w serwisie Biovia
  • Webinaria z DS
  • Tutorials - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu Biovia i zalogowania się na to konto.


Oprogramowanie
naukowe 		Biovia Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]
Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Discovery_Studio&oldid=5702”