Discovery Studio: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
m (Instalacja na swoim komputerze)
m (Instalacja na swoim komputerze)
Linia 56: Linia 56:
 
== Uruchamianie aplikacji ==
 
== Uruchamianie aplikacji ==
 
=== Instalacja na swoim komputerze ===
 
=== Instalacja na swoim komputerze ===
Użytkownicy KDM mają możliwość zainstalowania i korzystania z pakietu na swoim komputerze. Aby uzyskać dostęp do licencji i wersji instalacyjnej oprogramowania należy [[Jak zostać użytkownikiem KDM|zarejestrować się jako użytkownik KDM WCSS]] i przesłać informację o zapotrzebowaniu na dostęp do plików instalacyjnych na adres kdm @ wcss.pl.
+
Użytkownicy KDM mają możliwość zainstalowania i korzystania z pakietu na swoim komputerze. Aby uzyskać dostęp do licencji i wersji instalacyjnej oprogramowania należy [[Jak zostać użytkownikiem KDM|zarejestrować się jako użytkownik KDM WCSS]] i przesłać informację o zapotrzebowaniu na dostęp do plików instalacyjnych na adres kdm @ wcss.pl.
 +
 
 +
Korzystanie z aplikacji wymaga aktywnego połączenia z VPN w WCSS (zobacz: [[korzystanie z VPN]]).
  
 
=== Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3 ===
 
=== Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3 ===

Wersja z 13:09, 30 wrz 2014

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Discovery Studio

Discovery Studio
Accelrys logo.gif
Serwer Wersja
Klaster kampusowy 3.5
Do samodzielnej instalacji 3.5
Kontakt
kdm@wcss.pl

Discovery Studio - oprogramowanie firmy Accelrys. Pakiet jest wykorzystywany do obliczeń w dziedzinach takich jak: chemia, biologia oraz innych naukach zaangażowanych w badanie małych cząstek, takich jak bioterapeutyki. Program umożliwia modelowanie i symulowanie takich cząstek.

Licencja

WCSS uczestniczy w licencji krajowej 2012/2013 koordynowanej przez ICM (zobacz: Accelrys). Pakiet zawiera moduły:

  • DS ADMET
  • DS TOPKAT
  • DS QSAR+ Bundle
  • DS Library Design
  • DS NNet Component
  • DS Catalyst DB Build
  • DS Catalyst DB Search
  • DS Catalyst Hypothesis
  • DS Catalyst SBP
  • DS Catalyst Score
  • DS Catalyst Shape
  • DS De Novo Ligand Builder
  • DS Catalyst Conformation
  • DS CFF
  • DS De Novo Evolution
  • DS Flexible Docking
  • DS LibDock
  • DS LigandFit
  • DS LigandScore
  • DS Ludi
  • DS Analysis
  • DS Biopolymer
  • DS CHARMm
  • DS Protein Refine
  • DS MODELER
  • DS Protein Families
  • DS Protein Health
  • DS Sequence Analysis
  • DS Standalone
  • DS Client
  • DS Vamp Descriptors Component
  • DS DMOL3 Descriptors Component
  • DS MMFF
  • DS DMOL3 Molecular
  • DS Quantum
  • DS Protein Docking
  • DS MCSS

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Uruchamianie aplikacji

Instalacja na swoim komputerze

Użytkownicy KDM mają możliwość zainstalowania i korzystania z pakietu na swoim komputerze. Aby uzyskać dostęp do licencji i wersji instalacyjnej oprogramowania należy zarejestrować się jako użytkownik KDM WCSS i przesłać informację o zapotrzebowaniu na dostęp do plików instalacyjnych na adres kdm @ wcss.pl.

Korzystanie z aplikacji wymaga aktywnego połączenia z VPN w WCSS (zobacz: korzystanie z VPN).

Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3

Na infrastrukturze PLATON-U3 (klaster kampusowy) dostępna jest pełna instalacja Discovery Studio (środowisko PP, klient DS, serwer DS) oraz dodatkowe biblioteki: PDB, Swiss-Pro, UniRef90 i NRDB. W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Discovery Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia.

Sposób zakładania rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie infrastruktury PLATON U3.

Dokumentacja

  • Strona pakietu w serwisie Accelrys
  • Webinaria z DS
  • Tutorials - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu Accelrysa i zalogowania się na to konto.