Discovery Studio: Różnice pomiędzy wersjami

Wersja z 11:34, 28 kwi 2017

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Biovia < Discovery Studio

!	Z dniem 30 września 2014* zmienił się serwer licencji krajowej. Nowy serwer dostępny jest pod adresem: licenses2.icm.edu.pl.*

!	Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz korzystanie z VPN). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.

Discovery Studio

Serwer	Wersja
Klaster kampusowy	4.0
Do samodzielnej instalacji	4.1 4.0 3.5
Kontakt
kdm@wcss.pl

Discovery Studio - oprogramowanie firmy Biovia (dawniej Accelrys). Pakiet jest wykorzystywany do obliczeń w dziedzinach takich jak: chemia, biologia oraz innych naukach zaangażowanych w badanie małych cząstek, takich jak bioterapeutyki. Discovery Studio to pełne środowisko do modelowania i symulowania takich cząstek, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem DS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer).

Licencja

WCSS uczestniczy w licencji krajowej 2015/2016 koordynowanej przez ICM, w ramach której dostępne są wszystkie moduły pakietu Discovery Studio (zobacz: Biovia).

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Uruchamianie aplikacji

Użytkownik może korzystać z DS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

Pliki instalacyjne aplikacji można pobrać z serwera FTP.

Środowisko graficzne Discovery Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Klient Discovery Studio pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.

Aby wykonywać obliczenia na zdalnym serwerze obliczeniowym po zainstalowaniu oprogramowania należy:

skonfigurować w systemie połączenie VPN. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją i powinno ono pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.
skonfigurować w kliencie połączenie ze zdalnym serwerem

Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3

Na infrastrukturze PLATON-U3 (klaster kampusowy) dostępna jest pełna instalacja Discovery Studio (środowisko PP, klient DS, serwer DS) oraz dodatkowe biblioteki: PDB, Swiss-Pro, UniRef90 i NRDB. W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Discovery Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia.

Sposób zakładania rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie infrastruktury PLATON U3.

Dokumentacja

Strona pakietu w serwisie Biovia
Webinaria z DS
Tutorials - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu Biovia i zalogowania się na to konto.

Oprogramowanie naukowe	Biovia	Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
 <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Biovia]] < Discovery Studio</small>
+{{uwaga2|Z dniem '''30 września 2014''' zmienił się serwer licencji krajowej. Nowy serwer dostępny jest pod adresem: '''licenses2.icm.edu.pl'''.}}
+{{uwaga2|Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz [[korzystanie z VPN]]). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.}}
 {{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Discovery Studio |serwer=[[Klaster kampusowy]] |wersja=4.0 |serwer2=Do samodzielnej instalacji |wersja23=3.5 |wersja22=4.0 |wersja21=4.1 |kontakt=}}
-'''Discovery Studio''' - oprogramowanie firmy [[Biovia]] (d. Accelrys). Pakiet jest wykorzystywany do obliczeń w dziedzinach takich jak: chemia, biologia oraz innych naukach zaangażowanych w badanie małych cząstek, takich jak bioterapeutyki. Program umożliwia modelowanie i symulowanie takich cząstek.
+'''Discovery Studio''' - oprogramowanie firmy [[Biovia]] (dawniej Accelrys). Pakiet jest wykorzystywany do obliczeń w dziedzinach takich jak: chemia, biologia oraz innych naukach zaangażowanych w badanie małych cząstek, takich jak bioterapeutyki. Discovery Studio to pełne środowisko do modelowania i symulowania takich cząstek, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem DS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer).
 == Licencja ==
@@ Linia 12: / Linia 14: @@
 == Uruchamianie aplikacji ==
-=== Instalacja na swoim komputerze ===
+Użytkownik może korzystać z DS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.
-Użytkownicy KDM mają możliwość zainstalowania i korzystania z pakietu na swoim komputerze. Aby uzyskać dostęp do licencji i wersji instalacyjnej oprogramowania należy [[Jak zostać użytkownikiem KDM|zarejestrować się jako użytkownik KDM WCSS]] i przesłać informację o zapotrzebowaniu na dostęp do plików instalacyjnych na adres kdm @ wcss.pl.
-Korzystanie z aplikacji wymaga aktywnego połączenia z VPN w WCSS (zobacz: [[korzystanie z VPN]]).
+Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.
+Pliki instalacyjne aplikacji można pobrać z [[Serwer_FTP|serwera FTP]].
+Środowisko graficzne Discovery Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.
+Klient Discovery Studio pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.
+Aby wykonywać obliczenia na zdalnym serwerze obliczeniowym po zainstalowaniu oprogramowania należy:
+* skonfigurować w systemie [[Korzystanie z VPN|połączenie VPN]]. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją i powinno ono pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.
+* skonfigurować w kliencie połączenie ze zdalnym serwerem
 === Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3 ===