GAMESS

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < GAMESS

GAMESS
Gamess.png
Serwer Wersja
Supernova 2007.03.24-R6
2009.01.12-R1
2010.10.01-R1
Kontakt
kdm@wcss.pl

GAMESS (ang. The General Atomic and Molecular Electronic Structure System) jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.

Informacje ogólne

Niektóre z możliwości programu to:

  • wyznaczanie funkcji falowych metodami SCF wielu typów (RHF, UHF, ROHF, GVB, MCSCF) oraz poprawki korelacyjne (CI, PT2, CC, DFT) dla niektórych z nich
  • wyznaczanie gradientów analitycznych dla optymalizacji geometrii, poszukiwania stanów pzejściowych oraz dróg reakcji
  • wyznaczanie hessianu energii w celu przewidywania częstości drgań i własności termochemicznych
  • wyznaczanie wielu własności molekularnych, od momentów dipolowych po hiperpolaryzowalności
  • szeroki wachlarz baz funkcyjnych obejmuje atomy aż do radonu, bazy można także wczytywać z zewnątrz.

Wraz z pakietem udostępnianych jest kilka programów graficznych pozwalających obejrzeć rezultaty obliczeń. Wiele obliczeń może być realizowanych z użyciem technik bezpośrednich jak również równolegle na odpowiedniej platformie sprzętowej. Poniższa tabela zawiera zestawienie możliwości GAMESS-a.

Zestawienie możliwości pakietu GAMESS
Typ SCF= RHF ROHF UHf GVB MCSCF
energia CDP CDP CDP CDP CDP
gradienty analityczne CDP CDP CDP CDP CDP
numeryczny Hessian CDP CDP CDP CDP CDP
analityczny Hessian CDP CDP - CDP -
energia CI CDP CDP - CDP CDP
gradient CI CD - - - -
energia MP2 CDP CDP CDP - CP
gradient MP2 CDP - CD - -
energia CC CD - - - -
energia DFT CDP CDP CDP - -
gradient DFT CDP CDP CDP - -
energia MOPAC tak tak tak tak -
gradient MOPAC tak tak tak - -

Legenda:

C = konwencjonalne przechowywanie całek na dysku (ang. Conventional storage)

D = bezpośrednie obliczanie całek AO (ang. Direct evaluation)

P = możliwe wykonanie rówoległe (ang. Parallel execution)

GAMESS w WCSS

Pakiet GAMESS jest dostępny na klastrze Supernova. Wersje: 2007.03.24-R6, 2009.01.12-R1, 2010.10.01-R1.

Wstawianie zadań do kolejki
sub-gamess plik.inp [kolejka] [liczba-procesorow]

Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu głównym konta użytkownika.

GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym.

Dokumentacja

Dokumentacja znajduje się w podkatalogach /usr/local/gamess-WERSJA/doc/ na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS:

  • INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu
  • INPUT.DOC - dokładny opis struktury pliku wejściowego
  • TESTS.DOC - przykładowe pliki wejściowe
  • REFS.DOC - odnośniki i sposoby użycia programu
  • PROG.DOC - kompilacja, struktura programu i lista plików
  • IRON.DOC - informacje specyficzne dla typu maszyny

GAMESS w sieci

Zobacz też