Gromacs: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
 
{{aplikacja|nazwa=Gromacs|logo=[[Plik:Gromacs.jpg|120px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=4.5.3 (single, double, seq, MPI)|wersja2=4.5.5 (single, seq, MPI)}}
 
{{aplikacja|nazwa=Gromacs|logo=[[Plik:Gromacs.jpg|120px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=4.5.3 (single, double, seq, MPI)|wersja2=4.5.5 (single, seq, MPI)}}
'''Gromacs''' - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy), ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.
+
'''Gromacs''' (GROningen MAchine for Chemical Simulations)  - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy), ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.
  
 
== Licencja ==
 
== Licencja ==

Wersja z 07:18, 11 lip 2014

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Gromacs
Gromacs.jpg
Serwer Wersja
Supernova 4.5.3 (single, double, seq, MPI)
4.5.5 (single, seq, MPI)
Kontakt
kdm@wcss.pl

Gromacs (GROningen MAchine for Chemical Simulations) - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy), ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.

Licencja

Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.


Gromacs w WCSS

Gromacs umożliwia obliczenia równoległe przy użyciu standardowych bibliotek MPI.

Na klastrze Supernova dostępny jest

  • Gromacs 4.5.3
    • skompilowany kompilatorami Intela w wersji sekwencyjnej i równoległej z wykorzystaniem trybu float i double. Wszystkie wersje równoległe korzystają z bibliotek MPI (MVAPICH2) i sieci InfiniBand.
    • Programy znajdują się w katalogach (odpowiednio do wersji):
/usr/local/gromacs/4.5.3-double/     - wersja sekwencyjna podwójnej precyzji
/usr/local/gromacs/4.5.3-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji
/usr/local/gromacs/4.5.3-single/     - wersja sekwencyjna pojedynczej precyzji
/usr/local/gromacs/4.5.3-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji
  • Gromacs 4.5.5
    • skompilowany kompilatorami Intela w wersji sekwencyjnej i równoległej z wykorzystaniem trybu float. Wersja równoległa korzysta z bibliotek MPI (MVAPICH2) i sieci InfiniBand.
    • Programy znajdują się w katalogu:
/usr/local/gromacs/4.5.5-single/

Środowisko aplikacji

Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów.

Załadowanie modułu w powłoce:

> module load gromacs

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do poleceń grompp i mdrun domyślnej (najnowszej) wersji pakietu Gromacs.

Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z jednego z poleceń:

> module load gromacs/4.5.3-s
> module load gromacs/4.5.3-d
> module load gromacs/4.5.5-s

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu PBS. Można w tym celu skorzystać z gotowego skryptu lub napisać własny. Aby skorzystać z gotowego skryptu wystarczy wywołać polecenie:

> sub-gromacs plik.tpr [kolejka] [parametry]

Gdzie:

  • Polecenie uruchamia najnowszą dostępną wersję programu.
  • plik.tpr - plik z danymi wejściowymi
  • Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne.
    • -q kolejka (domyślnie parallel)
    • -n liczba_rdzeni (domyślnie 4)
    • -m ilosc_pamieci_na_rdzen_w_MB (domyślnie 1800)
    • -i "plik1 plik2 ..." (lista plików potrzebnych do obliczeń - w cudzysłowach)
    • -c plik_checkpoint (dodaje do wywołania mdrun opcję -cpi plik_checkpoint, plik checkpointu nie powinien być podany za -i)

Starsze wersje programu, jeśli są wspierane dostępne są przez przez skrypt z oznaczeniem wersji, np:

> sub-gromacs4.5.3 plik_wejsciowy.tpr [kolejka] [liczba_cpu] [pamiec_per_cpu_w_MB]

Gdzie:

  • Polecenie uruchamia wersję 4.5.3 programu.
  • plik_wejsciowy.tpr - plik z danymi wejściowymi
  • Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne.
  • Domyślne wartości:
    • kolejka = parallel
    • liczba_cpu = 4
    • pamiec_per_cpu_w_MB = 1800
Uwaga
Od wersji 4.5 Gromacs zrównolegla domyślnie obliczenia także na poziomie wątków. Liczbę wątków można ustalić opcją "-nt <liczba wątków>". Aby wyłączyć wątkowanie należy w wywołaniu programu dodać opcję "-nt 1". Jeżeli wątkowanie jest włączone (domyślnie jest) program próbuje automatycznie podzielić domenę problemu na tyle porcji ile uruchamia wątków - jeżeli mu się to nie uda, program jest przerywany i zadanie kończy się komunikatem:
-------------------------------------------------------
Fatal error:
Domain decomposition does not support simple neighbor searching, use grid searching or use particle decomposition
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

Dokumentacja

Zobacz też: Oprogramowanie KDM