Kompilacja aplikacji równoległych

< Podręcznik użytkownika KDM < Kompilacja aplikacji równoległych

Znakomita większość oprogramowania na klastrze zainstalowana jest tak, aby korzystała z któregoś z protokołów wymiany informacji między procesami (mpi, OpenMP, PVM). Podczas kompilacji rónoległych aplikacji należy odnieść się, odpowiednio konfigurując srodowisko systemowe, do bibliotek wspomnianych wyżej protokołów.

Odpowiednie ustawienie środowiska pracy polega na:

• załadowaniu modułu dla wybranego kompilatora np.

module load intel/12.0 
intel/12.0 load complete

• załadowaniu odpowiednich bibiliotek mpi-owych np.

 module load mvapich2/1.5.1p1
 mvapich2/1.5.1p1 load complete
Należy pamiętać, aby biblioteki mpi-owe zostały zbudowane wersją kompilatora, na kŧórą wskazują
 zmienne środowiskowe.

• załadowabnie innych bibliotek wymaganych przez kompilowaną aplikację, na przykład matematycznych:

module load mkl/12.0.1.107
mkl/12.0.1.107 load complete

Proces kompilacji

Najłatwiej skorzystać z wrapera. Wraper to skrypt, który odwołuje się do właściewego kompilatora i ustawia za użytkownika odpowiednie opcje. Opcje związane są m.in. ze sposobem linkowania współdzielonych_bibliotek(shared objects) mpi-owych.

Pakiet kompilatorów zainstalowanych na klastrze "intel" zawiera nastepujące elementy:

• kompilator C - icc
• kompilator C++ - icpc
• kompilator FORTRAN77 - ifort
• kompilator FORTRAN90 - ifort

Sprzężone z nimi w wrapery to:

• kompilator C - mpicc
• kompilator C++ - mpicxx
• kompilator FORTRAN77 - mpif77
• kompilator FORTRAN90 - mpif90

Nazwy kompilatorów w pakiecie Intel Composer XE 2011 i odpowiadających im wraperom z mpvapich2-1.5.1b dostępnych na klastrze Nova.

nazwa kompilatora	symbol kompilatora	nazwa wrapera
kompilator C	icc	mpicc
kompilator C++	icpc	mpicxx
kompilator FORTRAN77	ifort	mpif77
kompilator FORTRAN90	ifort90	mpif90