Korzystanie z modułów

< Podręcznik użytkownika KDM < Korzystanie z modułów

Moduły

Moduł - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach PATH oraz LD_LIBRARY_PATH, lecz także te, które są związane z aplikacjami działającymi na klastrze. Każda wersja zainstalowanej na klastrze aplikacji lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie nazwa_aplikacji/wersja, np

skrypt npisany w TCL-u służący do konfiguracji środowiska aplikacyjnego. Najczęście podmienia wpisy w zmienej PATH i ścieżki do bibliotek współdzielonych w zmiennej LD_LIBRARY_PATH oraz zmienne środowiskowe specyficzne dla aplikacji (ustawia ścieżkę do scratch-a, do katalogu domowego aplikacji itd.). Każda wersja zainstalowanej na klastrze aplikacji posiada własny moduł.

Wywołanie modułów

W katalogu /usr/local/Modules/3.2.7/init/ znajdują się skrypty wywołujące moduły zależne od rodzaju powłok. Na klastrze Supernova domyślną powłoką jest bash, więc

. /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash

uruchamia środowisko, w którym można korzystać z modułów.

Polecenie:

• module avail - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania

---------- /usr/local/Modules/versions ------
3.2.7
---------- /usr/local/Modules/3.2.7/modulefiles --------
cpmd/3.13.2              gaussian/g09.A.02        module-cvs               mvapich2/intel/1.0.3
cpmd/current             gaussian/g09.B.01        module-info              mvapich2/intel/1.5
dalton/2.0               gcc/4.5.1                modules                  mvapich2/intel/current
dalton/current           gromacs/4.0.7-d          molpro/2006.1            namd/2.7b1
dot                      gromacs/4.0.7-s          molpro/2009.1            null
fluent/12.1              gromacs/4.5.1-d          molpro/current           nwchem/5.1
fluent/current           gromacs/4.5.1-s          mpich2                   nwchem/current
gamess/2007.R6           gromacs/current          mvapich                  pgi/11.5
gamess/2009.R1           intel/10.1               mvapich2/current/1.0.3   pgi/current
gamess/2010.10.01-R1     intel/11.1               mvapich2/current/1.5     turbomole/6.0.2
gamess/current           intel/current            mvapich2/current/current turbomole/6.0.3
gaussian/current         matlab/R2010b_pwr        mvapich2/gcc/1.0.3       turbomole/current
gaussian/g03.D.01        mkl/10.0.1.014           mvapich2/gcc/1.5         use.own
gaussian/g03.E.01        mkl/10.1.1.019           mvapich2/gcc/current

• module load [nazwa_modułu] - ładuje moduł [nazwa_modułu]

$ module load intel/11.1
 intel/11.1 load complete.

• module list - wyświetla załadowane moduły

$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) dot              2) intel/11.1       

• module rm [nazwa_modułu] - usuwa załadowany moduł

$ module rm dot
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) intel/11.1       

• module purge - usuwa wszystkie moduły