LAMMPS: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS</small> | ||
| − | {{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=LAMMPS 20140201}} | + | {{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=LAMMPS 20141209|wersja2=LAMMPS 20140201}} |
'''LAMMPS''' (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej. | '''LAMMPS''' (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej. | ||
| Linia 10: | Linia 10: | ||
== LAMMPS w WCSS == | == LAMMPS w WCSS == | ||
==== Wstawianie zadań do kolejki ==== | ==== Wstawianie zadań do kolejki ==== | ||
| − | Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z | + | Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów: |
| − | > '''sub- | + | '''sub-lammps''' (uruchamia wersję 20140201) |
| + | |||
| + | > sub-lammps in.plik kolejka liczba_węzłów liczba_rdzeni pamięć_w_MB | ||
| + | |||
| + | '''sub-lammps20141209''' (uruchamia wersję 20141209) | ||
| + | |||
| + | > sub-lammps20141209 in.plik kolejka liczba_węzłów liczba_rdzeni pamięć_w_MB | ||
=== Praca w trybie interaktywnym === | === Praca w trybie interaktywnym === | ||
| Linia 18: | Linia 24: | ||
> qsub -I | > qsub -I | ||
| − | Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez | + | Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez jedno z poleceń (w zależności od wersji programu): |
> module load lammps/20140201 | > module load lammps/20140201 | ||
| + | > module load lammps/20141209 | ||
Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu: | Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu: | ||
> lmp_wcss <in.plik | > lmp_wcss <in.plik | ||
Wersja z 08:01, 16 lut 2015
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < LAMMPS
| LAMMPS | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Supernova | LAMMPS 20141209 LAMMPS 20140201 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.
Licencja
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
LAMMPS w WCSS
Wstawianie zadań do kolejki
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu PBS. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów:
sub-lammps (uruchamia wersję 20140201)
> sub-lammps in.plik kolejka liczba_węzłów liczba_rdzeni pamięć_w_MB
sub-lammps20141209 (uruchamia wersję 20141209)
> sub-lammps20141209 in.plik kolejka liczba_węzłów liczba_rdzeni pamięć_w_MB
Praca w trybie interaktywnym
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego:
> qsub -I
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez jedno z poleceń (w zależności od wersji programu):
> module load lammps/20140201 > module load lammps/20141209
Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:
> lmp_wcss <in.plik
lub
> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik
gdzie:
- x - liczba zrównoleglanych procesów
- in.plik - plik inputowy
- Zobacz też
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|