LAMMPS: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 10 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS</small>
 +
{{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=LAMMPS 20190807|wersja2=LAMMPS 20170331|wersja3=LAMMPS 20160514|wersja4='''LAMMPS 20141209'''}}
 +
'''LAMMPS''' (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.
  
−
'''LAMMPS''' (''LAMMPS Molecular Dynamics Simulator'') 
+
== Licencja ==
 +
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL].
 +
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 +
{{Podziękowanie_WCSS}}
  
 +
== LAMMPS w WCSS ==
 +
==== Wstawianie zadań do kolejki ====
 +
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów:
 +
 +
'''sub-lammps''' (uruchamia wersję 20141209)
 +
 +
'''sub-lammps-20141209'''
 +
 +
'''sub-lammps-20160514'''
 +
 +
'''sub-lammps-20170331'''
 +
 +
'''sub-lammps-20190807'''
 +
 +
>[wcss] user@bem ~ > sub-lammps
 +
> Usage: /usr/local/bin/sub-lammps in.file [parameters]
 +
> Parameters:
 +
> -q queue (default - main)
 +
> -n nodes (default - 1)
 +
> -p cores (per node, default - 1)
 +
> -m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
> -w walltime (in hours, default - 504)
 +
 +
=== Praca w trybie interaktywnym ===
 +
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]]:
 +
> qsub -I -l walltime=2:00:00
 +
Wersje programu Lammps, zainstalowane na klastrze Bem, można sprawdzić poprzez wyświetlenie dostępnych modułów:
 +
> module avail lammps
 +
Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu):
 +
> module load lammps/20141209
 +
Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:
 +
> lmp_wcss <in.plik
 +
lub
 +
> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik
 +
gdzie:
 +
* x - liczba zrównoleglanych procesów
 +
* in.plik - plik inputowy
 +
 +
Sposób użycia programu oraz listę zainstalowanych pakietów można uzyskać za pomocą polecenia:
 +
> lmp_wcss -h
  
 
;Zobacz też
 
;Zobacz też

Aktualna wersja na dzień 08:39, 17 sty 2020

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < LAMMPS

LAMMPS
Serwer Wersja
Bem LAMMPS 20190807
LAMMPS 20170331
LAMMPS 20160514
LAMMPS 20141209
Kontakt
kdm@wcss.pl

LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.

Licencja

Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

LAMMPS w WCSS

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu PBS. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów:

sub-lammps (uruchamia wersję 20141209)

sub-lammps-20141209

sub-lammps-20160514

sub-lammps-20170331

sub-lammps-20190807 

>[wcss] user@bem ~ > sub-lammps
> Usage: /usr/local/bin/sub-lammps in.file [parameters]
> Parameters:
> -q queue (default - main)
> -n nodes (default - 1)
> -p cores (per node, default - 1)
> -m memory (per node, in MB, default - 2000)
> -w walltime (in hours, default - 504)

Praca w trybie interaktywnym

Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego: 

> qsub -I -l walltime=2:00:00

Wersje programu Lammps, zainstalowane na klastrze Bem, można sprawdzić poprzez wyświetlenie dostępnych modułów: 

> module avail lammps

Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu): 

> module load lammps/20141209

Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu: 

> lmp_wcss <in.plik

lub 

> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik

gdzie:

  • x - liczba zrównoleglanych procesów
  • in.plik - plik inputowy

Sposób użycia programu oraz listę zainstalowanych pakietów można uzyskać za pomocą polecenia: 

> lmp_wcss -h
Zobacz też
Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=LAMMPS&oldid=6062”