LAMMPS

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < LAMMPS

LAMMPS
Serwer	Wersja
Bem	LAMMPS 20190807 LAMMPS 20170331 LAMMPS 20160514 LAMMPS 20141209
Kontakt
kdm@wcss.pl

LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.

Licencja

Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

LAMMPS w WCSS

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu PBS. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów:

sub-lammps (uruchamia wersję 20141209)

sub-lammps-20141209

sub-lammps-20160514

sub-lammps-20170331

sub-lammps-20190807

>[wcss] user@bem ~ > sub-lammps
> Usage: /usr/local/bin/sub-lammps in.file [parameters]
> Parameters:
> -q queue (default - main)
> -n nodes (default - 1)
> -p cores (per node, default - 1)
> -m memory (per node, in MB, default - 2000)
> -w walltime (in hours, default - 504)

Praca w trybie interaktywnym

Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego:

> qsub -I -l walltime=2:00:00

Wersje programu Lammps, zainstalowane na klastrze Bem, można sprawdzić poprzez wyświetlenie dostępnych modułów:

> module avail lammps

Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu):

> module load lammps/20141209

Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:

> lmp_wcss <in.plik

lub

> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik

gdzie:

• x - liczba zrównoleglanych procesów
• in.plik - plik inputowy

Sposób użycia programu oraz listę zainstalowanych pakietów można uzyskać za pomocą polecenia:

> lmp_wcss -h

Zobacz też

• Strona domowa pakietu
• Podręcznik użytkownika