MOLCAS: Różnice pomiędzy wersjami
m (→Korzystanie w WCSS: w) |
|||
| (Nie pokazano 14 wersji utworzonych przez 5 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molcas</small> |
| − | {{ | + | {{uwaga|Licencja WCSS wygasła z dniem 2 grudnia 2013 r. Z programu mogą korzystać użytkownicy i zespoły posiadające własną licencję.}} |
| + | {{aplikacja|nazwa=Molcas|logo=[[Plik:Molcas.jpg|120px]]|serwer=[[Bem]]|wersja=8.0 i '''7.9'''}} | ||
'''Molcas''' - oprogramowanie kwantowo-chemiczne. | '''Molcas''' - oprogramowanie kwantowo-chemiczne. | ||
| − | == | + | == Korzystanie w WCSS == |
| − | + | Na klastrze [[Bem]] dostępna jest wersja '''7.9''' i '''8.0'''. Wersja starsza jest wersją deweloperską. Obie wersje są dostępne wyłącznie dla użytkowników posiadających własną licencję programu Molcas. | |
| + | === Informacje o wykorzystaniu === | ||
| + | {{Podziękowanie_WCSS}} | ||
| + | |||
| + | |||
| + | ; Instalacja własnej licencji | ||
| + | Jeśli użytkownik posiada własną licencję może skonfigurować środowisko na klastrze do korzystania z niej. Należy skopiować plik licencji na klaster, następnie założyć w swoim katalogu domowym na klastrze katalog <code>.Molcas</code> (z kropką na początku) i skopiować do niego plik licencji <code>license.dat</code>. | ||
| + | > cd | ||
| + | > mkdir .Molcas | ||
| + | > cp license.dat .Molcas/ | ||
| + | |||
| + | ; Uruchamianie zadań | ||
| + | Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego. | ||
| + | |||
| + | Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-molcas (uruchamia domyślną wersję programu) | ||
| + | |||
| + | Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: | ||
| − | + | > sub-molcas | |
| − | + | Usage: /usr/local/bin/sub-molcas input_file [parameters] | |
| + | Parameters: | ||
| + | -q queue (default - main) | ||
| + | -n nodes (default - 1) | ||
| + | -p cores (per node, default - 1) | ||
| + | -m memory (per node, in MB, default - 2000) | ||
| + | -w walltime (in hours, default - 504) | ||
| + | |||
| + | Na przykład | ||
| − | + | > sub-molcas test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 | |
| − | + | Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny. | |
| − | |||
| − | + | ;Uwaga: | |
| − | + | * Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity). | |
| − | + | * Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w ten sposób, że stanowi ok. 75% pamięci zadeklarowanej w kolejce. Przykładowo: jeśli wstawimy zadanie do kolejki na 1000MB per rdzeń, to zmienna MOLCASMEM zostanie ustawiona na 750MB. Przeszacowanie pamięci spowoduje, że zadanie będzie dłużej czekać w kolejce oraz MOLCAS będzie działał wolniej. | |
| − | |||
| − | + | '''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]? | |
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | + | <!-- | |
| − | Zadanie wstawiamy skryptem '''sub- | + | * Zadanie wstawiamy skryptem '''sub-molcas''', aby poznać składnię wywołaj skrypt bez argumentów: |
| − | + | sub-molcas | |
| + | Sposob uzycia: sub-molcas-7.8 plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka | ||
plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log | plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log | ||
| − | + | * dla zadań w kolejce '''bigmem''' należy używać skryptu '''sub-molcas-7.8-bigmem''': | |
| − | + | sub-molcas-7.8-bigmem | |
| − | + | Sposob uzycia: /usr/local/bin/sub-molcas-7.8-bigmem plik.inp liczba_rdzeni pamiec_w_MB_per_cale_zadanie | |
| − | + | plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log | |
| + | --> | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
;Molcas w sieci | ;Molcas w sieci | ||
| − | * http://www. | + | * http://www.molcas.org/ |
| − | |||
| + | *[http://eu.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-0470633468,subjectCd-CHD0.html Multiconfigurational Quantum Chemistry] | ||
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]] | '''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]] | ||
Aktualna wersja na dzień 13:20, 14 paź 2016
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molcas
|
Licencja WCSS wygasła z dniem 2 grudnia 2013 r. Z programu mogą korzystać użytkownicy i zespoły posiadające własną licencję. |
| Molcas | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Bem | 8.0 i 7.9 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
Molcas - oprogramowanie kwantowo-chemiczne.
Korzystanie w WCSS
Na klastrze Bem dostępna jest wersja 7.9 i 8.0. Wersja starsza jest wersją deweloperską. Obie wersje są dostępne wyłącznie dla użytkowników posiadających własną licencję programu Molcas.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
- Instalacja własnej licencji
Jeśli użytkownik posiada własną licencję może skonfigurować środowisko na klastrze do korzystania z niej. Należy skopiować plik licencji na klaster, następnie założyć w swoim katalogu domowym na klastrze katalog .Molcas (z kropką na początku) i skopiować do niego plik licencji license.dat.
> cd > mkdir .Molcas > cp license.dat .Molcas/
- Uruchamianie zadań
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-molcas (uruchamia domyślną wersję programu)
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
> sub-molcas Usage: /usr/local/bin/sub-molcas input_file [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -n nodes (default - 1) -p cores (per node, default - 1) -m memory (per node, in MB, default - 2000) -w walltime (in hours, default - 504)
Na przykład
> sub-molcas test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
- Uwaga
- Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
- Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w ten sposób, że stanowi ok. 75% pamięci zadeklarowanej w kolejce. Przykładowo: jeśli wstawimy zadanie do kolejki na 1000MB per rdzeń, to zmienna MOLCASMEM zostanie ustawiona na 750MB. Przeszacowanie pamięci spowoduje, że zadanie będzie dłużej czekać w kolejce oraz MOLCAS będzie działał wolniej.
Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?
Dokumentacja
- Molcas w sieci
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|