Materials Studio

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Materials Studio

!	Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz korzystanie z VPN). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.

Materials Studio
Serwer	Wersja
Supernova (+ Gateway)	6.1
Klaster kampusowy	6.1
Do pobrania	7.0 SP1, 6.1
Kontakt
kdm@wcss.pl

Materials Studio - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy Accelrys. Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).

Licencja

WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej licencji w 2013/2014 r. dostępne są moduły (zobacz też Accelrys):

MS Adsorption Locator MS Amorphous Cell MS Blends MS CASTEP Interface MS CASTEP Parallel MS COMPASS Parallel MS Conformers MS Discover Parallel MS DMol3 Interface MS DMol3-Solid State Parallel MS Equilibria MS Forcite Plus

MS Gaussian Interface MS GULP Interface MS GULP Parallel MS Mesocite MS MesoDyn MS MesoDyn Interface MS Motif MS Morphology MS NMR CASTEP Parallel MS ONETEP MS ONETEP Interface MS Polymorph Predictor

MS Polymorph Predictor Interface MS QMERA MS QMERA Interface MS QSAR Plus MS Reflex Plus MS Reflex QPA MS Sorption MS Synthia MS VAMP MS VAMP Interface MS Visualizer MS X-Cell

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Dodatkowe pola siłowe

Dla modułu MS Discover na klastrze Supernova doinstalowane są dodatkowe pola siłowe (Force Fields) pobrane ze strony ich autora dr. Hendrika Heinza ([1]). Użytkownicy korzystający z tych dodatkowych pól proszeni są o cytowanie publikacji:

Heinz, H.; Koerner, H.; Anderson, K. L.; Vaia, R. A.; Farmer, B. L. Chem. Mater. 2005, 17, 5658–5669.

Uruchamianie aplikacji

Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

!	Aby uzyskać dostęp do pakietów instalacyjnych oprogramowania i do serwera licencji należy uzyskać grant/konto obliczeniowe w WCSS i zawnioskować o dostęp wysyłając e-mail pod adres kdm @ wcss.pl.

Klient i obliczenia lokalne

Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia przez tzw. Gateway.

Po zainstalowaniu oprogramowania należy:

• skonfigurować w kliencie serwer licencji krajowej,
• skonfigurować w systemie połączenie VPN, żeby móc ze swojej stacji łączyć się z serwerem licencji. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.

Obliczenia zdalne przez Gateway

WCSS udostępnia serwer MS na klastrze Supernova. Na klastrze działa tzw. Gateway, za pośrednictwem którego można zdalnie, z poziomu interfejsu klienta, zlecać obliczenia do wykonania na serwerze. Aby móc to robić należy: pobrać oprogramowanie (pliki instalacyjne udostępniane są na wniosek użytkownika), zainstalować pakiet na swoim komputerze (wystarczy instalacja klienta MS), uruchomić klienta, utworzyć nowy projekt i wybrać z menu Tools polecenie Server console. Następnie w oknie Server console należy dodać nowy Gateway o parametrach:

adres: accelrys.wcss.pl
port: 18888
połączenie: HTTPS

Zobacz też szczegółowe instrukcje:

• Jak sprawdzić prawidłową konfigurację klienta?
• Jak wskazać serwer licencji?

Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań przez Gateway, trzeba uzyskać login i hasło do Gateway'a (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z administratorami.

Status zadań

Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/

Zmiana hasła w Gateway'u

Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:

• wejść na stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/
• kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,
• podać w formularzu stare i nowe hasło.

Obliczenia wsadowe

Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów sub-moduł (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

Gotowe skrypty

W ścieżce /usr/local/bin znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:

supernova> sub-DMol3 nazwa_zadania liczba_rdzeni [pamiec_w_MB_na_rdzen] [kolejka]

Skrypt zakłada, że w bieżącym katalogu znajduje się plik wejściowy z rozszerzeniem .input oraz wszystkie pozostałe potrzebne pliki wejściowe.

supernova> sub-CASTEP [-n liczba_rdzeni] [-m pamiec_w_MB_na_rdzen] [-q kolejka] nazwa [nazwa 1] [nazwa 2]

Polecenia dostępne na klastrze Supernova

CASTEP     /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
DFTB+      /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
DFTBpara   /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh
Discover   /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
Dmol3      /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
DPD        /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/DPD/bin/RunDPD.sh 
Equilibria /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh 
GULP       /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/GULP/bin/RunGULP.sh 
Kinetixas  /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh 
MatServer  /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/MatServer/bin/RunMatServer.sh 
MesoDyn    /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh 
Mesotek    /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
ONETEP     /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh 
QMERA      /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh 
VAMP       /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh

Przykład

Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):

supernova> /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q short6h filename.input

gdzie:

• filename.input to plik z danymi do obliczeń,
• -q short6h to nazwa kolejki, do której zostanie wstawione zadanie.

Zobacz też: CASTEP

Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3

Na infrastrukturze PLATON-U3 (klaster kampusowy) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster Supernova przez gateway accelrys.wcss.pl (domyślnie skonfigurowany).

Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie infrastruktury PLATON U3.

Dokumentacja

• Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
• Strona pakietu w serwisie Accelrys

Oprogramowanie naukowe	Biovia	Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]