Materials Studio

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Biovia < Materials Studio

!	Z dniem 30 września 2014 zmienił się serwer licencji krajowej. Nowy serwer dostępny jest pod adresem: licenses2.icm.edu.pl.

!	Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz korzystanie z VPN). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.

Materials Studio
Serwer	Wersja
Bem (+ Gateway)	8.0
Klaster kampusowy	8.0
Do pobrania	7.0 SP1, SP2
Kontakt
kdm@wcss.pl

Materials Studio - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy Biovia (dawniej Accelrys). Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).

Licencja

WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej licencji w 2014/2015 r. dostępne są wszystkie moduły pakietu Materials Studio (zobacz też Biovia).

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Uruchamianie aplikacji

Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

!	Aby uzyskać dostęp do pakietów instalacyjnych oprogramowania i do serwera licencji należy uzyskać grant/konto obliczeniowe w WCSS i zawnioskować o dostęp wysyłając e-mail pod adres kdm @ wcss.pl.

Klient i obliczenia lokalne

Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia przez tzw. Gateway.

Po zainstalowaniu oprogramowania należy:

• skonfigurować w kliencie serwer licencji krajowej,
• skonfigurować w systemie połączenie VPN, żeby móc ze swojej stacji łączyć się z serwerem licencji. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.

Obliczenia zdalne przez Gateway

WCSS udostępnia serwer MS na klastrze Bem. Na klastrze działa tzw. Gateway, za pośrednictwem którego można zdalnie, z poziomu interfejsu klienta, zlecać obliczenia do wykonania na serwerze. Aby móc to robić należy: pobrać oprogramowanie (pliki instalacyjne udostępniane są na wniosek użytkownika), zainstalować pakiet na swoim komputerze (wystarczy instalacja klienta MS), uruchomić klienta, utworzyć nowy projekt i wybrać z menu Tools polecenie Server console. Następnie w oknie Server console należy dodać nowy Gateway o parametrach:

adres: bem.wcss.pl
port: 18888
połączenie: HTTPS

Zobacz też szczegółowe instrukcje:

• Jak sprawdzić prawidłową konfigurację klienta?
• Jak wskazać serwer licencji?

Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań przez Gateway, trzeba uzyskać login i hasło do Gateway'a (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z administratorami.

Status zadań

Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/

Zmiana hasła w Gateway'u

Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:

• wejść na stronę WWW Gateway'a: https://bem.wcss.pl:18888/
• kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,
• podać w formularzu stare i nowe hasło.

Obliczenia wsadowe

Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów sub-moduł (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

Gotowe skrypty

W ścieżce /usr/local/bin znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS: Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-castep-8.0
Usage: /usr/local/bin/sub-castep-8.0 [parameters] name1 [name2] [name3] [...]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-i "additional parameters ..."

Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Polecenia dostępne na klastrze Bem

AmorphousCell /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh
CASTEP        /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
DFTB+         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
DFTBpara      /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh
Dmol3         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
GULP          /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh 
Kinetix       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh 
MesoDyn       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh 
ONETEP        /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh 
QMERA         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh 
VAMP          /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh

Przykład

Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):

> /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q main filename.input

gdzie:

• filename.input to plik z danymi do obliczeń,
• -q main to nazwa kolejki (należy podawać main)

Zobacz też: CASTEP

Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3

Na infrastrukturze PLATON-U3 (klaster kampusowy) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster Supernova przez gateway accelrys.wcss.pl (domyślnie skonfigurowany).

Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie infrastruktury PLATON U3.

Dokumentacja

• Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
• Strona pakietu w serwisie Biovia

Oprogramowanie naukowe	Biovia	Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]