Molpro: Różnice pomiędzy wersjami

Aktualna wersja na dzień 12:01, 9 lip 2018

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molpro

Molpro

Serwer	Wersja
Bem	2012.1.12
Kontakt
kdm@wcss.pl

MOLPRO jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.

Informacje ogólne

Główne cechy MOLPRO:

pełny zakres metod ab initio
moduły direct i local dla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset
obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji
możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, i inne
przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)

Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.

MOLPRO w WCSS

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Środowisko i praca interaktywna

Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako zadanie interaktywne:

 qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Molpro_WERSJA

Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego modułu:

module load molpro (dla wersji domyślnej)

Program można wywoływać poleceniem:

molpro [opcje] plik.inp

Wstawianie zadań do kolejki

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-molpro (uruchamia domyślną wersję programu) Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

 > sub-molpro
Usage: /usr/local/bin/sub-molpro input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Na przykład

> sub-molpro test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Uwaga

Należy pamiętać o podaniu w pliku danych odpowiedniej karty memory. Wartość podawana w tej karcie musi być nieco mniejsza niż wartość pamięci podana jako argument dla skryptu sub-molpro, tak aby system kolejkowy miał pewien bufor operacyjny.

Ważne:

karta memory specyfikuje pamięć per każdy proces MOLPRO !
jeden MEGA WORD = 8 MEGA BAJTÓW !
interesująca dyskusja na temat pamięci w MOLPRO: http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/2010-April/003723.html

Znane blędy

nie należy używać polecenia "show" tuż przed "optg", gdyż powoduje to błąd i zakończenie działania aplikacji.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Dokumentacja

Zobacz też: Oprogramowanie KDM

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
-<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molpro</small>
-{{zasobytab|logo=[[Grafika:molpro.png]]|serwery=[[Leo]]<br>[[Nova]]}}
+{{aplikacja|nazwa=Molpro|logo=[[Plik:Molpro.png]]|serwer=[[Bem]]|wersja=2012.1.12}}
 '''MOLPRO''' jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ''ab initio'', ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.
@@ Linia 14: / Linia 14: @@
 == MOLPRO w WCSS ==
-=== Molpro 2006.1 ===
-* systemy obliczeniowe [[Leo]], [[Nova]]
+Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
-;Uruchamianie aplikacji
+;Środowisko i praca interaktywna
-Do bezpośredniego uruchamiania programu służy polecenie (lokalizacja: <code>/usr/local/bin</code>):
- molpro [opcje] plik.inp
+Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako [[PBS#Zadania_interaktywne|zadanie interaktywne]]:
+  qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Molpro_WERSJA
-Wyniki zapisywane są do pliku plik.out. Można także wyznaczyć bezpośrednio plik wyjściowy podając jego nazwę w opcji <code>-o</code>. Jeżeli nie zostanie podany plik wejściowy, MOLPRO czyta dane ze standardowego wejścia a rezultaty generuje na standardowe wyjście.
+Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego [[modules|modułu]]:
+ module load molpro (dla wersji domyślnej)
-Opcje programu mogą być podane (z malejącym priorytetem) bezpośrednio z linii komend, ustawione w zmiennej środowiskowej MOLPRO lub w plikach <code>./molpro.rc/<code> i <code>$HOME/.molprorc</code>. Opcje nie ustawiane podczas wywołania programu przyjmują wartości pobrane ze źródła o aktualnie najwyższym priorytecie.
-Przykładowe pliki danych i referencyjne wyniki znajdują się na [[Leo]] w katalogu <code>/usr/local/lib/molpro-mpp-Linux-ia64-i8-2006.1/testjobs/</code>.
+Program można wywoływać poleceniem:
+ molpro [opcje] plik.inp
 ;Wstawianie zadań do kolejki
-Wstawianie zadań do poszczególnych kolejek systemu [[PBS]] odbywa się przez wywołanie skryptu (lokalizacja: <code>/usr/local/bin</code>):
- sub-molpro-2006 plik.inp [kolejka] [ilosc-procesorow]
-Możliwe są obliczenia równoległe (na [[Nova]] na maksymalnie 8 procesorach). Domyślna wielkość przydzielonej pamięci to 200MW.
+Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-molpro (uruchamia domyślną wersję programu)
+Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
-Zalecamy uruchamianie dużych zadań na komputerze [[Leo]] przy użyciu co najmniej 4 procesorów i 1600MB (200MW) pamięci per procesor (dyrektywa: <code>memory,200,m</code>). Wersja dostępna na [[Leo]] umożliwia wykorzystanie do 4000 funkcji bazy.
+  > sub-molpro
+ Usage: /usr/local/bin/sub-molpro input_file [parameters]
+ Parameters:
+ -q queue (default - main)
+ -n nodes (default - 1)
+ -p cores (per node, default - 1)
+ -m memory (per node, in MB, default - 2000)
+ -w walltime (in hours, default - 504)
-Na klastrze [[Nova]] najlepiej jest używać 4 lub 8 procesorów węzła obliczeniowego i odpowiednio 7500 lub 15000 MB pamięci.
+Na przykład
-=== Molpro 2009.1 ===
+ > sub-molpro test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
-* systemy obliczeniowe [[Nova]]
-Program można uruchomić bezpośrednio po zainicjowaniu aplikacji Modules i wgraniu odpowiedniego modułu. Dla domyślnej powłoki systemowej na Nova wygląda wystarczy
+Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
-użyć poleceń(spacja po kropce w pierwszym wierszu jest ważna):
- . /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
- module load molpro/2009.1
-Następnie można wywoływać molpro 2009.1 w taki sam sposób jak molpro 2006.1:
+;Uwaga
- molpro [opcje] plik.inp
-Aby przywrócić poprzedni stan systemu z działającą wersją molpro 2006 należy usunąć moduł:
+Należy pamiętać o podaniu w pliku danych odpowiedniej karty '''memory'''. Wartość podawana w tej karcie musi być nieco mniejsza niż wartość pamięci podana jako argument dla skryptu '''sub-molpro''', tak aby system kolejkowy miał pewien bufor operacyjny.
- module unload molpro/2009.1
-Zadania do kolejki wstawia się wywołując
+Ważne:
- sub-molpro plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka]
+* karta '''memory''' specyfikuje pamięć per każdy proces MOLPRO !
+* jeden MEGA WORD = 8 MEGA BAJTÓW !
+* interesująca dyskusja na temat pamięci w MOLPRO: http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/2010-April/003723.html
-Domyślnie zadanie zostanie dodane do klejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
+;Znane blędy:
+* nie należy używać polecenia "show" tuż przed "optg", gdyż powoduje to błąd i zakończenie działania aplikacji.
-=== Molpro 2010.1 ===
+== Informacje o wykorzystaniu ==
-* systemy obliczeniowe [[Supernova]] (12 CPU i 24 GB per węzeł)
+{{Podziękowanie_WCSS}}
-Zostały zainstalowanie dwie wersje: mpp oraz mppx.
-Molpro2010.1 w wersji mppx odpala n-samodzielnych(niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów.
-Wersja mppx jest szybsza od mpp w zadaniach liczących gradienty i hessiany (tylko tam zaimplementowana).
-Zadania do kolejki wstawia się wywołując
- sub-molpro_mppx plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]
-Molpro2010.1 w wersji mpp odpala n-procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane sa w niej wszystkie metody numeryczne dostępne w Molpro2010.1.
-Zadania do kolejki wstawia się wywołując
- sub-molpro plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]
-Domyślnie zadanie zostanie dodane do klejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
 == Dokumentacja ==
-Dokumentacja i przykładowe zadania dostępne są w katalogu <code>/usr/local/doc/molpro/</code> po zalogowaniu się.
-;MOLPRO w sieci:
 * [http://www.molpro.net/ Strona główna MOLPRO]
-* [http://www.molpro.net/info/current/molpro_manual?portal=user&choice=User%27s+manual Dokumentacja on-line do wersji 2006.1]
+* [http://ccmst.gatech.edu/wiki/index.php?title=Molpro#Parallel_Computations CCMST Wiki]
 '''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

Molpro: Różnice pomiędzy wersjami

Aktualna wersja na dzień 12:01, 9 lip 2018

Spis treści

Informacje ogólne

MOLPRO w WCSS

Informacje o wykorzystaniu

Dokumentacja

Menu nawigacyjne

Szukaj