Molpro: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
m
(w. 2012.1.5)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molpro</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molpro</small>
−
{{aplikacja|nazwa=Molpro|logo=[[Plik:Molpro.png]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=2010.1|wersja2=2009.1}}
+
{{aplikacja|nazwa=Molpro|logo=[[Plik:Molpro.png]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=2012.1.5|wersja2=2010.1|wersja3=2009.1}}
 
'''MOLPRO''' jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ''ab initio'', ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.  
 
'''MOLPRO''' jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ''ab initio'', ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.  
  
Linia 28: Linia 28:
  
 
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
 
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
−
  sub-molpro-2009 plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka]  
+
  '''sub-molpro-2009''' plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka]  
  
 
Domyślnie zadanie zostanie dodane do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
 
Domyślnie zadanie zostanie dodane do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
Linia 35: Linia 35:
 
* system obliczeniowy: [[Supernova]]
 
* system obliczeniowy: [[Supernova]]
  
−
Zostały zainstalowanie dwie wersje: mpp oraz mppx.
+
Zostały zainstalowane dwie wersje: mpp oraz mppx.
  
 
Molpro2010.1 w wersji '''mppx''' uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów.
 
Molpro2010.1 w wersji '''mppx''' uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów.
Linia 41: Linia 41:
  
 
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
 
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
−
  sub-molpro_mppx plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]  
+
  '''sub-molpro_mppx''' plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]  
  
 
Molpro2010.1 w wersji '''mpp''' uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.
 
Molpro2010.1 w wersji '''mpp''' uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.
  
 
Zadania do kolejki wstawia się wywołując:
 
Zadania do kolejki wstawia się wywołując:
−
  sub-molpro plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]  
+
  '''sub-molpro-2010.1''' plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]  
  
 
Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
 
Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
 +
 +
=== Molpro 2012.1 ===
 +
* system obliczeniowy: [[Supernova]]
 +
 +
Została zainstalowana wersja '''mpp'''.
 +
 +
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
 +
'''sub-molpro-2012.1.5'''  plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka
 +
    plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log
 +
 +
Można korzystać także z polecenia '''sub-molpro''', które wskazuje na najnowszą zainstalowaną wersję domyślną programu.
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==

Wersja z 08:24, 4 lis 2013

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molpro

Molpro
Molpro.png
Serwer Wersja
Supernova 2012.1.5
2010.1
2009.1
Kontakt
kdm@wcss.pl

MOLPRO jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.

Informacje ogólne

Główne cechy MOLPRO:

  • pełny zakres metod ab initio
  • moduły direct i local dla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset
  • obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji
  • możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, i inne
  • przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)

Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.

MOLPRO w WCSS

Molpro 2009.1

Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako zadanie interaktywne: 

 qsub -I -l software=Molpro

Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego modułu: 

module load molpro/2009.1

Program można wywoływać poleceniem: 

molpro [opcje] plik.inp

Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując: 

sub-molpro-2009 plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka]

Domyślnie zadanie zostanie dodane do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.

Molpro 2010.1

Zostały zainstalowane dwie wersje: mpp oraz mppx.

Molpro2010.1 w wersji mppx uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów. Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany.

Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując: 

sub-molpro_mppx plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]

Molpro2010.1 w wersji mpp uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.

Zadania do kolejki wstawia się wywołując: 

sub-molpro-2010.1 plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]

Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.

Molpro 2012.1

Została zainstalowana wersja mpp.

Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując: 

sub-molpro-2012.1.5  plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka
   plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log

Można korzystać także z polecenia sub-molpro, które wskazuje na najnowszą zainstalowaną wersję domyślną programu.

Dokumentacja

Zobacz też: Oprogramowanie KDM

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Molpro&oldid=4187”