Molpro

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molpro

Molpro
Molpro.png
Serwer Wersja
Supernova 2012.1.5
2010.1
2009.1
Kontakt
kdm@wcss.pl

MOLPRO jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.

Informacje ogólne

Główne cechy MOLPRO:

  • pełny zakres metod ab initio
  • moduły direct i local dla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset
  • obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji
  • możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, i inne
  • przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)

Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.

MOLPRO w WCSS

Molpro 2009.1

Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako zadanie interaktywne:

 qsub -I -l software=Molpro

Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego modułu:

module load molpro/2009.1

Program można wywoływać poleceniem:

molpro [opcje] plik.inp

Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:

sub-molpro-2009 plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka] 

Domyślnie zadanie zostanie dodane do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.

Molpro 2010.1

Zostały zainstalowane dwie wersje: mpp oraz mppx.

Molpro2010.1 w wersji mppx uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów. Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany.

Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:

sub-molpro_mppx plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka] 

Molpro2010.1 w wersji mpp uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.

Zadania do kolejki wstawia się wywołując:

sub-molpro-2010.1 plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka] 

Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.

Molpro 2012.1

Została zainstalowana wersja mpp.

Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:

sub-molpro-2012.1.5  plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka
   plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log

Można korzystać także z polecenia sub-molpro, które wskazuje na najnowszą zainstalowaną wersję domyślną programu.

Dokumentacja

Zobacz też: Oprogramowanie KDM