OpenBabel

Z KdmWiki
Wersja z dnia 10:48, 4 sie 2010 autorstwa Radek (dyskusja | edycje) (Utworzył nową stronę „==Open Babel.== Zbior aplikacji do modelowania molekularnego w którego skład wchodzą: #babel #obchiral #obconformer #obenergy #obfit #obgen #obgrep #obminimize #obp...”)
(różn.) ← poprzednia wersja | przejdź do aktualnej wersji (różn.) | następna wersja → (różn.)
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania

Open Babel.

Zbior aplikacji do modelowania molekularnego w którego skład wchodzą:

  1. babel
  2. obchiral
  3. obconformer
  4. obenergy
  5. obfit
  6. obgen
  7. obgrep
  8. obminimize
  9. obprobe
  10. obrotamer
  11. obrotate

Babel - konwerter plików (lista formatów http://openbabel.org/wiki/Category:Formats)

Obchiral - wyświetla informacje na temat chiralności cząsteczki obchiral filename

Obconformer -generuje niskoenergetyczne konformery obconformer <# of test conformers> <# of optimization steps> filename

Obenergy- oblicza energię cząsteczki obenergy [-h] [-ff forcefield] [-v] [filename]

Obfit - nakłada cząsteczki na sibie wg. wzoru SMARTS obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile

Obgen - wylicza wspołrzędne kartezjańskie cząsteczki, a następnie liczy jej energię stosując zadane pole siłowe oraz wybiera optymalny konformer (o najniższej energii) wg. metody Monte Carlo. obgen filename

Obgrep - narzędzie do przeszukiwania wieloczasteczkowych plików (SMILES,SDF) lub baz danych obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern filename

Obminimize - minimalizuję energię, optymalizuję geomtrię molekuły obminimize [OPTIONS] filename

Obprobe -

Obrotamer - generuje współrzędne konformerów/rotamerów obrotamer filename

Obrotate - podobnie jak obrotamer, z tą różnicą, że można zafixować cześć kątów dwusciennych. W ten sposób można generowąć rotamery/konformery fragmentów molekuły. obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle