Orca: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca</small>
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.8.0.2}}
+
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.9.1 |wersja2=2.8.0.2}}
 
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.
 
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.
  
=== Licencja ===
+
== Licencja ==
 
WCSS udostępnia program do wykorzystania w celach naukowych, nie komercyjnych.
 
WCSS udostępnia program do wykorzystania w celach naukowych, nie komercyjnych.
  
 +
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 4 licencji):<br/> '''''"Neese, F. ORCA – an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.5. University of Bonn, 2006."'''''
 
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 4 licencji):<br/> '''''"Neese, F. ORCA – an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.5. University of Bonn, 2006."'''''
  
 
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.
 
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.
  
=== Korzystanie ===
+
{{Podziękowanie WCSS}}
; Środowisko aplikacji
+
Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu [[korzystanie z modułów|modułów]]:
+
  
module load orca
+
== Korzystanie w WCSS ==
  
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.
+
=== Uruchamianie zadań ===
 
+
;Uruchamianie zadań
+
 
Zadanie do kolejki wstawia się poleceniem:
 
Zadanie do kolejki wstawia się poleceniem:
  
Linia 29: Linia 26:
 
** pamiec_w_MB = 1800
 
** pamiec_w_MB = 1800
  
=== Dokumentacja ===
+
=== Środowisko i praca interaktywna ===
* [http://www.thch.uni-bonn.de/tc/orca/ Strona domowa programu]
+
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:
* [http://www.thch.uni-bonn.de/tc/orca/index.php?option=com_docman&task=doc_download&gid=49&Itemid=26 Manual v. 2.8.0]
+
 
 +
> '''qsub -I''' -q short6h -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB
 +
 
 +
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
 +
> '''module load orca''' (dla wersji domyślnej - najnowszej)
 +
> module load orca/2.9.1
 +
> module load orca/2.8.0.2
 +
 
 +
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.
 +
> orca
 +
 
 +
== Dokumentacja ==
 +
* [http://cec.mpg.de/forum/ Strona domowa programu]
 +
* [http://cec.mpg.de/forum/OrcaManual.pdf Manual v. 2.9.1]
  
 
{{oprogramowanie}}
 
{{oprogramowanie}}
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Wersja z 08:15, 26 kwi 2013

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Orca

Orca
Serwer Wersja
Supernova 2.9.1
2.8.0.2
Kontakt
kdm@wcss.pl

Orca - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ab initio, DFT i półempiryczne SCF-MO.

Licencja

WCSS udostępnia program do wykorzystania w celach naukowych, nie komercyjnych.

Informacje o wykorzystaniu

W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 4 licencji):
"Neese, F. ORCA – an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.5. University of Bonn, 2006."

Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

Uruchamianie zadań

Zadanie do kolejki wstawia się poleceniem:

sub-orca-seq plik_wejsciowy [kolejka] [pamiec_w_MB]

Gdzie:

  • Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne
  • Domyślne wartości:
    • kolejka = normal
    • pamiec_w_MB = 1800

Środowisko i praca interaktywna

Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> qsub -I -q short6h -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:

> module load orca (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load orca/2.9.1 
> module load orca/2.8.0.2

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia orca i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.

> orca 

Dokumentacja